gmx-energie - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-energy - Schrijft energieën naar xvg-bestanden en geeft gemiddelden weer

KORTE INHOUD

gmx-energie [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-gamba [<.xvg>]] [-paren [<.xvg>]] [- of [<.xvg>]]
[-kort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-ond [<.xvg>]] [-ten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-tegenover [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-oeh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[nu] [-xvg ] [-[geen kosten]
[-fetemp ] [-nul ] [-[geen]som] [-[geen]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[geen]mutot] [-overslaan ]
[-[nee] gemiddeld] [-nmol ] [-[geen]fluct_props]
[-[geen] driftcorr] [- [geen] griep] [-[nee]orinst] [-[geen]ovec]
[-acflen ] [-[nee]normaliseren] [-P ]
[-fitfn ] [-beginnen ] [-eindfit ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx energie-niveau haalt energiecomponenten of afstandsbeperkingsgegevens uit een energiebestand. De
gebruiker wordt gevraagd om interactief de gewenste energietermen te selecteren.

Gemiddelde, RMSD en drift worden met volledige precisie uit de simulatie berekend (zie
gedrukte handleiding). Drift wordt berekend door een kleinste-kwadratenaanpassing van de gegevens uit te voeren op a
rechte lijn. De gerapporteerde totale drift is het verschil tussen de passing bij de eerste en de laatste
punt. Er wordt een foutenschatting van het gemiddelde gegeven op basis van blokgemiddelden over 5 blokken
met behulp van de volledig nauwkeurige gemiddelden. De foutschatting kan over meerdere blokken worden uitgevoerd
lengtes met de opties -nbmin en -nbmax. Note dat zijn in de meeste gevallen de energiebestanden
bevat gemiddelden over alle MD-stappen, of over veel meer punten dan het aantal frames erin
energie bestand. Dit maakt de gmx energie-niveau statistieken output nauwkeuriger dan de .xvg
uitgang. Wanneer er geen exacte gemiddelden in het energiebestand aanwezig zijn, worden de statistieken vermeld
hierboven zijn eenvoudigweg over de enkele energiewaarden per frame.

De term fluctuatie geeft de RMSD rond de kleinste kwadraten fit.

Sommige fluctuatie-afhankelijke eigenschappen kunnen worden berekend mits de juiste energietermen
zijn geselecteerd, en dat de opdrachtregeloptie -fluct_rekwisieten is gegeven. Het volgende
eigenschappen worden berekend:

┌────────────────────────────────┬────── ────────── ─────┐
│Eigendom │ Energietermen nodig │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Warmtecapaciteit C_p (NPT sims): │ Enthalpie, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Warmtecapaciteit C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Thermische uitzettingscoëfficiënt. (NPT): │ Enthalpie, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Isotherme samendrukbaarheid: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Adiabatische bulkmodulus: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴────── ────────── ─────┘

U moet altijd het aantal moleculen instellen -nmol. De C_p/C_v-berekeningen wel niet
inclusief eventuele correcties voor kwantumeffecten. Gebruik de gmx van programma als je dat nodig hebt (en
je doet).

Wanneer de -gamba optie is ingesteld, worden de tijdgemiddelde overtredingen uitgezet en de running
tijdgemiddelde en momentane som van overtredingen worden herberekend. Daarnaast hardlopen
tijdgemiddelde en momentane afstanden tussen geselecteerde paren kunnen worden uitgezet met de
-paren optie.

Opties - of, -kort, -oda, -odr en -ond worden gebruikt voor het analyseren van oriëntatiebeperkingsgegevens.
De eerste twee opties plotten de oriëntatie, de laatste drie de afwijkingen van de
oriëntaties van de experimentele waarden. De opties die op een 'a' eindigen, plotten de
gemiddelde over de tijd als functie van terughoudendheid. De opties die eindigen op een 't' vragen om de
gebruiker voor de nummers van het beveiligingslabel en zet de gegevens uit als functie van de tijd. Keuze -odr
plot de RMS-afwijking als een functie van terughoudendheid. Wanneer de run tijd of ensemble gebruikte
gemiddelde oriëntatiebeperkingen, optie -orinst kan worden gebruikt om de momentane,
geen ensemble-gemiddelde oriëntaties en afwijkingen in plaats van de tijd en het ensemble
gemiddelden.

Keuze -ten plot de eigenwaarden van de moleculaire orde tensor voor elke oriëntatie
terughoudendheid experiment. Met optie -ovec ook de eigenvectoren worden geplot.

Keuze -oeh extraheert en plot de vrije energiegegevens (Hamiltoiaanse verschillen en/of de
Hamiltoniaanse afgeleide dhdl) van de ener.edr bestand.

met -vergoeding er wordt een schatting berekend voor het vrije-energieverschil met een ideaal gas
staat:

Delta A = A(N,V,T) - A_ideaalgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_ideaalgas(N,p,T) = kT ln( )

waar k de constante van Boltzmann is, wordt T bepaald door -fetemp en het gemiddelde is over het ensemble
(of tijd in een traject). Merk op dat dit in principe alleen correct is bij middeling
over het hele (Boltzmann) ensemble en gebruikmakend van de potentiële energie. Dit maakt het ook mogelijk
een entropieschatting met behulp van:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_ideaalgas(N,V,T) = ( -Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_ideaalgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Wanneer een tweede energiebestand is opgegeven (-f2), wordt een gratis energieverschil berekend:

dF = -kT ln( _A) ,

waarbij E_A en E_B de energieën zijn van de eerste en tweede energiebestanden, en het gemiddelde
is over ensemble A. Het voortschrijdend gemiddelde van het vrije energieverschil wordt afgedrukt naar a
bestand gespecificeerd door -ravg. Note dat de energieën beide uit hetzelfde moeten worden berekend
traject.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Energiebestand

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Optioneel)
Energiebestand

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Optioneel)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (energie.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-gamba [<.xvg>] (violaver.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-paren [<.xvg>] (paren.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

- of [<.xvg>] (orienta.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-kort [<.xvg>] (oriënt.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-ond [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-ten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-tegenover [<.xvg>] (visco.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-oeh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen kosten (Nee)
Doe een gratis energieberekening

-fetemp (300)
Referentietemperatuur voor gratis energieberekening

-nul (0)
Trek een nulpuntsenergie af

-[geen]som (Nee)
Tel de geselecteerde energietermen bij elkaar op in plaats van ze allemaal weer te geven

-[geen]dp (Nee)
Druk energieën met hoge precisie af

-nbmin (5)
Minimum aantal blokken voor foutschatting

-nbmax (5)
Maximaal aantal blokken voor foutschatting

-[geen]mutot (Nee)
Bereken het totale dipoolmoment uit de componenten

-overslaan (0)
Aantal frames overslaan tussen gegevenspunten

-[nee] gemiddeld (Nee)
Print ook het exacte gemiddelde en de rmsd die zijn opgeslagen in de energieframes (alleen wanneer 1 term
is verzocht)

-nmol (1)
Aantal moleculen in je monster: de energieën worden gedeeld door dit aantal

-[geen]fluct_props (Nee)
Bereken eigenschappen op basis van energiefluctuaties, zoals warmtecapaciteit

-[geen] driftcorr (Nee)
Alleen nuttig voor berekeningen van fluctuatie-eigenschappen. De drift in de
waarneembare waarden worden afgetrokken voordat de fluctuatie-eigenschappen worden berekend.

- [geen] griep (Nee)
Bereken autocorrelatie van energiefluctuaties in plaats van energie zelf

-[nee]orinst (Nee)
Analyseer onmiddellijke oriëntatiegegevens

-[geen]ovec (Nee)
Plot ook de eigenvectoren met -ten

-acflen (-1)
Lengte van de ACF, standaard is de helft van het aantal frames

-[nee]normaliseren (Ja)
ACF normaliseren

-P (0)
Order of Legendre polynoom voor ACF (0 geeft niets aan): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Geen)
Fit-functie: geen, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginnen (0)
Tijd waar de exponentiële aanpassing van de correlatiefunctie moet beginnen

-eindfit (-1)
Tijd waar de exponentiële fit van de correlatiefunctie moet eindigen, -1 is tot de
einde

Gebruik gmx-energy online met behulp van onworks.net-services