freecontact - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

freecontact - snelle voorspeller van eiwitcontact

KORTE INHOUD

gratis contact [OPTIE]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < uitlijning.aln > contacten.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < uitlijning.fa | gratiscontact
--parprof evfold > contacts.out

vrij contact --ali=ALIFIEL --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --dichtheid=NUM --cov20=BOOL
--schatting-ivcov=BOOL --opening=NUM --icme-time-out=NUM --invoerformaat=[plat|xml]
--mincontsep=NUM --output-formaat=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-gewicht=NUM --rho=NUM --draden=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --versie

PRODUCTBESCHRIJVING

FreeContact is een contactvoorspeller voor eiwitresiduen die is geoptimaliseerd voor snelheid. GratisContact kan
functioneren als een versnelde drop-in voor de gepubliceerde contactvoorspellers EVfold-mfDCA van
DS. Marks et al. (2011) [1], en PSICOV van D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact wordt versneld door een combinatie van vectorinstructies, meerdere threads en
snellere implementatie van belangrijke onderdelen. Afhankelijk van de uitlijning, 8-voudige of hogere versnellingen
mogelijk.

Voor betekenisvolle resultaten is een voldoende grote afstemming vereist. Minimaal een
uitlijning met een effectieve (naweging) reekstelling groter dan de lengte van de
zoekvolgorde moet worden gebruikt. Afstemmingen met tienduizenden (effectieve) sequenties
worden als goede input beschouwd.

jackhmmer(1) of hhblits(1) kan bijvoorbeeld worden gebruikt om de uitlijningen te genereren.

[1] PLoS Eén. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 december 7.
Eiwit 3D-structuur berekend op basis van evolutionaire sequentievariatie. Merken DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bio-informatica. 2012 januari 15;28(2):184-90. Epub 2011 november 17. PSICOV: nauwkeurig
structurele contactvoorspelling met behulp van schaarse inverse covariantieschatting op grote veelvouden
sequentie-uitlijningen. JonesDT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Invoer
De volgende formaten worden ondersteund:

plat
Het volgende eenvoudige invoerbestandsformaat wordt gebruikt:

#querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENTIEZONDER GAPSOFINSERTIONS
-UITGELIJND---REEKS--MET-GAPS-----
EEN ANDERE UITGELIJNDE------------SEQUENTIE

De kopregels '#' zijn optioneel. Koplijnen worden gebruikt om contactresidu te berekenen
nummers en om respectievelijke zoekresiduen voor bepaalde uitvoerformaten op te zoeken.

Als er geen query is gedefinieerd, wordt de eerste reeks in de uitlijning gebruikt als de query
reeks. De zoekreeks mag geen gaten in de uitlijning bevatten.

Alle uitlijningsrijen moeten dezelfde lengte hebben en mogen alleen
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU VWXYZ-]. [B] is toegewezen aan [D], [Z] is toegewezen aan [E], [JOUX] zijn
toegewezen aan [X]. [X] komt alleen overeen met zichzelf voor het hele programma.

A2M-invoeruitlijningen kunnen worden geconverteerd naar het bovenstaande formaat met behulp van
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln kan worden gebruikt om het uitlijning rechtstreeks door te voeren
in vrijcontact.

xml XML-document met éénhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
element, gedefinieerd in het FreeContact-schema [4] afgeleid van BioXSD [5].

Voorbeeld: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

uitgang
Het originele EVfold-mfDCA- of PSICOV-uitvoerformaat wordt standaard gebruikt wanneer de respectieve
parameterprofiel is geselecteerd.

evolueren (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + gecorrigeerde norm (CN) contactscore
| | | | + wederzijdse informatie (MI) score
| | | + contactaminozuurresiducode
| | + contactresidunummer
| + contactaminozuurresiducode
+ contactresidunummer

Contacten worden gesorteerd op residunummer.

pfrmat_rr (PSICOV)
CASP-formaat voor residu-residuscheidingsvoorspelling (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + contactscore
| | +-+ bereik [Å] van Cb-Cb-afstand voorspeld voor het residupaar
| | (C-alfa voor glycines)
| | Deze twee velden zijn invariant in de uitvoer.
| + contactresidunummer
+ contactresidunummer

Contacten worden gesorteerd op score, aflopend.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?pagina=formaat>

bioxsd
XML-document met éénhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
element, gedefinieerd in het FreeContact-schema [4] afgeleid van BioXSD [5].

Voorbeeld: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Let op: aangezien BioXSD actief wordt ontwikkeld in samenwerking met FreeContact, is de
Het FreeContact-schema is mogelijk afgeleid van een versie die nog niet beschikbaar is op [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

De uitvoer vermeldt mogelijk niet alle mogelijke contacten.

REFERENTIES

Ingediend. FreeContact: snelle en gratis directe voorspelling van residu-residu-contact.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPTIES

-a [ --threads ] argument
Te gebruiken threads [0-). 0 betekent zoveel als kernen.

--apply-gapth arg
Als dit waar is, sluit u residukolommen en -rijen uit met een gewogen tussenruimtefrequentie > --gat
uit de covariantiematrix [Boolean].

-c [ --clustpc ] arg
BLOSUM-clusterpercentage [0-100].

--cov20 arg
Als dit waar is, laat dan één aminozuur buiten de covariantiematrix, zodat het niet overbepaald is
[Booleaans].

-d [ --dichtheid ] arg
Doelprecisiematrixdichtheid [0-1]. Set 0 om de dichtheid niet te beheersen.

--debuggen
Schakel foutopsporing in.

--schatting-ivcov arg
Gebruik inverse covariantiematrixschatting in plaats van matrixinversie [Boolean].

-f [ --ali ] arg (=-)
Uitlijningsbestand [pad]. Indien '-': standaardinvoer. Standaard: '-'.

-g [ --gapth ] arg
Gewogen intervalfrequentiedrempel (0-1).

-h [ --help ]
Produceer dit hulpbericht.

-i [ --invoerformaat ] arg (=plat)
Invoerformaat [plat|xml].

--icme-time-out arg (=1800)
Time-out voor schatting van de inverse covariantiematrix in seconden [0-). Toegepast op elke iversie
zelfstandig bellen. Als er een time-out optreedt, wordt het programma afgesloten met status 2.

--mincontsep arg
Minimale sequentiegewijze scheiding van contactresiduparen gegeven in aminozuren als
(ji>=arg). 1 voor aangrenzende resten. [1-).

-o [ --uitvoerformaat ] arg
Uitvoerformaat [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=standaard)
Parameterprofiel (optioneel) [default|evfold|psicov]. Het standaardprofiel is evolueren.

Opdrachtregelargumenten kunnen worden gebruikt om profielwaarden te overschrijven.

evolueren
Activeert de EVfold-mfDCA [1]-compatibiliteitsmodus.

psicov
Activeert de PSICOV [2]-compatibiliteitsmodus.

psicov-sd
Triggers PSICOV [2] verstandige standaardmodus: vaste standaard rho, geen dichtheidsregeling.

-w [ --pscount-gewicht ] arg
Gewicht pseudotelling [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
Pseudotelling [0-).

--fut
Print effectieve parameters op standaardfout. Gebruik deze optie om te zien welke parameters
gratiscontact(1) wordt in detail besproken. Dit is vooral handig wanneer de --parprof
optie wordt gebruikt in combinatie met andere opties.

--rho arg
Initiële waarde van Glasso-regularisatieparameter [0-). Indien negatief, kies waarde
automatisch.

--rustige arg (=0)
Druk alleen maar foutmeldingen af ​​bij standaardfouten. Heeft geen invloed --debuggen.

--vecz arg
Gebruik gevectoriseerde reeksweging indien beschikbaar [Boolean].

--versie
Gedrukte versie.

EXIT STATUS

0 Geen fout - succes.

1 Ongespecificeerde fout.

2 Een time-out (zie --ijs-time-out) heeft plaatsgevonden.

Voorbeelden

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

OPMERKINGEN

Gebruik voor optimale prestaties de Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS)
bibliotheek gecompileerd on de machine waar freecontact wordt uitgevoerd.

Gebruik gratis contact online met behulp van de onworks.net-services