Dit is het commando gmx-insert-moleculen dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-insert-molecules - Voeg moleculen in bestaande vacatures in
KORTE INHOUD
gmx insert-moleculen [-f [<.gro/.g96/...>]] [-dit [<.gro/.g96/...>]]
[-ik p [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-doos ]
[-nmol ] [-proberen ] [-zaad ]
[-straal ] [-schaal ] [-dr ]
[-rot ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx insert-moleculen inserts -nmol kopieën van het systeem dat is gespecificeerd in de -dit Invoer bestand.
De inserties vinden plaats in de lege ruimte in de opgegeven conformatie van de opgeloste stof
-f, of in een leeg vak gegeven door -doos. Beide specificeren -f en -doos gedraagt zich als -f, Maar
plaatst een nieuwe doos rond de opgeloste stof voordat deze wordt ingebracht. Eventuele aanwezige snelheden zijn dat ook
weggegooid.
Standaard zijn de invoegposities willekeurig (waarbij het initiële zaad wordt gespecificeerd door -zaad). De
programma itereert totdat -nmol moleculen zijn in de doos geplaatst. Moleculen zijn dat niet
ingevoegd waar de afstand is tussen elk bestaand atoom en elk atoom van het ingevoegde
molecuul kleiner is dan de som gebaseerd op de van der Waals-stralen van beide atomen. Een databank
(vdwradii.dat) van van der Waals-stralen wordt door het programma gelezen, en de resulterende stralen
geschaald door -schaal. Als stralen niet in de database worden gevonden, krijgen deze atomen de waarde toegewezen
(vooraf geschaalde) afstand -straal.
In totaal -nmol * -proberen Er worden pogingen tot inbrengen ondernomen voordat het wordt opgegeven. Toename -proberen als je
heb een aantal kleine gaatjes om te vullen. Keuze -rot specificeert of de invoegmoleculen
zijn willekeurig georiënteerd vóór inbrengpogingen.
Als alternatief kunnen de moleculen alleen worden ingevoegd op posities die zijn gedefinieerd in position.dat
(-ik p). Dat bestand zou 3 kolommen (x,y,z) moeten hebben, die de verplaatsingen weergeven vergeleken met
de positie van het invoermolecuul (-dit). Dus als dat bestand het absolute
posities moet het molecuul vóór gebruik op (0,0,0) worden gecentreerd gmx insert-moleculen
(bijv. van gmx bewerkconf -centrum). Opmerkingen in dat bestand die beginnen met # worden genegeerd.
Keuze -dr definieert de maximaal toegestane verplaatsingen tijdens insertieproeven. -proberen en
-rot werken zoals in de standaardmodus (zie hierboven).
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.gro/.g96/...>] (proteïne.gro) (Optioneel)
Bestaande configuratie om in te voegen: gro g96 pdb brk en esp TPR
-dit [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Configuratie om in te voegen: gro g96 pdb brk en esp TPR
-ik p [<.dat>] (posities.dat) (Optioneel)
Vooraf gedefinieerde proefposities voor het inbrengen
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.gro/.g96/...>] (uit.gro)
Uitgangsconfiguratie na invoeging: gro g96 pdb brk en esp
Andere opties:
-doos (0 0 0)
Doosgrootte (in nm)
-nmol (0)
Aantal extra moleculen om in te voegen
-proberen (10)
Probeer in te voegen -nmol keer -proberen keer
-zaad (1997)
Willekeurig generatorzaad
-straal (0.105)
Standaard van der Waals afstand
-schaal (0.57)
Schaalfactor om Van der Waals-stralen uit de database te vermenigvuldigen
share/gromacs/top/vdwradii.dat. De standaardwaarde van 0.57 geeft een dichtheid die dicht bij ligt
1000 g/l voor eiwitten in water.
-dr (0 0 0)
Toegestane verplaatsing in x/y/z vanaf posities in -ik p filet
-rot
Roteer ingevoegde moleculen willekeurig: xyz, z, geen
Gebruik gmx-insert-moleculen online met behulp van onworks.net-services
