dcmstack - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

dcmstack - DICOM naar NIfTI-converter

PRODUCTBESCHRIJVING

gebruik: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--bestemmingsmap DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-volgorde VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--tijdvolgorde TIME_ORDER] [--vectorvolgorde VECTOR_ORDER]
[-l] [--vertaler uitschakelen DISABLE_TRANSLATOR] [--uittreksel-privé] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--versie]
[hoofdmap [hoofdmap ...]]

Stapel DICOM-bestanden van elke bronmap in 2D- tot 5D-volumes, optioneel extraheren
metagegevens.

positie- argumenten:
src_dirs
De bronmappen die DICOM-bestanden bevatten.

optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af

Invoer opties:
--geforceerd lezen
Probeer alle bestanden als DICOM te lezen, zelfs als de preambule ontbreekt.

--bestand-ext FILE_EXT
Probeer alleen bestanden met de opgegeven extensie te lezen. Standaard: .dcm

--toestaan-dummies
Sta DICOM-bestanden toe die pixelgegevens missen en dat deel van de uitvoer vullen
nifti met de maximaal representatieve waarde.

uitgang opties:
--best-dir DEST_DIR
Doelmap, standaard ingesteld op de bronmap.

-o OUTPUT_NAME, --uitvoernaam OUTPUT_NAME
String in Python-indeling die de uitvoerbestandsnamen bepaalt op basis van DICOM-tags.

--uitvoer-ext OUTPUT_EXT
De extensie voor het uitvoerbestandstype. Standaard: .nii.gz

-d, --dump-meta
Dump de geëxtraheerde metagegevens in een JSON-bestand met dezelfde basisnaam als de
gegenereerde Nifti

--embed-meta
Sluit de geëxtraheerde metagegevens in een Nifti-headerextensie in (in JSON-indeling).

Stapelen Opties:
-g GROUP_BY, --groeperen op GROUP_BY
Door komma's gescheiden lijst met metagegevenssleutels om invoerbestanden in stapels te groeperen.

--voxel-bestelling VOXEL_ORDER
Orden de voxels zodat de ruimtelijke indices starten vanuit deze richtingen bij de patiënt
ruimte. De aanwijzingen in de patiëntruimte moeten worden gegeven als een code van drie tekens:
(l)links, (rechts), (a)nterior, (p)osterior, (s)superieur, (i)nferieur. Een lege doorgeven
string zal heroriëntatie uitschakelen. Standaard: LAS

-t TIME_VAR, --tijd-var TIME_VAR
Het sleutelwoord van het DICOM-element dat moet worden gebruikt om de stapel volgens de tijdsdimensie te ordenen.

--vector-var VECTOR_VAR
Het DICOM-elementsleutelwoord dat moet worden gebruikt om de stapel langs de vectordimensie te ordenen.

--tijd-bestelling TIME_ORDER
Zorg voor een tekstbestand met de gewenste volgorde voor de waarden (één per regel) van de
attribuut gebruikt als de tijdvariabele. Deze optie is zelden nodig.

--vector-volgorde VECTOR_ORDER
Zorg voor een tekstbestand met de gewenste volgorde voor de waarden (één per regel) van de
attribuut dat als vectorvariabele wordt gebruikt. Deze optie is zelden nodig.

meta Afkomst en Filtering Opties:
-l, --lijst-vertalers
Lijst ingeschakelde vertalers en afsluiten

--uitschakelen-vertaler UITSCHAKELEN_VERTALER
Schakel de vertalers voor de verstrekte tags uit. Tags moeten in het formaat worden gegeven
"0x0_0x0". In een door komma's gescheiden lijst kunnen er meerdere worden opgegeven. Als het woord "alle"
is voorzien, worden alle vertalers uitgeschakeld.

--extract-privé
Extraheer metagegevens uit privé-elementen, zelfs als er geen vertaler is. Als de
waarde voor het element niet-ascii-bytes bevat, wordt deze nog steeds genegeerd. De
geëxtraheerde metagegevens kunnen nog steeds worden uitgefilterd door de reguliere expressies.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Neem alle metagegevens op waarvan de sleutel overeenkomt met de opgegeven reguliere expressie. Dit
zal alle uitsluitingsexpressies overschrijven. Geldt voor alle metadata.

-e EXCLUDE_REGEX, --exclusief-regex UITSLUITEN_REGEX
Sluit alle metagegevens uit waarvan de sleutel overeenkomt met de opgegeven reguliere expressie. Dit
zal de standaard uitsluitingsexpressies aanvullen. Geldt voor alle metadata.

--standaard-regexes
Druk de lijst af met standaard expressies voor opnemen en uitsluiten en sluit af.

Algemeen Opties:
-v, --uitgebreid
Extra informatie afdrukken.

--streng
Mislukt bij de eerste uitzondering in plaats van een waarschuwing weer te geven.

--versie
Toon de versie en sluit af.

HET IS UW VERANTWOORDELIJKHEID OM TE WETEN OF ER PRIVÉGEZONDHEIDSINFORMATIE IN DE METADATA IS
GENTEGREERD DOOR DIT PROGRAMMA.

Gebruik dcmstack online met onworks.net-services