Dit is de e-PCR-opdracht die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
e-PCR — Vind sequentie-gelabelde locaties (STS) in DNA-sequenties
KORTE INHOUD
e-PCR [-hV] [posix-opties] stsbestand [snel [compat-opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
Het programma vervangt explosies op de locatie van parenprimers op het genoom die mogelijk zijn
een PCR-product opleveren.
OPTIES
posix-opties zijn:
-m=## Marge (standaard 50)
-w=## Woordgrootte (standaard 7)
-n=## Max. mismatches toegestaan (standaard 0)
-g=## Max. indels toegestaan (standaard 0)
-f=## Gebruik ## onsamenhangende woorden, langzaam als ##>1
-o=## Uitvoerbestand instellen
-t=## Uitvoerformaat instellen:
1 - klassiek, bereik (pos1..pos2)
2 - klassiek, middelpunt
3 - in tabelvorm
4 - tabellarisch met uitlijning in opmerkingen (langzaam)
-d=##-## Standaardgroottebereik instellen (standaard 100-350)
-p=+- Zet de nabewerking van treffers aan/uit
-v=## Breedsprakigheid vlaggen
-een=een | f Gebruik vooraf ingestelde uitlijningen (alleen als openingen>0), langzaam
a - Altijd of f - als Fallback
-x=+- Gebruik 5'-uiteinde maskering van primers in kleine letters (standaard -)
-u=+- Alle primers in hoofdletters (standaard -)
compat-opties (dubbele posix-opties) zijn
M=## Marge (standaard 50)
W=## Woordgrootte (standaard 7)
N=## Aantal toegestane mismatches (standaard 0)
G=## Max. indels toegestaan (standaard 0)
F=## Gebruik ## onderbroken woorden
O=## Stel het uitvoerbestand in op ##
T=## Uitvoerformaat instellen (1..3)
D=##-## Stel het standaardgroottebereik in
P=+- Postprocess-hits aan/uit
V=## Breedsprakigheid vlaggen
A=een | f Gebruik vooraf ingestelde uitlijningen (alleen als openingen>0), langzaam
a - Altijd of f - als Fallback
X=+- Gebruik 5'-uiteinde maskering van primers in kleine letters (standaard -)
U=+- Alle primers in hoofdletters (standaard -)
-midden Hetzelfde als T=2
Voor informatie over verdere mogelijkheden kunt u gewoon bellen e-PCR zonder enige opties.
Gebruik e-PCR online met behulp van de services van onworks.net