ginsi - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mafft - Meervoudig uitlijningsprogramma voor aminozuur- of nucleotidesequenties

KORTE INHOUD

maf [opties] invoer [> uitgang]

Linsi invoer [> uitgang]

ginsi invoer [> uitgang]

eens invoer [> uitgang]

fftnsi invoer [> uitgang]

fftns invoer [> uitgang]

nwns invoer [> uitgang]

nwnsi invoer [> uitgang]

mafft-profiel group1 group2 [> uitgang]

invoer, group1 en group2 moet in FASTA-formaat zijn.

PRODUCTBESCHRIJVING

MAFFT is een programma voor het uitlijnen van meerdere sequenties voor Unix-achtige besturingssystemen. Het biedt
een reeks van meerdere uitlijningsmethoden.

Nauwkeurigheidsgericht methoden:
· L-INS-i (waarschijnlijk het meest nauwkeurig; aanbevolen voor <200 sequenties; iteratieve verfijning
methode met lokale paarsgewijze uitlijningsinformatie):

maf --lokaalpaar --maxitereren 1000 invoer [> uitgang]

Linsi invoer [> uitgang]

· G-INS-i (geschikt voor sequenties van vergelijkbare lengte; aanbevolen voor <200 sequenties;
iteratieve verfijningsmethode die globale paarsgewijze uitlijningsinformatie bevat):

maf --globalpaar --maxitereren 1000 invoer [> uitgang]

ginsi invoer [> uitgang]

· E-INS-i (geschikt voor sequenties met grote niet-uitlijnbare gebieden; aanbevolen voor
<200 reeksen):

maf --ep 0 --genafpaar --maxitereren 1000 invoer [> uitgang]

eens invoer [> uitgang]

Voor E-INS-i is de --ep 0 optie wordt aanbevolen om grote openingen toe te staan.

Snelheidsgericht methoden:
· FFT-NS-i (iteratieve verfijningsmethode; slechts twee cycli):

maf --retree 2 --maxitereren 2 invoer [> uitgang]

fftnsi invoer [> uitgang]

· FFT-NS-i (iteratieve verfijningsmethode; max. 1000 iteraties):

maf --retree 2 --maxitereren 1000 invoer [> uitgang]

· FFT-NS-2 (snel; progressieve methode):

maf --retree 2 --maxitereren 0 invoer [> uitgang]

fftns invoer [> uitgang]

· FFT-NS-1 (zeer snel; aanbevolen voor >2000 sequenties; progressieve methode met een ruwe
gids boom):

maf --retree 1 --maxitereren 0 invoer [> uitgang]

· NW-NS-i (iteratieve verfijningsmethode zonder FFT-benadering; slechts twee cycli):

maf --retree 2 --maxitereren 2 --noff invoer [> uitgang]

nwnsi invoer [> uitgang]

· NW-NS-2 (snel; progressieve methode zonder de FFT-benadering):

maf --retree 2 --maxitereren 0 --noff invoer [> uitgang]

nwns invoer [> uitgang]

· NW-NS-PartTree-1 (aanbevolen voor ~ 10,000 tot ~ 50,000 sequenties; progressieve methode
met het PartTree-algoritme):

maf --retree 1 --maxitereren 0 --noff --deelboom invoer [> uitgang]

Groep-naar-groep uitlijningen

mafft-profiel group1 group2 [> uitgang]

of:

maf --maxitereren 1000 --zaad group1 --zaad group2 /dev/null [> uitgang]

OPTIES

Algoritme
--auto
Selecteert automatisch een geschikte strategie uit L-INS-i, FFT-NS-i en FFT-NS-2,
volgens gegevensgrootte. Standaard: uit (altijd FFT-NS-2)

---6merpair
De afstand wordt berekend op basis van het aantal gedeelde 6-mers. Standaard: aan

--globalpaar
Alle paarsgewijze uitlijningen worden berekend met het Needleman-Wunsch-algoritme. Meer
nauwkeurig maar langzamer dan --6merpair. Geschikt voor een set van wereldwijd uitlijnbare
sequenties. Van toepassing op maximaal ~200 sequenties. Een combinatie met --maxiterate 1000
wordt aanbevolen (G-INS-i). Standaard: uit (6 mer-afstand wordt gebruikt)

--lokaalpaar
Alle paarsgewijze uitlijningen worden berekend met het Smith-Waterman-algoritme. Nauwkeuriger
maar langzamer dan --6merpair. Geschikt voor een set van lokaal uitlijnbare sequenties.
Van toepassing op maximaal ~200 sequenties. Een combinatie met --maxiterate 1000 is
aanbevolen (L-INS-i). Standaard: uit (6 mer-afstand wordt gebruikt)

--genafpaar
Alle paarsgewijze uitlijningen worden berekend met een lokaal algoritme met de gegeneraliseerde
affiene gap-kosten (Altschul 1998). Nauwkeuriger maar langzamer dan --6merpair. Geschikt
wanneer grote interne lacunes worden verwacht. Van toepassing op maximaal ~200 sequenties. EEN
combinatie met --maxiterate 1000 wordt aanbevolen (E-INS-i). Standaard: uit (6mer
afstand wordt gebruikt)

--snelpaar
Alle paarsgewijze uitlijningen worden berekend met FASTA (Pearson en Lipman 1988). FASTA is
verplicht. Standaard: uit (6 mer-afstand wordt gebruikt)

--gewichti aantal
Wegingsfactor voor de consistentieterm berekend op basis van paarsgewijze uitlijningen. Geldig
wanneer een van --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair of --blastpair is
geselecteerd. Standaard: 2.7

--retree aantal
Gidsboom is gebouwd aantal keer in de progressieve fase. Geldig met 6mer afstand.
Standaard: 2

--maxitereren aantal
aantal cycli van iteratieve verfijning worden uitgevoerd. Standaard: 0

--fft
Gebruik FFT-benadering in groep-naar-groep uitlijning. Standaard: aan

--noff
Gebruik geen FFT-benadering bij groepsuitlijning. Standaard: uit

--geen score
De uitlijningsscore wordt niet gecontroleerd in de iteratieve verfijningsfase. Standaard: uit (score
is nagekeken)

--memsave
Gebruik het Myers-Miller (1988) algoritme. Standaard: automatisch ingeschakeld wanneer de
uitlijningslengte is groter dan 10,000 (aa/nt).

--deelboom
Gebruik een snelle boombouwmethode (PartTree, Katoh en Toh 2007) met de 6-mer-afstand.
Aanbevolen voor een groot aantal (> ~ 10,000) sequenties die worden ingevoerd. Standaard: uit

--dpparttree
Het PartTree-algoritme wordt gebruikt bij afstanden op basis van DP. Iets nauwkeuriger en
langzamer dan --parttree. Aanbevolen voor een groot aantal (> ~10,000) sequenties zijn
invoer. Standaard: uit

--fastapartboom
Het PartTree-algoritme wordt gebruikt bij afstanden op basis van FASTA. Iets nauwkeuriger
en langzamer dan --parttree. Aanbevolen voor een groot aantal (> ~10,000) reeksen
zijn ingevoerd. FASTA is verplicht. Standaard: uit

--deelmaat aantal
Het aantal partities in het PartTree-algoritme. Standaard: 50

--groepsgrootte aantal
Maak de uitlijning niet groter dan aantal sequenties. Alleen geldig met de --*parttree
opties. Standaard: het aantal invoerreeksen

Parameter
--op aantal
Gap opening penalty bij groeps-tot-groep uitlijning. Standaard: 1.53

--ep aantal
Offset-waarde, die werkt als een boete voor het verlengen van tussenruimten, voor groeps-tot-groep afstemming.
Standaard: 0.123

--lop aantal
Gap opening penalty bij lokale paarsgewijze uitlijning. Geldig wanneer de --localpair of
--genafpair optie is geselecteerd. Standaard: -2.00

--lep aantal
Offsetwaarde bij lokale paarsgewijze uitlijning. Geldig wanneer de --localpair of --genafpair
optie is geselecteerd. Standaard: 0.1

--lexp aantal
Gap extension penalty bij lokale paarsgewijze uitlijning. Geldig wanneer de --localpair of
--genafpair optie is geselecteerd. Standaard: -0.1

--LOP aantal
Gap opening penalty om de uitlijning over te slaan. Geldig wanneer de --genafpair optie is
geselecteerd. Standaard: -6.00

--LEXP aantal
Gap extension penalty om de uitlijning over te slaan. Geldig wanneer de --genafpair optie is
geselecteerd. Standaard: 0.00

--bl aantal
BLOESEM aantal matrix (Henikoff en Henikoff 1992) wordt gebruikt. aantal=30, 45, 62 of 80.
Standaard: 62

--jtt aantal
JTT PAM aantal (Jones et al. 1992) matrix wordt gebruikt. aantal>0. Standaard: BLOSUM62

--tm aantal
Transmembraan PAM aantal (Jones et al. 1994) matrix wordt gebruikt. aantal>0. Standaard:
BLOSUM62

--aamatrix matrixbestand
Gebruik een door de gebruiker gedefinieerde AA-scorematrix. het formaat van matrixbestand is hetzelfde als die van
ONTPLOFFING. Genegeerd wanneer nucleotidesequenties worden ingevoerd. Standaard: BLOSUM62

--fmodel
Neem de AA/nuc-samenstellingsinformatie op in de scorematrix. Standaard: uit

uitgang
--clusteruit
Uitvoerformaat: clusterformaat. Standaard: uit (fasta-formaat)

--invoervolgorde
Uitvoervolgorde: hetzelfde als invoer. Standaard: aan

--herordenen
Uitvoervolgorde: uitgelijnd. Standaard: uit (invoervolgorde)

--boomout
Gidsboom wordt uitgevoerd naar de invoer.tree-bestand. Standaard: uit

--stil
Rapporteer geen voortgang. Standaard: uit

Invoer
--nuc
Neem aan dat de sequenties nucleotide zijn. Standaard: automatisch

--amino
Neem aan dat de sequenties aminozuren zijn. Standaard: automatisch

--zaad uitlijning1 [--zaad uitlijning2 --zaad uitlijning3 ​
Zaaduitlijningen gegeven in uitlijning_n (fasta-formaat) zijn uitgelijnd met reeksen in
invoer. De uitlijning binnen elk zaadje blijft behouden.

Gebruik ginsi online met onworks.net-services