gmx-covar - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-covar - Bereken en diagonaliseer de covariantiematrix

KORTE INHOUD

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-van [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpa [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-u ] [-xvg ] [-[past niet]
[-[geen]ref] [-[nee]mwa] [-laatste ] [-[geen] pbc]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx covar berekent en diagonaliseert de (massagewogen) covariantiematrix. Alle
structuren worden aangepast aan de structuur in het structuurbestand. Wanneer dit geen vlucht is
Er wordt geen rekening gehouden met de periodiciteit van het invoerbestand. Wanneer de fit- en analysegroepen
identiek zijn en de analyse niet massa-gewogen is, zal de fit ook niet zijn
massa gewogen.

De eigenvectoren worden naar een trajectbestand geschreven (-v). Wanneer dezelfde atomen worden gebruikt voor
de fit en de covariantieanalyse wordt eerst de referentiestructuur voor de fit geschreven
met t=-1. Het gemiddelde (of referentie wanneer -ref wordt gebruikt) structuur wordt geschreven met t=0,
de eigenvectoren worden geschreven als frames met het eigenvectornummer als tijdstempel.

De eigenvectoren kunnen worden geanalyseerd met gmx anaal.

Keuze -ascii schrijft de hele covariantiematrix naar een ASCII-bestand. De opdracht van de
elementen is: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Keuze -xpm schrijft de hele covariantiematrix naar een .xpm bestand.

Keuze -xpa schrijft de atomaire covariantiematrix naar een .xpm bestand, dwz voor elk atoompaar
de som van de xx, yy en zz covarianties wordt geschreven.

Merk op dat de diagonalisatie van een matrix geheugen en tijd vereist die toenemen bij
minstens zo snel als dan het kwadraat van het aantal betrokken atomen. Het is gemakkelijk op te raken
geheugen, in welk geval dit hulpprogramma waarschijnlijk wordt afgesloten met een 'Segmentatiefout'. Je zou moeten
overweeg zorgvuldig of een gereduceerde set atomen zal voldoen aan uw behoeften voor lagere kosten.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Volledig precisietraject: TRR cpt tng

-van [<.gro/.g96/...>] (gemiddelde.pdb)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp

-l [<.log>] (covar.log)
Logbestand

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-xpa [<.xpm>] (covara.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-u (ps)
Eenheid voor tijdwaarden: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[past niet (Ja)
Aanpassen aan een referentiestructuur

-[geen]ref (Nee)
Gebruik de afwijking van de conformatie in het structuurbestand in plaats van van de
gemiddelde

-[nee]mwa (Nee)
Massa-gewogen covariantieanalyse

-laatste (-1)
Laatste eigenvector om weg te schrijven (-1 is tot de laatste)

-[geen] pbc (Ja)
Pas correcties toe voor periodieke randvoorwaarden

Gebruik gmx-covar online met behulp van onworks.net-services