Dit is de opdracht gmx-confrms die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-confrms - Pas twee structuren aan en berekent de RMSD
KORTE INHOUD
gmx bevestigt [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-Nee [<.ndx>]] [-[nu] [-[niemand] [-[nee] mw] [-[geen] pbc]
[-[past niet] [-[geen naam] [-[geen label] [-[geen]bfac]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx bevestigt berekent de root mean square deviatie (RMSD) van twee structuren erna
kleinste kwadraten die de tweede structuur op de eerste passen. De twee structuren doen dat NIET
hoeven hetzelfde aantal atomen te hebben, alleen de twee indexgroepen die voor de pasvorm worden gebruikt, hoeven dat te doen
identiek zijn. Met -naam alleen overeenkomende atoomnamen uit de geselecteerde groepen zullen worden gebruikt
voor de fit- en RMSD-berekening. Dit kan handig zijn bij het vergelijken van mutanten van een eiwit.
De over elkaar geplaatste structuren worden naar een bestand geschreven. In een .pdb bestand de twee structuren zullen zijn
geschreven als afzonderlijke modellen (use rasmol -nmrpdb). Ook in een .pdb bestand, B-factoren berekend
van de atomaire MSD kunnen waarden worden geschreven -bfac.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp TPR
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp
-Nee [<.ndx>] (match.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
Andere opties:
-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden
-[niemand (Nee)
Schrijf alleen de passende structuur naar een bestand
-[nee] mw (Ja)
Massagewogen aanpassing en RMSD
-[geen] pbc (Nee)
Probeer moleculen weer heel te maken
-[past niet (Ja)
Voer kleinste kwadraten-superpositie uit van de doelstructuur op de referentie
-[geen naam (Nee)
Vergelijk alleen overeenkomende atoomnamen
-[geen label (Nee)
Kettinglabels A voor de eerste en B voor de tweede structuur toegevoegd
-[geen]bfac (Nee)
Voer B-factoren uit van atomaire MSD-waarden
Gebruik gmx-confrms online met behulp van onworks.net-services
