Dit is de opdracht edialigne die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
edialign - Lokale meervoudige uitlijning van sequenties
KORTE INHOUD
uitlijnen -sequenties vervolgreeks -nucmode lijst -revcomp boolean [-overlapping selectie]
[-koppeling lijst] [-maxfragl geheel getal] -fragmentatie boolean -fragsim geheel getal
[-het scoort boolean] [-drempelwaarde drijven] -masker boolean -dosterren boolean
-sternum geheel getal -uitbestand uitbestand -buitensq vervolg
uitlijnen -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
uitlijnen is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite”). Het maakt deel uit van de opdrachtgroep(en) "Uitlijning: Meerdere".
OPTIES
Invoer sectie
-sequenties vervolgreeks
Extra sectie
-nucmode lijst
Modus voor uitlijning van nucleïnezuursequenties (eenvoudig, vertaald of gemengd) Standaardwaarde: n
-revcomp boolean
Standaardwaarde: N
-overlapping selectie
Standaard worden overlapgewichten gebruikt als Nseq =<35, maar u kunt dit instellen op 'ja' of
'no' Standaardwaarde: standaard (wanneer Nseq =< 35)
-koppeling lijst
Clustermethode om sequentieboom te construeren (UPGMA, minimale koppeling of maximum
koppeling) Standaardwaarde: UPGMA
-maxfragl geheel getal
Standaardwaarde: 40
-fragmentatie boolean
Standaardwaarde: N
-fragsim geheel getal
Standaardwaarde: 4
-het scoort boolean
Standaardwaarde: N
-drempelwaarde drijven
Standaardwaarde: 0.0
uitgang sectie
-masker boolean
Standaardwaarde: N
-dosterren boolean
Standaardwaarde: N
-sternum geheel getal
Standaardwaarde: 4
-uitbestand uitbestand
-buitensq vervolg
Gebruik edialigne online met behulp van onworks.net-services
