Dit is de opdracht bp_sreformatp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bpsreformat - converteer reeksformaten
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script maakt gebruik van het SeqIO-systeem dat de conversie van reeksformaten mogelijk maakt
sequentiegegevens of meerdere sequentie-uitlijningsgegevens. De naam komt van het feit dat Sean
Eddy's programma sreformat (onderdeel van de HMMER-pakket) doet dit al. Seans programma probeert het
om de invoerformaten te raden, terwijl we in onze code momenteel van u eisen dat u specificeert wat de
invoer- en uitvoerformaten zijn en of de gegevens afkomstig zijn van een uitlijning met meerdere sequenties of van
rechte reeksbestanden.
Gebruik:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i BESTANDSNAAM -o output.FORMAT
-h/--help Druk deze hulp af
-if/--informat Specificeer het invoerformaat
-of/--outformat Geef het uitvoerformaat op
-i/--input Geef de naam van het invoerbestand op
(om gegevens over STDIN door te geven, gebruik het minteken als bestandsnaam)
-o/--output Geef de naam van het uitvoerbestand op
(om gegevens door te geven op STDOUT gebruikt u het minteken als bestandsnaam)
--msa Geef op dat dit uitlijningsgegevens voor meerdere sequenties zijn
--special Zal speciale parameters doorgeven aan de AlignIO/SeqIO
object - de meeste hiervan zijn voor Bio::AlignIO-objecten
Door komma's gescheiden lijst van het volgende
nointerleaved -- voor phylip, niet-interleaved formaat
idlinebreak - voor phylip, maakt het molphy-formaat
percentages -- voor clustalw, toon % id per regel
Gebruik bp_sreformatp online met behulp van onworks.net-services
