gmx-mindist - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-mindist - Bereken de minimale afstand tussen twee groepen

KORTE INHOUD

gmx-mindist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-op [<.xvg>]] [-o [<.uit>]]
[-OS [<.xtc/.trr/...>]] [-Of [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-u ] [-[nu]
[-xvg ] [-[geen]matrix] [-[geen]max] [-d ]
[-[geen]groep] [-[nee]pi] [-[Geen verdeling] [-ng ]
[-[geen] pbc] [-[geen] reservetijd] [-[geen]printresname]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx denker berekent de afstand tussen een groep en een aantal andere groepen. Beide
minimale afstand (tussen elk paar atomen van de respectieve groepen) en het aantal
contacten binnen een bepaalde afstand worden naar twee afzonderlijke uitvoerbestanden geschreven. Met de
-groep optie een contact van een atoom in een andere groep met meerdere atomen in de eerste groep
wordt geteld als één contact in plaats van als meerdere contacten. Met -Of, minimale afstanden tot
elk residu in de eerste groep wordt bepaald en uitgezet als functie van het residu
nummer.

Met optie -pi de minimale afstand van een groep tot zijn periodieke afbeelding wordt uitgezet. Dit is
handig om te controleren of een eiwit zijn periodieke beeld heeft gezien tijdens een simulatie. Maar een
verschuiving in elke richting wordt beschouwd, wat een totaal van 26 verschuivingen oplevert. Het plot ook de
maximale afstand binnen de groep en de lengtes van de drie boxvectoren.

ook gmx afstand en gmx paarsgewijze afstanden berekenen.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optioneel)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-od [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-op [<.xvg>] (numcont.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-o [<.uit>] (atm-pair.out) (Optioneel)
Generiek uitvoerbestand

-OS [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (Optioneel)
Traject: xtc TRR gro g96 pdb tng

-Of [<.xvg>] (mindistres.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-u (ps)
Eenheid voor tijdwaarden: fs, ps, ns, us, ms, s

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]matrix (Nee)
Bereken een halve matrix van groep-groep afstanden

-[geen]max (Nee)
Berekenen maximaal afstand in plaats van minimum

-d (0.6)
Afstand voor contacten

-[geen]groep (Nee)
Tel contacten met meerdere atomen in de eerste groep als één

-[nee]pi (Nee)
Bereken de minimale afstand met periodieke afbeeldingen

-[Geen verdeling (Nee)
Gesplitste grafiek waarbij de tijd nul is

-ng (1)
Aantal secundaire groepen om de afstand tot een centrale groep te berekenen

-[geen] pbc (Ja)
Houd rekening met periodieke randvoorwaarden

-[geen] reservetijd (Nee)
Wanneer u afstanden per residu schrijft, schrijft u afstand voor elk tijdstip

-[geen]printresname (Nee)
Schrijf residunamen

Gebruik gmx-mindist online met behulp van onworks.net-services