Dit is de opdracht gmx-densorder die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-densorder - Bereken oppervlaktefluctuaties
KORTE INHOUD
gmx dichtheid [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Of [<.uit> ] [-og [<.xpm> ]
[- Spect [<.uit> ] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-[nee]1d] [-bw ]
[-bwn ] [-volgorde ] [-as ]
[-methode ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblok ] [-niveau ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx densorde vermindert een tweefasige dichtheidsverdeling langs een as, berekend over een MD
traject, naar 2D-oppervlakken die in de tijd fluctueren, door een aanpassing aan een functioneel profiel voor
grensvlak dichtheden. Een tijdgemiddelde ruimtelijke representatie van de interfaces kan zijn
uitvoer met de optie -tavg.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.dat>] (Densiteit4D.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand
-Of [<.uit> (hallo.uit) (Optioneel)
Generiek uitvoerbestand
-og [<.xpm> (interface.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand
- Spect [<.uit> (intfspect.uit) (Optioneel)
Generiek uitvoerbestand
Andere opties:
-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen
-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen
-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)
-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden
-[nee]1d (Nee)
Pseudo-1d-interfacegeometrie
-bw (0.2)
Binwidth van dichtheidsverdeling raakt aan interface
-bwn (0.05)
Binbreedte van dichtheidsverdeling normaal op interface
-volgorde (0)
Volgorde van Gauss-filter, volgorde 0 komt overeen met GEEN filtering
-as (Z)
Asrichting - X, Y of Z
-methode (halverwege)
Interface-locatiemethode: in tweeën gedeeld, functioneel
-d1 (0)
Bulkdichtheid fase 1 (bij kleine z)
-d2 (1000)
Bulkdichtheid fase 2 (bij grote z)
-tblok (100)
Aantal frames in één tijdsblokgemiddelde
-niveau (100)
Aantal hoogteniveaus in 2D - XPixMaps
Gebruik gmx-densorder online met behulp van onworks.net-services
