gamgi - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gamgi - grafische interface voor algemene atomistische modellering

KORTE INHOUD

gagi [bestand_1.xml] ... [bestand_n.xml]

PRODUCTBESCHRIJVING

gagi is een computerpakket om atomaire structuren te construeren, te bekijken en te analyseren.

OPTIES

bestand_n.xml is een volledige naam zoals:

../dat/molecule/flavors/knoflook.xml
~/gamgi/dat/molecule/flavors/knoflook.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Object- en configuratiegegevens kunnen dus worden gemengd bestand_1.xml kan een voorkeurenbestand zijn, geladen
vóór de andere objectbestanden. Om de procedure te automatiseren, voegt u gewoon een regel als deze toe aan
~ / .bashrc:

alias gamgi='gamgi ~/gamgi/my_defaults.xml'

MILIEU

GAMGI_HELP
Stel deze variabele in om GAMGI te laten weten waar de Help-documentatiebestanden zijn. Voor
voeg bijvoorbeeld een regel toe als this to ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP=~/gamgi/gamgi/doc; exporteren GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Stel deze variabele in om GAMGI te laten weten waar de .ttf DejaVu-bestanden zijn om te renderen
solide lettertypen. Voeg bijvoorbeeld een regel toe als this to ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT=~/gamgi/gamgi/src/io/fonts; exporteren GAMGI_TEXT

BROWSER
Stel deze variabele in om GAMGI te laten weten welke browser moet worden gestart, als deze wordt gekozen
Help lezen. Voeg bijvoorbeeld een regel toe als this to ~ / .bashrc:

BROWSER=firefox; exporteren BROWSER

KLANTENSERVICE

Lees inleidende informatie met Help->Start. Blader door de documentatie op
http://www.gamgi.org/ of de lokale kopie op gagi/doc/. Gebruik de hulpmechanismen herenigd
onder de knop Help. Abonneer u op de mailinglijst[e-mail beveiligd]>.

Neem contact op met de auteur via[e-mail beveiligd]>.

In alle interfaces en formaten zijn lengtes in Angström, hoeken in graden en
decimale getallen worden weergegeven met punten. Elke parameter die kan worden gedefinieerd in een
interface kan ook in een bestand worden gedefinieerd en vice versa.

INTERFACES

Roteer, verplaats, schaal het geselecteerde object door op de linker, middelste of rechter muisknop te drukken.
Exporteer het geselecteerde object door Bestand->Exporteren te kiezen. De statusbalk toont het geselecteerde object
(links) en laag (rechts).

Om een ​​object te selecteren, kiest u Object->Selecteren en drukt u op het object. Of kies het object
class in het menu hierboven, met de middelste knop, voordat u op het object drukt. Of druk op
tweemaal Layer, Window of GAMGI in het bovenstaande menu. Wanneer het object geen beeld heeft
weergave, drukt u met de muis op het grafische gebied om een ​​menu op te roepen.

Om een ​​laag te selecteren, kiest u Laag->Selecteren en drukt u met de muis op het grafische gebied om te poppen
een menu op. Of kies de laagklasse in het menu hierboven, met de middelste knop ervoor
door met de muis over het grafische gebied te gaan, verschijnt er een menu.

Vaste objecten vereisen meestal lampen met diffuse en spiegelende componenten om correct te zijn
weergegeven in 3D-ruimte, anders zien ze er plat uit. Bedrade objecten hebben geen 3D
representatie, zodat diffuus en spiegelend licht niet wordt gereflecteerd en slecht zichtbaar wordt
bij gebruik van verlichting, tenzij een significante omgevingscomponent wordt gebruikt. Vaak is het de moeite waard
teken solide en bedrade objecten in verschillende lagen, met en zonder licht.

Wanneer een taakdialoogvenster geopend is, selecteert u Help->Huidige en een andere om te leren hoe het werkt
dialoogvenster verschijnt, waarin de betekenis van alle parameters in het taakdialoogvenster wordt uitgelegd.

Raadpleeg de referentiehandleiding op voor gedetailleerde uitleg van GAMGI-interfaces
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc/interfaces/referentie.html or
Help->Onderwerp->Interfaces.

FORMATS

GAMGI kan bestanden importeren in xyz en . Xml native formaat, automatisch geselecteerd door het bestand
verlenging. GAMGI kan bestanden exporteren naar .ps, .ppm, .jp[bijv, . Png, .tif[f], .x3d en native
. Xml formaten, automatisch geselecteerd door de bestandsextensie.

In het oorspronkelijke XML-formaat van GAMGI kan een watermolecuul worden beschreven als:












Raadpleeg de referentiehandleiding op voor gedetailleerde uitleg over GAMGI-indelingen
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc/formats/referentie.html or
Help->Onderwerp->Formaten.

Voorbeelden

Kies Help->Tutorials voor een lijst met volledig beschreven procedures, waarvan de meeste voorbeelden zijn
aspecten van het werk met GAMGI.

Gebruik gamgi online met behulp van onworks.net-services