Dit is de opdracht fsl die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fsl - analysetools voor FMRI-, MRI- en DTI-beeldvorming van de hersenen
PRODUCTBESCHRIJVING
FSL is een uitgebreide toolkit voor de analyse van medische beeldvormingsgegevens van de hersenen. Het
biedt tools voor gegevensvoorbewerking, hersenextractie, beeldregistratie en a
breed spectrum van statistische analyses. FSL biedt een eenvoudig te gebruiken GUI.
FSL vereist een aantal omgevingsvariabelen om correct in te stellen. Om dit te behalen,
bron het configuratiescript van /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Een manier om dit te doen
automatisch is om een regel toe te voegen met
. /etc/fsl/5.0/fsl.sh
naar het .bashrc-bestand in de thuismap van een gebruiker (of een bijbehorend bestand voor andere shells
dan bas). Mogelijk moet u eerst zo'n bestand maken.
Als alternatief installeert het Debian-pakket symbolische links voor alle FSL-tools in / Usr / bin dat
zorg ervoor dat de juiste configuratie automatisch wordt geladen. De symbolische namen zijn
voorafgegaan door de bijbehorende FSL versie om bestandsnaamconflicten te voorkomen en toe te staan
meerdere versies naast elkaar bestaan op hetzelfde systeem. Bijvoorbeeld de snijmachine commando is
beschikbaar als fsl5.0-slicer. Houd er rekening mee dat voor het gebruik van: FSL tools via deze symbolische links is het
niet nodig om de hierboven beschreven instellingsprocedure uit te voeren. Echter, dit gemak
functie is Debian-specifiek. Scripts die FSL-commando's gebruiken en bedoeld zijn om te worden gedeeld
met anderen moeten vertrouwen op niet-voorgefixeerde opdrachtnamen en de FSL-omgevingsvariabele
opstelling.
De FSL gebruikersinterface verwijst soms naar een FSLDIR. Op Debian-systemen is dit:
/usr/share/fsl/5.0 voor FSL-versie 5.0.
FSL documentatie en online hulp wordt geleverd door de fsl-5.0-doc pakket.
Vragen over het gebruik van FSL of gerelateerde theorie kan worden geplaatst op de FSL mailing
lijst (Zie http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).
PARALLELISATIE
FSL kan worden geconfigureerd om taken in te dienen bij een draaiende Sun Gridengine (SGE). hoewel niet alle
functionaliteit geïmplementeerd in FSL ondersteunt dit soort parallellisatie, de meest veeleisende
verwerkingstools (bijv. POSSUM en FDT) wel.
FSL zou SGE moeten kunnen gebruiken, zelfs als de omgevingsvariabele SGE_ROOT niet is ingesteld, zoals in
het geval van het Debian-pakket van SGE. Stel eenvoudig in om batchverwerking in te schakelen:
FSLPARALLEL=1
in de shell waar FSL draait. Dit kan permanent worden ingeschakeld in
/etc/fsl/5.0/fsl.sh
of van geval tot geval.
Gebruik fsl online met onworks.net-services
