Dit is de opdracht bp_taxonomy2treep die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_taxonomy2tree - Een taxonomische boom bouwen op basis van de volledige afstammingslijnen van een set
soortnamen
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script zoekt de opgegeven soortnamen op in de NCBI Taxonomy-database en haalt deze op
hun volledige afstamming en plaatst ze in een Newick-taxonomische boom die op het scherm wordt weergegeven.
bp_taxonomy2tree.pl -s Orang-oetan -s Gorilla -s Chimpansee -s Mens
bp_taxonomy2tree.pl -s Orang-oetan -s Gorilla -s Chimpansee -s "Homo Sapiens"
Kan ook -d opgeven om de map op te geven waarin indexbestanden moeten worden opgeslagen, -o om de map op te geven
locatie van uw NCBI-knooppuntenbestand en -a voor het NCBI-namenbestand. Of de optie -e om te gebruiken
de webgebaseerde Entrez-taxonomiedatabase als u de NCBI-flatfiles niet hebt geïnstalleerd.
Dit script vereist dat de bioperl-run pkg ook wordt geïnstalleerd.
Het verstrekken van de knooppunten.dmp- en Names.dmp-bestanden uit de NCBI Taxonomy-dump (zie
Bio::DB::Taxonomie::flatfile voor meer info) is alleen nodig bij de eerste keer opstarten.
Hierdoor worden de lokale indexen gemaakt en dit kan behoorlijk lang duren. Maar eenmaal gecreëerd,
deze indexen bieden soorten snelle toegang tot taxon-ID OF taxon-ID tot soortnaam
opzoeken.
AUTEUR - Gabriel Valiente, opnieuw geïmplementeerd by Sendu Bala
E-mail [e-mail beveiligd] E-mail [e-mail beveiligd]
Gebruik bp_taxonomy2treep online met behulp van onworks.net-services
