bp_indexp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

bp_index.pl - indexeert bestanden voor gebruik door bp_fetch.pl

KORTE INHOUD

bp_index.pl index_naam bestand1 bestand2 etc.

PRODUCTBESCHRIJVING

bp_index.pl bouwt een bioperl-index voor de sequentiebestanden die in de argumentenlijst worden gegeven,
onder de indexnaam. Bijvoorbeeld

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

zou een index bouwen met de naam 'nrdb' als de indexnaam voor het bestand nrdb.fasta, en

bp_index.pl -fmt EMBL zwitsers /data/swiss/*.dat

zou een index bouwen met de naam swiss voor alle bestanden in /data/swiss die eindigen op .dat who
zijn in EMBL-formaat.

De indexen worden opgebouwd met behulp van de Bio/Index/*-modules, in het bijzonder Bio::Index::EMBL en
de Bio::Index::Fasta-modules. Elk script dat deze modules gebruikt, kan de index. A
een goed voorbeeldscript is bp_fetch, dat reeksen ophaalt en deze naar STDOUT stuurt, voor
voorbeeld

bp_fetch zwitsers:ROA1_HUMAN

haalt de ROA1_HUMAN-reeks uit de Zwitserse index en schrijft deze als fasta-formaat op STDOUT.

OPTIES

-fmt - Fasta (standaard), Zwitsers of EMBL
-richt - map waar de indexbestanden worden gevonden
(overschrijft omgevingsvariabele BIOPERL_INDEX)

Opties voor deskundig gebruik

-type - DBM_bestandstype.
(overschrijft de omgevingsvariabele BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - rapporteer elke indextoevoeging (foutopsporing)

MILIEU

bp_index en bp_fetch coördineren waar de databases liggen met behulp van de omgevingsvariabele
BIOPERL_INDEX. Dit kan worden overschreven met de optie -dir. Er is dus geen standaardwaarde
u moet de optie -dir gebruiken of BIOPERL_INDEX instellen.

Het DB-type wordt gecoördineerd met BIOPERL_INDEX_TYPE, dat standaard wordt ingesteld als het er niet is
wat de bioperl-modules ook hebben geïnstalleerd, wat zelf standaard SDBM_File is.

GEBRUIK MAKEND VAN IT JEZELF

bp_index.pl is een script dat de Index-modules aanstuurt. Als u dit script wilt gebruiken
zwaar in uw werk, als het op Perl is gebaseerd, is het vrijwel zeker beter om naar de
code in dit script en kopieer het (waarschijnlijk zul je het eerder willen gebruiken
de bp_fetch-code).

VERLENGD IT

bp_index is slechts een omhulsel rond de uitstekende Index-modules van James Gilbert, gevonden in bioperl

FEEDBACK

Mailing lijsten
Gebruikersfeedback is een integraal onderdeel van de evolutie van deze en andere Bioperl-modules. Versturen
uw opmerkingen en suggesties bij voorkeur naar de Bioperl mailinglijst. Uw deelname
wordt zeer op prijs gesteld.

[e-mail beveiligd] - Algemene discussie
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Over de mailinglijsten

Rapportage bugs
Rapporteer bugs aan het Bioperl-bugvolgsysteem om ons te helpen de bugs en hun
oplossing. Bugrapporten kunnen via het web worden ingediend:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTEUR - Ewan Birney

Ewan Birney[e-mail beveiligd]>

Gebruik bp_indexp online met behulp van onworks.net-services