Dit is het commando correct_abundances dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
correct_abundances - voer de stap voor het corrigeren van genoomabundance-gelijkenis uit
KORTE INHOUD
juiste_overvloed NAMEN
PRODUCTBESCHRIJVING
Voer de stap voor gelijkeniscorrectie uit.
Opmerking: hoewel het mogelijk is om de read mappers met de hand uit te voeren of om de gelijkenis te creëren
matrix handmatig, we raden ten zeerste aan om de meegeleverde Python-scripts 'run_mappers.py' te gebruiken
en 'create_similarity_matrix.py'.
OPTIES
NAMEN: Bestandsnaam van het namenbestand; het bestand met platte tekstnamen moet één naam per naam bevatten
lijn. De naam wordt gebruikt als identificatie in het hele algoritme.
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af
-m SMAT, --gelijkenis-matrix=SMAT
Pad naar gelijkenismatrixbestand. De gelijkenismatrix moet daarmee worden gemaakt
NAMES-bestand. [standaard: ./similarity_matrix.npy]
-s SAMEN, --sambestanden=SAM
Patroon dat verwijst naar de SAM-bestanden die zijn gemaakt door de mapper. Tijdelijke aanduiding voor de naam
is "%s". [standaard: ./SAM/%s.sam]
-b LAARS, --bootstrap-voorbeelden=BOOT
Stel het aantal bootstrap-voorbeelden in. Gebruik 1 om bootstrapping uit te schakelen [standaard: 100]
-o UIT, --uitvoer=OUT
Uitvoerbestand in platte tekst met de resultaten. [standaard: ./resultaten.txt]
Gebruik correct_abundances online met behulp van onworks.net-services
