Dit is de opdracht bp_fastam9_to_tablep die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fastm9_to_table - verander FASTA -m 9 uitvoer in NCBI -m 9 tabellarische uitvoer
KORTE INHOUD
fastm9_to_table [-e waardefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] invoerbestand1 invoerbestand2 ...
PRODUCTBESCHRIJVING
Opdrachtregelopties:
-e/--evalue evalue -- filter op evalue
-b/--bitscore bitscore -- filter op bitscore
--header -- Booleaanse vlag om de kolomkop af te drukken
-o/--out -- optioneel uitvoerbestand om data te schrijven,
anders zal schrijven naar STDOUT
-h/--help -- toon deze documentatie
Technisch gezien geen SearchIO-script, aangezien dit geen Bioperl-componenten gebruikt, maar een
handig en snel. De uitvoer is tabelvormige uitvoer met de standaard NCBI -m9-kolommen.
vraagnaam
hit naam
procent identiteit
uitlijningslengte
nummer komt niet overeen
aantal gaten
begin van zoekopdracht (indien op rev-strand start > einde)
query-end
druk op start (indien op rev-strand start> einde)
einde raken
evalueren
beetje scoren
Daarnaast zijn er nog 3 kolommen voorzien
snelle score
sw-score
procent vergelijkbaar
vraag lengte
lengte raken
hiaten in de vraag
gaten raken
AUTEUR - Jason Stajicho
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Gebruik bp_fastam9_to_tablep online met behulp van onworks.net-services
