Dit is de opdracht cpgplote die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
cpgplot - Identificeer en plot CpG-eilanden in nucleotidesequentie(s)
KORTE INHOUD
cpgplot -volgorde vervolg -venster geheel getal -minuten geheel getal -mino drijven -minpc drijven
-uitbestand uitbestand -verhaal toggle -grafiek xygraaf -obsexp boolean -cg boolean
-PC boolean -overtreffen prestatie
cpgplot -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
cpgplot is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite”). Het maakt deel uit van de commandogroep(en) "Nucleic:CpG Islands".
OPTIES
Invoer sectie
-volgorde vervolg
Nodig sectie
-venster geheel getal
Het percentage CG-gehalte en de waargenomen frequentie van CG worden berekend binnen a
venster waarvan de grootte wordt ingesteld door deze parameter. Het venster wordt in de reeks omlaag verplaatst en
deze statistieken worden berekend op elke positie waarnaar het venster wordt verplaatst. Standaard
waarde: 100
-minuten geheel getal
Hiermee wordt de minimale lengte vastgelegd die een CpG-eiland moet zijn voordat het wordt gerapporteerd.
Standaardwaarde: 200
-mino drijven
Hiermee wordt de minimale gemiddelde waargenomen tot verwachte verhouding van C plus G tot CpG in een set ingesteld
van 10 vensters die nodig zijn voordat een CpG-eiland wordt gemeld. Standaardwaarde: 0.6
-minpc drijven
Hiermee wordt het minimale gemiddelde percentage G plus C ingesteld op een set van 10 vensters
vereist voordat een CpG-eiland wordt gemeld. Standaardwaarde: 50.
uitgang sectie
-uitbestand uitbestand
Hiermee wordt de naam ingesteld van het bestand dat het rapport van de invoerreeksnaam, CpG, bevat
eilandparameters en de uitvoerdetails van eventuele gevonden CpG-eilanden.
-verhaal toggle
Standaardwaarde: Y
-grafiek xygraaf
-obsexp boolean
Als dit op waar is ingesteld, wordt de grafiek van de waargenomen tot verwachte verhouding van C plus G weergegeven
CpG binnen een venster wordt weergegeven. Standaardwaarde: Y
-cg boolean
Als dit op waar is ingesteld, wordt de grafiek weergegeven van de regio's waarvan is vastgesteld dat ze waar zijn
CpG-eilanden worden weergegeven. Standaardwaarde: Y
-PC boolean
Als dit op true staat, dan is de grafiek van het percentage C plus G binnen een venster dat ook
weergegeven. Standaardwaarde: Y
-overtreffen prestatie
Bestand voor uitvoerfuncties
Gebruik cpgplote online met behulp van onworks.net-services
