Dit is de opdracht compalign die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
compalign - vergelijk twee meervoudige uitlijningen
KORTE INHOUD
schikken [-opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
schikken berekent de fractionele "identiteit" tussen de vertrouwde uitlijning en de test
uitlijning. De twee bestanden moeten exact dezelfde reeksen bevatten, in precies dezelfde
order.
De identiteit van de uitlijningen van meerdere sequenties wordt gedefinieerd als de gemiddelde identiteit over
alle N(N-1)/2 paarsgewijze uitlijningen.
De fractionele identiteit van twee sets paarsgewijze uitlijningen wordt op zijn beurt als volgt gedefinieerd:
(voor uitgelijnde bekende sequenties k1 en k2 en uitgelijnde testsequenties t1 en t2):
overeenkomende kolommen / totaal aantal kolommen
waarbij totale kolommen = het totale aantal kolommen waarin er is
een geldig (nongap) symbool in k1 of k2;
overeenkomende kolommen = het aantal kolommen waarin een van de
volgende is waar:
k1 en k2 hebben beide geldige symbolen in een bepaalde kolom; t1 en t2
hebben dezelfde symbolen uitgelijnd in een kolom van de t1/t2
uitlijning;
k1 heeft een symbool uitgelijnd met een opening in k2; dat symbool in t1 is
ook uitgelijnd op een opening;
k2 heeft een symbool uitgelijnd met een opening in k1; dat symbool in t2 is
ook afgestemd op een kloof.
Omdat scores voor alle mogelijke paren worden berekend, is het algoritme van de orde (N^2)L voor
N sequenties van lengte L; grote reeksen duren even.
OPTIES
Beschikbare opties:
-h Druk korte help- en gebruiksinformatie af.
-c Vergelijk alleen onder de gemarkeerde #=CS-consensusstructuur.
--informeren
Specificeer dat beide uitlijningen in formaat zijn (MSF, bijvoorbeeld).
--stil
Onderdruk uitgebreide koptekst (gebruikt bij regressietesten).
Compalign online gebruiken met onworks.net-services
