Dit is de opdrachtgaeval die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gaeval - bereken dekkings- en integriteitsscores voor genmodellen op basis van transcripties
uitlijningen
KORTE INHOUD
Gaeval [opties] uitlijningen.gff3 genen.gff3 [meergenes.gff3
PRODUCTBESCHRIJVING
Basis opties:
-h|--help
druk dit helpbericht af en sluit af
-v|--versie
versienummer afdrukken en afsluiten
Gewichten voor het berekenen van de integriteitsscore (moet opgeteld maximaal 1.0 zijn):
-a|--alfa: DUBBEL
bevestigde introns, of % verwachte CDS-lengte voor single-exon-genen; standaard is 0.6
-b|--bèta: DUBBEL
exon-dekking; standaard is 0.3
-g|--gamma: DUBBEL
% verwachte 5' UTR-lengte; standaard is 0.05
-e|--epsilon: DUBBEL
% verwachte 3' UTR-lengte; standaard is 0.05
Verwachte featurelengtes voor het berekenen van de integriteitsscore:
-c|--exp-cds: INT
verwachte CDS-lengte (in bp); standaard is 400
-5|--exp-5putr: INT
verwachte 5' UTR-lengte; standaard is 200
-3|--exp-3putr: INT
verwachte 3' UTR-lengte; standaard is 100
Gebruik gaeval online met behulp van onworks.net-services
