gmx-density - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-density - Bereken de dichtheid van het systeem

KORTE INHOUD

gmx-dichtheid [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-holen ] [-ng ] [-[geen]centrum]
[-[geen]symm] [-[geen]familielid]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx dichtheid berekent gedeeltelijke dichtheden over de doos, met behulp van een indexbestand.

Gebruik voor de totale dichtheid van NPT-simulaties gmx energie-niveau gebruiken.

Keuze -centrum voert het histogram binning uit ten opzichte van het midden van een willekeurige
groep, in absolute vakcoördinaten. Als u profielen berekent langs het vak van de Z-as
dimensie bZ, de uitvoer zou van -bZ/2 tot bZ/2 zijn als u centreert op basis van het hele systeem.
Merk op dat dit gedrag is veranderd in GROMACS 5.0; eerdere versies presteerden alleen a
statische binning in (0,bZ) en verschoof de uitvoer. Nu berekenen we het middelpunt voor elk frame
en bin in (-bZ/2,bZ/2).

Keuze -sym symmetriseert de output rond het centrum. Dit wordt automatisch ingeschakeld
-centrum te. Optie -familielid voert de binning uit in relatieve in plaats van absolute box
coördineert en schaalt de uiteindelijke uitvoer met de gemiddelde doosdimensie langs de uitvoer
as. Dit kan worden gebruikt in combinatie met: -centrum.

Dichtheden zijn in kg/m^3, en getalsdichtheden of elektronendichtheden kunnen ook zijn
berekend. Voor elektronendichtheden, een bestand dat het aantal elektronen voor elk beschrijft
type atoom moet worden opgegeven met behulp van -ei. Het zou er zo uit moeten zien:

2
atoomnaam = nrelektronen
atoomnaam = nrelektronen

De eerste regel bevat het aantal regels dat uit het bestand moet worden gelezen. Er zou er een moeten zijn
regel voor elke unieke atoomnaam in uw systeem. Het aantal elektronen voor elk atoom is
gemodificeerd door zijn atomaire gedeeltelijke lading.

BELANGRIJKE OVERWEGINGEN VOOR BILAYERS

Een van de meest voorkomende gebruiksscenario's is het berekenen van de dichtheid van verschillende groepen
over een lipide dubbellaag, meestal met de z-as de normale richting. In het kort
simulaties, kleine systemen en vaste doosformaten werkt dit prima, maar voor de meer
algemeen geval lipide dubbellagen kunnen gecompliceerd zijn. Het eerste probleem dat, terwijl beide
eiwitten en lipiden hebben een laag volume samendrukbaarheid, lipiden hebben een vrij groot oppervlak
samendrukbaarheid. Dit betekent dat de vorm van de doos (dikte en oppervlakte/lipide) zal fluctueren
aanzienlijk zelfs voor een volledig ontspannen systeem. Aangezien GROMACS de doos tussen de
oorsprong en positieve coördinaten, dit betekent op zijn beurt dat een dubbellaag gecentreerd in de doos
zal door deze fluctuaties een beetje omhoog/omlaag bewegen en je profiel uitsmeren. Het makkelijkst
manier om dit op te lossen (als u drukkoppeling wilt) is om de -centrum optie dat
berekent het dichtheidsprofiel ten opzichte van het midden van de doos. Merk op dat je kunt
centreer nog steeds op het dubbellaagse deel, zelfs als je een complex niet-symmetrisch systeem hebt met a
dubbellaagse en, laten we zeggen, membraaneiwitten - dan heeft onze output gewoon meer waarden op één
kant van de (middelste) oorsprongsreferentie.

Zelfs de gecentreerde berekening zal leiden tot enige uitsmering van de uitvoerprofielen, zoals:
lipiden zelf worden gecomprimeerd en geëxpandeerd. In de meeste gevallen wil je dit waarschijnlijk (aangezien
het komt overeen met macroscopische experimenten), maar als je naar moleculaire details wilt kijken
u kunt de gebruiken -familielid optie om te proberen nog meer van de effecten van volume te verwijderen
schommelingen.

Ten slotte zullen grote dubbellagen die niet onderhevig zijn aan oppervlaktespanning golvend vertonen
fluctuaties, waar zich 'golven' vormen in het systeem. Dit is een fundamentele
eigenschap van het biologische systeem, en als je vergelijkt met experimenten, is het waarschijnlijk dat
het golvingssmeereffect wilt opnemen.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

-ei [<.dat>] (elektronen.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (dichtheid.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-d (Z)
Neem de normaal op het membraan in richting X, Y of Z.

-sl (50)
Verdeel de doos in dit aantal plakjes.

-holen (massa)
Dichtheid: massa, aantal, lading, elektron

-ng (1)
Aantal groepen waarvan dichtheden moeten worden berekend.

-[geen]centrum (Nee)
Voer de binning uit ten opzichte van het midden van de (omkleed)doos. Handig voor
dubbellagen.

-[geen]symm (Nee)
Symmetriseer de dichtheid langs de as, ten opzichte van het midden. Handig voor
dubbellagen.

-[geen]familielid (Nee)
Gebruik relatieve coördinaten voor het wisselen van dozen en schaal de uitvoer op gemiddelde afmetingen.

BEKENDE KWESTIES

· Bij het berekenen van elektronendichtheden worden atoomnamen gebruikt in plaats van typen. Dit is slecht.

Gebruik gmx-density online met onworks.net-services