geom - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

geom - analyseert een invoer van moleculaire geometrie in Cartesiaanse coördinaten.

PRODUCTBESCHRIJVING

Het programma geom leest een set cartesiaanse coördinaten en bepaalt daaruit de binding
afstanden (Bohr en Angström), verbindingshoeken, torsiehoeken, hoeken buiten het vlak
(optioneel), traagheidsmomenten en rotatieconstanten.

FILES VERPLICHT

input.dat - Invoerbestand
en een van de volgende:
geom.dat - geometriebestand
file11.dat - Geometrie/gradiëntbestand in PSI-indeling

FILES GEGENEREERD

geom.out - bestand met de analyse

INVOER OPTIES

De geom programma heeft de volgende mogelijkheden:

-h Help-informatie afdrukken (deze opties).

-azen [bestandsnaam]
Lees de invoer in een ACES-uitvoerindeling, waarbij elke regel uit atomair bestaat
symbool, atoomnummer en Cartesiaanse coördinaten (in Bohr). Het optionele argument
is de naam van het geometrie-invoerbestand, dat standaard is ingesteld op geom.dat.

-qchem [bestandsnaam]
Lees de invoer in een QCHEM-uitvoerindeling, waarbij elke regel uit het atoom bestaat
getal, het atoomsymbool en Cartesiaanse coördinaten (in Angstrom). De optionele
argument is de naam van het geometrie-invoerbestand, dat standaard is ingesteld op geom.dat.

-xyz [bestandsnaam]
Lees de invoer in een XYZ-uitvoerformaat. De eerste regel bevat het aantal
atomen en de tweede regel is een commentaarregel. Daaropvolgende regels bevatten elk de
atoomsymbool en Cartesiaanse XY- en Z-coördinaten (in Angstrom). De optionele
argument is de naam van het geometrie-invoerbestand, dat standaard is ingesteld op geom.dat.

- oeps Hoeken buiten het vlak afdrukken, waarbij hoek abcd is gedefinieerd als de gevormde hoek
door de vector ad en het vlak gedefinieerd door de atomen b, c en d.

DO_OOP = boolean
Hetzelfde als de hierboven beschreven opdrachtregeloptie -oop.

ISOTOPEN = Matrix of realen/strings
Gebruikt om massa's te specificeren die moeten worden gebruikt bij de berekening van het massamiddelpunt en
roterende constanten. Voor elk te berekenen isotopomeer is er één array voorzien.
De arrays kunnen getallen met drijvende komma combineren met strings die isotopen aanduiden.
Als deze array niet is opgegeven en file11.dat aanwezig is, dan zijn de massa's dat wel
verkregen door de atoomnummers in bestand 11 om te zetten. Als massa's niet worden gegeven door
ISOTOPEN of per bestand11, dan worden er geen massagerelateerde grootheden berekend.

-g [bestandsnaam]
Lees Cartesiaanse coördinaten uit een ander bestand dan file11.dat. Als een bestandsnaam dat niet is
gegeven, is de standaardwaarde geom.dat. Er wordt aangenomen dat het alternatieve bestand een indeling heeft
vergelijkbaar met die van PSI's geom.dat. Aangezien dergelijke bestanden geen atoomnummers bevatten,
de traagheidsmomenten en rotatieconstanten worden bij deze optie niet berekend
is gebruikt.

LEES_GEOM = boolean
Deze optie in input.dat vertelt geom om de geometrie van geom.dat in de PSI te lezen
geom.dat-indeling.

-a Druk parameters af voor alle paarafstanden.

PRINT_ALL_DIST = boolean
Hetzelfde als -a vlag hierboven beschreven.

-d afstand
Druk alleen parameters af met atoomparen die kleiner zijn dan afstand Bohr
uit elkaar (standaardwaarde is 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = waarde
Hetzelfde als de vlag -d hierboven beschreven.

-angström
De ingevoerde coördinaten zijn in Angström, niet in bohr.

ANGSTROM = boolean
If TRUE, zijn de ingevoerde coördinaten in Angström in plaats van Bohr. De standaardwaarde is
Juist.

Het volgende voorbeeld is voor het berekenen van de geometrische informatie voor water met
verschillende isotopen. De geometrie wordt gelezen uit geom.dat in plaats van uit
bestand11.dat.

geometrie: (
read_geom = waar
isotopen = (
(OHH)
(VREEMD)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 juni, 1998 geom(1)

Gebruik geom online met behulp van onworks.net-services