Dit is de opdracht bamtools die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bamtools - toolkit voor het manipuleren van BAM-bestanden (genoomuitlijning).
KORTE INHOUD
Bamtools [--help] COMMANDO [ARGS]
PRODUCTBESCHRIJVING
BamTools faciliteert onderzoeksanalyse en gegevensbeheer met behulp van BAM-bestanden. Het gaat ermee om
de enorme hoeveelheid gegevens die doorgaans door de huidige sequencing-technologieën wordt geproduceerd
opgeslagen in gecomprimeerde, binaire formaten die niet gemakkelijk kunnen worden verwerkt door de op tekst gebaseerde parsers
vaak gebruikt in onderzoek naar bio-informatica.
OPTIES
converteren
Converteert tussen BAM en een aantal andere formaten
count Drukt het aantal uitlijningen af in BAM-bestand(en)
dekking
Drukt dekkingsstatistieken af vanuit het invoer-BAM-bestand
filter Filtert BAM-bestand(en) op door de gebruiker opgegeven criteria
koptekst Drukt BAM-kopinformatie af
index Genereert index voor BAM-bestand
samenvoegen Voeg meerdere BAM-bestanden samen tot één bestand
willekeurig Selecteer willekeurige uitlijningen uit bestaande BAM-bestanden, meer bedoeld als test
gereedschap.
oplossen
Lost het lezen van gepaarde uiteinden op (markeer indien nodig de vlag IsProperPair)
revert Verwijdert dubbele markeringen en herstelt de oorspronkelijke basiskwaliteiten
sort Sorteert het BAM-bestand op basis van enkele criteria
split Splitst een BAM-bestand op een door de gebruiker opgegeven eigenschap, waardoor een nieuw BAM-uitvoerbestand wordt gemaakt
elke gevonden waarde
stats Drukt enkele basisstatistieken af van invoer-BAM-bestand(en)
Zie 'bamtools help COMMAND' voor meer informatie over een specifiek commando.
Gebruik bamtools online met behulp van onworks.net-services
