gmx_d - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx - simulatiesuite voor moleculaire dynamiek

KORTE INHOUD

gmx [-[nee]h] [-[nee]stil] [-[geen]versie] [- [geen] auteursrecht] [-leuk ]
[-[geen]back-up]

PRODUCTBESCHRIJVING

GROMACS is een complete reeks programma's om moleculaire dynamische simulaties uit te voeren,
dat wil zeggen om het gedrag van systemen met honderden tot miljoenen deeltjes te simuleren
Newtoniaanse bewegingsvergelijkingen. Het wordt voornamelijk gebruikt voor onderzoek naar eiwitten, lipiden en
polymeren, maar kan worden toegepast op een breed scala aan chemisch en biologisch onderzoek
vragen.

OPTIES

Andere opties:

-[nee]h (Nee)
Druk hulp af en sluit af

-[nee]stil (Nee)
Druk geen algemene opstartinfo of offertes af

-[geen]versie (Nee)
Druk uitgebreide versie-informatie af en stop

- [geen] auteursrecht (Ja)
Druk copyrightinformatie af bij opstarten

-leuk (19)
Stel het nicelevel in (standaard hangt af van het commando)

-[geen]back-up (Ja)
Schrijf back-ups als er uitvoerbestanden bestaan

GMX COMMANDO'S

De volgende opdrachten zijn beschikbaar. Raadpleeg hun individuele man-pagina's of gmx
hulp voor meer details.

Traject analyse
gmx-gangle(1)
Hoeken berekenen

gmx-afstand(1)
Bereken afstanden tussen positieparen

gmx-vrij volume(1)
Bereken vrij volume

gmx-paardist(1)
Bereken paarsgewijze afstanden tussen groepen posities

gmx-rdf(1)
Bereken radiale verdelingsfuncties

gmx-sasa(1)
Bereken het oppervlak dat toegankelijk is voor oplosmiddelen

gmx-select(1)
Print algemene informatie over selecties

Het genereren van topologieën en coördinaten
gmx-editconf(1)
Bewerk het vak en schrijf subgroepen

gmx-x2top(1)
Genereer een primitieve topologie uit coördinaten

gmx-solvaat(1)
Los een systeem op

gmx-insert-moleculen(1)
Plaats moleculen in bestaande vacatures

gmx-genconf(1)
Vermenigvuldig een conformatie in 'willekeurige' richtingen

gmx-genie(1)
Genereer monoatomaire ionen op energetisch gunstige posities

gmx-genrestr(1)
Genereer positiebeperkingen of afstandsbeperkingen voor indexgroepen

gmx-pdb2gmx(1)
Converteer coördinatenbestanden naar topologie- en FF-compatibele coördinatenbestanden

Hardlopen a simulatie
gmx-gropp(1)
Maak een run-invoerbestand

gmx-mdrun(1)
Voer een simulatie uit, doe een normale modusanalyse of een energieminimalisatie

gmx-convert-tpr(1)
Maak een aangepast run-input-bestand

Weergeven trajecten
gmx-nmtraj(1)
Genereer een virtueel oscillerend traject uit een eigenvector

gmx-weergave(1)
Bekijk een traject op een X-Windows-terminal

In behandeling energieën
gmx-klysma(1)
Extraheer een energiematrix uit een energiebestand

gmx-energie(1)
Schrijft energieën naar xvg-bestanden en geeft gemiddelden weer

gmx-mdrun(1)
(Her)bereken energieën voor trajectframes met -rerun

Het omzetten bestanden
gmx-editconf(1)
Converteer en manipuleert structuurbestanden

gmx-eneconv(1)
Converteer energiebestanden

gmx-sigeps(1)
Converteer c6/12- of c6/cn-combinaties van en naar sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Voeg trajectbestanden samen

gmx-trjconv(1)
Converteer en manipuleert trajectbestanden

gmx-xpm2ps(1)
Converteer XPM (XPixelMap) matrices naar postscript of XPM

Tools
gmx-analyse(1)
Analyseer datasets

gmx-dyndom(1)
Interpoleer en extrapoleer structuurrotaties

gmx-filter(1)
Frequentiefiltertrajecten, handig voor het maken van vloeiende films

gmx-leugen(1)
Schat vrije energie uit lineaire combinaties

gmx-morph(1)
Interpoleer lineair tussen conformaties

gmx-pme_fout(1)
Schat de fout in bij het gebruik van PME met een bepaald invoerbestand

gmx-schijnvertoning(1)
Bereken vrije energieën of andere histogrammen uit histogrammen

gmx-ruimtelijk(1)
Bereken de ruimtelijke verdelingsfunctie

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatuur en rotatie-energie van trajecten

gmx-tune_pme(1)
Time mdrun als functie van PME-rangen om instellingen te optimaliseren

gmx-wham(1)
Voer een gewogen histogramanalyse uit na paraplubemonstering

gmx-controle(1)
Controleer en vergelijk bestanden

gmx-dump(1)
Maak binaire bestanden leesbaar voor mensen

gmx-make_ndx(1)
Indexbestanden maken

gmx-mk_angndx(1)
Genereer indexbestanden voor 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
Orde moleculen volgens hun afstand tot een groep

gmx-xpm2ps(1)
Converteer XPM (XPixelMap) matrices naar postscript of XPM

Afstanden tussen structuren
gmx-cluster(1)
Clusterstructuren

gmx-bevestigingen(1)
Pas twee constructies aan en berekent de RMSD

gmx-rms(1)
Bereken RMSD's met een referentiestructuur en RMSD-matrices

gmx-rmsf(1)
Bereken atomaire fluctuaties

Afstanden in structuren over niet de tijd of
gmx-mindist(1)
Bereken de minimale afstand tussen twee groepen

gmx-mdmat(1)
Bereken restcontactkaarten

gmx-polystat(1)
Bereken statische eigenschappen van polymeren

gmx-rmsdist(1)
Bereken atoompaarafstanden gemiddeld met macht -2, -3 of -6

Massa distributie vastgoed over niet de tijd of
gmx-gyrate(1)
Bereken de gyratiestraal

gmx-msd(1)
Berekent gemiddelde vierkante verplaatsingen

gmx-polystat(1)
Bereken statische eigenschappen van polymeren

gmx-rdf(1)
Bereken radiale verdelingsfuncties

gmx-rotacf(1)
Bereken de rotatiecorrelatiefunctie voor moleculen

gmx-rotmat(1)
Plot de rotatiematrix voor aanpassing aan een referentiestructuur

gmx-zonder(1)
Bereken neutronenverstrooiingsspectra met kleine hoeken

gmx-saxen(1)
Bereken röntgenverstrooiingsspectra met kleine hoeken

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatuur en rotatie-energie van trajecten

gmx-vanhove(1)
Bereken Van Hove-verplaatsings- en correlatiefuncties

Het analyseren van gebonden interacties
gmx-hoek(1)
Bereken verdelingen en correlaties voor hoeken en tweevlakken

gmx-mk_angndx(1)
Genereer indexbestanden voor 'gmx angle'

structuur- vastgoed
gmx-anadock(1)
Clusterstructuren van Autodock worden uitgevoerd

gmx-bundel(1)
Analyseer bundels van assen, bijvoorbeeld helices

gmx-clustgrootte(1)
Bereken grootteverdelingen van atomaire clusters

gmx-disre(1)
Analyseer afstandsbeperkingen

gmx-hbond(1)
Bereken en analyseer waterstofbruggen

gmx-bestelling(1)
Bereken de ordeparameter per atoom voor koolstofstaarten

gmx-opdrachtgever(1)
Bereken de hoofdtraagheidsassen voor een groep atomen

gmx-rdf(1)
Bereken radiale verdelingsfuncties

gmx-zoutbr(1)
Zoutbruggen berekenen

gmx-sorient(1)
Analyseer de oriëntatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen

gmx-spol(1)
Analyseer dipooloriëntatie en polarisatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen

Kinetisch vastgoed
gmx-bar(1)
Bereken gratis schattingen van energieverschillen via de acceptatieratio van Bennett

gmx-stroom(1)
Bereken diëlektrische constanten en huidige autocorrelatiefunctie

gmx-dos(1)
Analyseer op basis daarvan de dichtheid van toestanden en eigenschappen

gmx-kleurstofkoppeling(1)
Haal kleurstofdynamiek uit trajecten

gmx-opdrachtgever(1)
Bereken de hoofdtraagheidsassen voor een groep atomen

gmx-tcaf(1)
Viscositeiten van vloeistoffen berekenen

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatuur en rotatie-energie van trajecten

gmx-vanhove(1)
Bereken Van Hove-verplaatsings- en correlatiefuncties

gmx-velacc(1)
Bereken snelheid autocorrelatiefuncties

elektrostatische vastgoed
gmx-stroom(1)
Bereken diëlektrische constanten en huidige autocorrelatiefunctie

gmx-diëlektrisch(1)
Bereken frequentieafhankelijke diëlektrische constanten

gmx-dipolen(1)
Bereken de totale dipool plus fluctuaties

gmx-potentieel(1)
Bereken de elektrostatische potentiaal over de doos

gmx-spol(1)
Analyseer dipooloriëntatie en polarisatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen

gmx-genie(1)
Genereer monoatomaire ionen op energetisch gunstige posities

Eiwitspecifiek analyse
gmx-do_dssp(1)
Wijs een secundaire structuur toe en bereken het oppervlak dat toegankelijk is voor oplosmiddelen

gmx-chi(1)
Bereken alles wat je wilt weten over chi en andere dihedralen

gmx-helix(1)
Bereken basiseigenschappen van alfa-helices

gmx-helixorient(1)
Bereken lokale toonhoogte/buiging/rotatie/oriëntatie binnen helices

gmx-rama(1)
Bereken Ramachandran-plots

gmx-wiel(1)
Plot spiraalvormige wielen

interfaces
gmx-bundel(1)
Analyseer bundels van assen, bijvoorbeeld helices

gmx-dichtheid(1)
Bereken de dichtheid van het systeem

gmx-densmap(1)
Bereken 2D vlakke of axiale-radiale dichtheidskaarten

gmx-dichtheid(1)
Bereken oppervlaktefluctuaties

gmx-h2bestelling(1)
Bereken de oriëntatie van watermoleculen

gmx-hydrorder(1)
Bereken tetraëdriteitsparameters rond een bepaald atoom

gmx-bestelling(1)
Bereken de ordeparameter per atoom voor koolstofstaarten

gmx-potentieel(1)
Bereken de elektrostatische potentiaal over de doos

Covariantie analyse
gmx-anaeig(1)
Analyseer de eigenvectoren

gmx-covar(1)
Bereken en diagonaliseer de covariantiematrix

gmx-make_edi(1)
Genereer invoerbestanden voor essentiële dynamische bemonstering

Normaal modi
gmx-anaeig(1)
Analyseer de normale modi

gmx-nmeig(1)
Diagonaliseer de Hessiaan voor analyse in normale modus

gmx-nmtraj(1)
Genereer een virtueel oscillerend traject uit een eigenvector

gmx-nmens(1)
Genereer een ensemble van structuren uit de normale modi

gmx-gropp(1)
Maak een run-invoerbestand

gmx-mdrun(1)
Zoek een potentieel energieminimum en bereken de Hessiaan

COPYRIGHT

2015, GROMACS-ontwikkelingsteam

Gebruik gmx_d online met behulp van onworks.net-services