gff2aplot - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gff2aplot - GFF-bestanden converteren voor paarsgewijze uitlijning naar PostScript.

KORTE INHOUD

gff2plot [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze handleiding documenteert in het kort de: gff2plot opdracht.

gff2plot is een programma dat daarvoor met kleur gevulde uitlijningsplots uit GFF-bestanden tekent
uitlijning en annotaties van twee reeksen.

OPTIES

Een dubbel streepje op zichzelf "--" geeft het einde van de opties en het begin van de bestandsnamen aan (if
cadeau). U kunt een enkel streepje "-" gebruiken als tijdelijke aanduiding voor STDIN. Beschikbare opties en een
korte beschrijving vindt u hier:

-H, --help
Overzicht van opties weergeven.

--versie
Toont de huidige versie en sluit af.

-in, --uitgebreid
In de uitgebreide modus wordt een volledig rapport verzonden naar de standaardfout (standaard is ingesteld op weergeven
alleen WAARSCHUWINGEN).

-V, --logs-bestandsnaam
Het rapport wordt naar een logbestand geschreven.

-Q, --stil
Stille modus, geen bericht/waarschuwing weergeven bij standaardfout (alleen rapportage
FOUTEN).

-P, --pagina grootte
Voor het instellen van een paginagrootte uit vooraf gedefinieerde formaten, zie hieronder voor een lijst met beschikbare pagina's
formaten).

--marge-links

--marge-rechts

--marge-top

--marge-bodem
Elke paginamarge instellen op . Als er geen eenheden zijn opgegeven, worden er punten aangenomen,
u kunt punten, millimeters, centimeters of inches (pt, mm, cm of in,
respectievelijk).

-B, --Achtergrond kleur
Achtergrond kleur.

-F, --voorgrondkleur
Voorgrondkleur.

-T, --titel
Plottitel definiëren.

-T, --ondertitel
De ondertitel van het plot definiëren.

-X, --x-label
Label op de X-as definiëren.

-Ja, --y-label
Label voor de Y-as definiëren.

-L, --procent-doos-label
Percentage-box-label definiëren.

-ik, --extra-doos-label
Extra dooslabel definiëren.

-X, --x-reeks-coördinaten

-S, --start-x-reeks
Stelt het eerste nucleotide van de X-sequentie in.

-IS, --end-x-reeks
Stelt de laatste nucleotide van de X-reeks in.

-ja, ---y-sequentie-coördinaten

-Ja, --start-y-reeks
Stelt het eerste nucleotide van de Y-sequentie in.

-e, --end-y-reeks
Stelt de Y-sequentie in als laatste nucleotide.

--x-reeks-zoom

--y-reeks-zoom

-Z, --zoom [ [-S ] [-E ] [-S ] [-e ] ]
Met deze optie zoomt u in op een gebied dat u hebt geselecteerd met -S,-E,-s,-e (alle vier zijn optioneel).

-z, --zoom-gebied [ [-S ] [-E ] [-S ] [-e ] ]
Deze optie markeert een zoomgebied op uw plot, maar maakt geen zoom.

-EEN, --uitlijningsnaam
Definiëren welk alignement wordt geplot als u meer dan één alignement heeft
in uw gff-invoer.

-N, --x-reeksnaam
Bepalen welke reeks op de X-as wordt geplot.

-N, --y-reeksnaam
Bepalen welke reeks op de Y-as wordt geplot.

-R, --aplot-xy-noteq
Standaard hebben de X- en Y-assen dezelfde lengte. Deze optie schakelt dergelijk gedrag uit, dus X
en de Y-sequentie zal een aslengte hebben die evenredig is met hun nucleotidelengtes.

-R, --xy-assen-schaal <X/Y verhouding>
Met deze optie kunt u een andere schaal instellen tussen de lengtes van de X- en Y-as (door
standaard is '1'). Waarden onder 1 maken Y groter dan X, en groter dan 1 resulteert in
X groter maken dan Y. # Moet beter uitgelegd worden.

-W, --aln-schaalbreedte
Schaalscore op breedte voor Aplot-lijnen.

-w, --aln-schaal-kleur
Schaalscore op kleur voor Aplot-lijnen.

-K, --show-linten
Forceer linten zodat alle functies op assen de volgende waarden hebben: (N)één, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth.

-G, --raster tonen
Schakelt het rooster 'aan' (standaard is 'uit').

-G, --verberg-raster
Schakelt het raster uit (indien ingeschakeld vanuit aanpassingsbestanden).

-L, --show-procent-box
Schakelt 'aan' Percentagevak (standaard is 'uit').

-l, --verberg-procent-box
Schakelt 'uit' Percentagevak (indien ingesteld op 'aan' bij aangepaste bestanden).

-O, --show-extra-box
Schakelt Extra box 'aan' (standaard is 'uit').

-O, --verberg-extra-doos
Schakelt Extra box 'uit' (indien ingesteld op 'aan' bij aangepaste bestanden).

-NS, --aplot-box-kleur
Teken de achtergrondkleur van het hoofdvak.

-NS, --procent-box-kleur
Achtergrondkleur van het percentagevak.

-B, --extra-box-kleur
Achtergrondkleur extra doos.

--geen waarschuwingen
Schakel waarschuwingen uit die op het uiteindelijke PostScript-figuur kunnen verschijnen wanneer X-reeks,
Invoergegevens voor Y-reeks en/of uitlijning ontbreken.

-een, --verberg-credits
Schakel de gff2aplot-kredietlijn op het perceel uit.

--debuggen
Rapporteren van variabele inhoud bij het testen van het programma. Vereist dat lograpportbestand
optie is ook geactiveerd.

--lay-out-var ' '

--volgorde-var ' '

--bron-var ' '

--streng-var ' '

--groep-var ' '

--kenmerk-var ' '
Een feature/group/strand/source/sequence/lay-outaanpassingsvariabele laden van
opdrachtregel. U kunt verschillende variabelen instellen door een van deze opties te herhalen:
d.w.z:
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blauw' ...

-C, --aangepaste bestandsnaam
Aanpassingsparameters laden vanuit een bepaald bestand (indien standaard ".gff2aplotrc"
bestaat, wordt ervoor geladen).

Dit zijn de kleuren die zijn gedefinieerd in gff2aplot:
+ Standaardkleuren: zwart wit.
+ Kleurenpalet:
grijs roze magenta violet blauw hemelsblauw cyaan zeegroen
groen limegroen geel oranje rood bruin
U kunt maximaal negen kleurschakeringen verkrijgen uit Variabele Kleuren met "verydeep",
"diep", "zeer donker", "donker", "licht", "zeer licht", "bleek" en "zeer bleek" voorvoegsels,
als voorbeeld:
heel diepblauw, diepblauw, heel donkerblauw, donkerblauw, blauw, lichtblauw, heel lichtblauw,
lichtblauw en zeer lichtblauw.
+ Dynamische kleuren: gradiëntregenboog.

De volgende paginaformaten zijn beschikbaar: van A0 tot A10, van B0 tot B10, 10x14,
executive, folio, ledger, legal, letter, quarto, statement en tabloid.

MILIEU VARIABELEN

Er zijn twee omgevingsvariabelen die door gebruikers op hun voorkeuren kunnen worden ingesteld:
+ U kunt het pad opgeven waar gff2aplot de standaardbestanden met de shell kan vinden
variabele "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". De standaardwaarde is het pad waar u naartoe loopt
gff2plot.
+ Je kunt ook de standaard aangepaste bestandsnaam definiëren die je leuk vindt met de variabele
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", de standaardbestandsnaam van het programma voor het aangepaste bestand is ".gff2aplotrc".
+ Nu hoeft gff2aplot geen tijdelijk bestand te schrijven, zodat eerdere versies wel kunnen worden gebruikt
standaard tijdelijke mappadvariabele ("GFF2APLOT_TMP") wordt niet langer gebruikt.
+ Die vars instellen in Bourne-shell en C-shell:
o Een Bourne-Shell gebruiken (bijv. bash):
export GFF2APLOT_CUSTOMPATH="pad" export GFF2APLOT_CUSTOMFILE="bestandsnaam"
o Een C-Shell gebruiken:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "pad" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "bestandsnaam"

Gebruik gff2aplot online met behulp van onworks.net-services