Dit is de opdracht ClonalFrame die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ClonalFrame - gevolgtrekking van bacteriële micro-evolutie met behulp van multilocus-sequentiegegevens
KORTE INHOUD
ClonalFrame [OPTIES] invoerbestand uitvoerbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
ClonalFrame identificeert de klonale relaties tussen de leden van een steekproef, terwijl
ook het schatten van de chromosomale positie van homologe recombinatiegebeurtenissen die hebben
verstoorde de klonale erfenis.
Opties:
-x NUM Stelt het aantal iteraties in na inbranden (standaard is 50000)
-y NUM Stelt het aantal inbrand-iteraties in (standaard is 50000)
-z NUM Stelt het aantal iteraties tussen samples in (standaard is 100)
-e NUM Stelt het aantal vertakkingswisselingen per iteratie in (standaard is dat de helft van
de tijd wordt besteed aan het wisselen van vestigingen)
-m NUM Stelt de initiële waarde van theta in op NUM (standaard is Watterson-schatting)
-d NUM Stelt de beginwaarde van delta in op NUM (standaard is 0.001)
-n NUM Stelt de beginwaarde van nu in op NUM (standaard is 0.01)
-r NUM Stelt de beginwaarde van R in op NUM (standaard is beginwaarde theta/10)
-M Werk de waarde van theta bij
-D Werk de waarde van delta niet bij
-N Werk de waarde van nu niet bij
-R Werk de waarde van R niet bij
-T Werk de topologie niet bij
-A Werk de leeftijden van de knooppunten niet bij
-G Verwijder alle gaten
-H Verwijder alle openingen op niet-polymorfe posities
-t NUM Geef aan welke initiële boom moet worden gebruikt: 0 voor een nulboom, 1 voor een uniform gekozen boom
samenvloeiende boom en 2 voor UPGMA-boom (standaard)
-w FILE
Gebruik het Newick-bestand voor de initiële boom
-a NUM Stelt de eerste parameter in van de eerdere beta-distributie van nu
-b NUM Stelt de tweede parameter van de eerdere beta-distributie van nu in
-U Gebruik uniforme priors voor rho, theta en delta
-B Draai in BURST-modus
-C Voer het uit in UPGMA-modus met een site-by-site bootstrap-procedure
-c Uitvoeren in UPGMA-modus met een fragment-voor-fragment bootstrap-procedure
-S NUM Stelt de seed voor de generator voor willekeurige getallen in op NUM
-E NUM Stelt de snelheid van exponentiële groei in (standaard is 0)
-I Negeert eerste blok in de uitlijning
-L Reinig de uitlijning voordat u ClonalFrame uitvoert
-l Minimale afstand tussen twee referentielocaties (standaard is 50)
-v Uitgebreide modus
Gebruik ClonalFrame online met behulp van onworks.net-services
