gff2ps - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gff2ps - Produceert PostScript grafische uitvoer van GFF-bestanden.

KORTE INHOUD

gff2ps [opties] -- gff_files

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit programma trekt met kleur gevulde DotPlots uit bestanden met gff-geformatteerde gegevensvelden. De
programma neemt als invoer de geannoteerde kenmerken op een genomische sequentie in GFF-formaat, en
produceert een visuele uitvoer in PostScript.

OPTIES

-h Overzicht van opties weergeven.

-H
Toont alleen hulp voor de gespecificeerde optie.

-V Uitgebreide modus, een volledig rapport wordt verzonden naar standaardfout (standaard wordt alleen verzonden)
waarschuwingen).

-v Stille modus: Schakel alle waarschuwingen uit, geen berichten verzonden naar standaardfout.

-d Schrijf (of herschrijf indien aanwezig) standaard aangepast bestand.

-D
Maak een nieuw standaard aangepast bestand met de opgegeven bestandsnaam.

-C
Laad het opgegeven aangepaste bestand en voeg het toe aan het standaard aangepaste bestand (.gff2psrc).

-s
Handig om het paginaformaat aan te passen (standaard is a4).

-p Verandert de pagina-oriëntatie naar Staand (standaard is Liggend).

-G
Stelt de kleur in voor FOREGROUND (standaard is zwart).

-g
Stelt de kleur in voor ACHTERGROND (standaard is wit).

-P <#> Stelt in hoeveel pagina's nodig zijn om uw uitvoer te splitsen (standaard is dat één).

-S <#> Zoom eerste nucleotide (standaard is sequentieoorsprong).

-E <#> Zoom laatste nucleotide (standaard is sequentielengte).

-B <#> Stelt blokken per pagina in (standaard is één).

-N <#> Stelt nucleotiden per regel in (standaard is de grootste sequentiepositie van invoer gff-
bestanden).

-b Blokken van links naar rechts en van boven naar beneden (standaard is eerst van boven naar beneden).

-L Schakel Header (titelgebied) uit.

-T
Titel definiëren (standaard is invoer gff-bestandsnaam).

-t
Ondertitel definiëren (standaard is geen).

-l Toont geen paginanummering.

-O Toont geen datum.

-o Toont geen tijd.

-M <#> Aantal grote maatstreepjes per regel (standaard 10).

-K <#> Grote maatstreepjes schaal in nucleotiden, standaard is nucleotide lengte voor lijnen
gedeeld door het nummer van de grote maatstreepjes (zie optie -T).

-m <#> Aantal kleine maatstreepjes tussen grote maatstreepjes (standaard 10).

-k <#> Kleine maatstreepjes schaal in nucleotiden standaard is grote maatstreepjes grootte gedeeld door
minor tickmarks nummer (zie optie -t).

-w, -f Schakel het weergeven van forward-strand (Watson) elementen uit.

-C, -r Schakel het weergeven van reverse-strand (Crick) elementen uit.

-i Schakel de weergave van strengonafhankelijke elementen uit.

-0
Stelt de kleur in voor frame "0" (standaard is blauw).

-1 Stelt de kleur in voor frame "1" (standaard is rood).

-2 Stelt de kleur in voor frame "2" (standaard is groen).

-3 Stelt de kleur in voor frame "." (standaard is oranje).

-n Schakel labels voor elementposities uit.

-a Zet CopyRight-regel op plot uit.

MILIEU VARIABELEN

Er zijn drie omgevingsvariabelen die door gebruikers naar hun voorkeuren kunnen worden ingesteld:

+ U kunt het pad specificeren waar GFF2PS de standaardbestanden kan vinden met de shell
variabele "GFF2PS_CFDIR". De standaardwaarde is het pad waar u GFF2PS uitvoert.
+ Je kunt ook de standaard aangepaste bestandsnaam definiëren die je leuk vindt met de variabele
"GFF2PS_CUSTOMFILE", de standaard bestandsnaam van het programma voor het aangepaste bestand is ".gff2psrc".
+ GFF2PS moet enkele tijdelijke bestanden schrijven in een map met machtigingen voor stroom
gebruiker kan lezen en schrijven. Het standaard tijdelijke mappad is ingesteld op "/ Tmp /" maar je kan
wijs een ander tijdelijk directorypad toe met behulp van de variabele "GFF2PS_TMP".

Die vars instellen in Bourne-shell (bash):
export GFF2PS_CFDIR="pad"
export GFF2PS_CUSTOMFILE="bestandsnaam"
export GFF2PS_TMP="pad"

Een C-Shell (csh) gebruiken:
setenv GFF2PS_CFDIR "pad"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "bestandsnaam"
setenv GFF2PS_TMP "pad"

OPMERKINGEN

* Gedefinieerde kleuren zijn:
Basiskleuren: zwart wit
Variabele kleuren: grijs magenta violet blauw hemelsblauw cyaan zeegroen groen limoengroen geel
oranje rood bruin
U kunt vijf kleurtinten krijgen van Variable Colors met "verydark", "dark", "light" en
"verylight" voorvoegsels. Een voorbeeld: zeerdonkerzeegroen donkerzeegroen zeegroen lichtzeegroen
zeerlichtzeegroen

* De gedefinieerde paginaformaten zijn:
Van A0 tot A10, van B0 tot B10, 10x14, executive, folio, ledger, legal, letter, quarto,
verklaring en tabloid.

Gebruik gff2ps online met onworks.net-services