cmfetch - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

cmfetch - haal covariantiemodel(len) op uit een bestand

KORTE INHOUD

cmophalen [Opties]
(haalt CM met de naam op )

cmophalen -f [Opties]
(haalt alle CM's op die zijn vermeld in )

cmophalen --inhoudsopgave [Opties]
(indexen voor ophalen)

PRODUCTBESCHRIJVING

Haalt een of meer CM's op uit een (bijvoorbeeld een grote Rfam-database).

Om zeer snel ophalen mogelijk te maken, indexeert u het eerst, gebruiken cmophalen --inhoudsopgave. De index
is een binair bestand met de naam .ssi.

De standaardmodus is het ophalen van een enkele CM op naam of toetreding, genaamd de . Voor
voorbeeld:

% cmfetch Rfam.cm-tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Met de -f optie, een die een lijst met een of meer sleutels bevat, wordt in plaats daarvan gelezen.
Het eerste door witruimte gescheiden veld op elke niet-lege regel zonder commentaar van de
wordt gebruikt als een , en eventuele resterende gegevens op de lijn worden genegeerd. Dit maakt variatie mogelijk
van door spaties gescheiden gegevensbestanden die moeten worden gebruikt als S.

Tijdens gebruik -f en , if is geïndexeerd, worden de sleutels opgehaald in de
volgorde waarin ze voorkomen in de , maar als wordt niet geïndexeerd, sleutels worden opgehaald
de volgorde waarin ze voorkomen in de . Dit is een neveneffect van een implementatie die
maakt het mogelijk om meerdere sleutels op te halen, zelfs als de is een niet-terugspoelbare stream, zoals
een standaard invoerleiding.

Bij normaal gebruik (zonder --inhoudsopgave or -f opties), kan '-' (streepje) zijn, wat betekent
input lezen van stdin in plaats van een bestand. Met de --inhoudsopgave keuze, is misschien niet
'-'; het heeft geen zin om een ​​standaard invoerstroom te indexeren. Met de -f optie ook
or (maar niet beide) mag '-' zijn. Het is vaak bijzonder nuttig om te lezen
van standaardinvoer, omdat hierdoor een willekeurige opdrachtregel kan worden gebruikt
aanroepen om een ​​lijst met CM-namen of toetredingen te maken en ze vervolgens allemaal naar een nieuw bestand op te halen,
gewoon met één commando.

Standaard wordt de CM afgedrukt naar standaarduitvoer in Infernal-1.1-indeling.

OPTIES

-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.

-f Het tweede opdrachtregelargument is a in plaats van een enkele . De
eerste veld op elke regel van de wordt gebruikt als ophaalactie (een CM-naam
of toetreding). Lege regels en commentaarregels (die beginnen met een #-teken) zijn dat wel
buiten beschouwing gelaten.

-o Voer CM('s) uit naar bestand in plaats van naar standaarduitvoer.

-O Voer CM('s) uit naar individuele bestanden met de naam in plaats van standaarduitvoer. Met de
-f optie, kan dit ertoe leiden dat er veel bestanden worden gemaakt.

--inhoudsopgave
In plaats van één of meerdere profielen op te halen , indexeer de For
toekomstige ophaalacties. Hierdoor ontstaat een .ssi binair indexbestand.

Gebruik cmfetch online met behulp van onworks.net-services