Dit is de opdracht gmod_extract_dbxref_from_gff.plp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmod_extract_dbxref_from_gff.pl - Extraheert Dbxrefs uit GFF3-regels die Target hebben
attributen
KORTE INHOUD
% gmod_extract_dbxref_from_gff.pl gff_bestandsnaam > uitvoerbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
Voor GFF3-regels van het formulier:
chr1 CDNA cDNA_match 69388 69593 0 - . Dbxref=Sorghum_CDNA:Contig_448;Target=Contig_448 75 295 +
dat wil zeggen, die zowel de kenmerken Target als Dbxref hebben, extraheert dit script de Dbxref
waarde en drukt een lijst af met de database- en toetredingsdelen van de Dbxref-waarde. Dit
functionaliteit is afhankelijk van een standaardformaat voor de Dbxref-waarde, een formaat waarin de naam van het
database gaat vooraf aan de toetreding en wordt gescheiden door een dubbele punt.
motivering
Een ander script, gmod_make_gff_from_dbxref.pl, gebruikt een lijst met databases en toetredingen
(zoals dit script biedt) en een map met FASTA-bestanden en bouwt een GFF3-bestand dat
correspondeert met deze doelstellingen. Het nut van deze bestanden is om ze eerder in Chado te laden
dat de resultaten van computeranalyses worden geladen om ervoor te zorgen dat de database compleet is
foto van de uitgevoerde analyse.
OPDRACHTREGEL OPTIES
Geen.
Gebruik gmod_extract_dbxref_from_gff.plp online met behulp van onworks.net-services
