gmx-sham - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-sham - Bereken vrije energieën of andere histogrammen uit histogrammen

KORTE INHOUD

gmx schijnvertoning [-f [<.xvg>]] [-geven [<.xvg>]] [-een [<.xvg>]] [-afstand [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-bak [<.ndx>]] [-LP [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[nu] [-xvg ]
[-[geen tijd] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[knikken] [-[nee]schijn] [-tsam ]
[-pm ] [-afm ] [-grid ]
[-x min ] [-max ] [-p max ]
[-g max ] [-emin ] [-emax ]
[-n niveaus ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx schijn maakt multidimensionale vrije-energie-, enthalpie- en entropieplots. gmx schijn leest
een of meer .xvg bestanden en analyseert datasets. Het basisdoel van gmx schijn is om te plotten
Gibbs vrije energielandschappen (optie -ls) door Bolzmann die multidimensionaal omkeert
histogrammen (optie -LP), maar het kan ook enthalpie maken (optie -lsh) en entropie (optie
-lss) percelen. De histogrammen kunnen gemaakt worden voor elke grootheid die de gebruiker aanlevert. Een lijn erin
het invoerbestand mag beginnen met een tijd (zie optie -tijd) en een willekeurig aantal y-waarden mogen
volgen. Meerdere sets kunnen ook worden gelezen als ze worden gescheiden door & (optie -n), in deze
geval slechts één y-waarde wordt gelezen van elke regel. Alle regels die beginnen met # en @ zijn
overgeslagen.

Keuze -geven kan worden gebruikt om een ​​bestand van gratis energie te voorzien wanneer het ensemble geen
Boltzmann-ensemble, maar moet bevooroordeeld zijn door deze vrije energie. Eén vrije energiewaarde is
vereist voor elk (multidimensionaal) datapunt in de -f invoer.

Keuze -een kan worden gebruikt om een ​​bestand van energie te voorzien. Deze energieën worden gebruikt als een
wegingsfunctie in de enkelvoudige histogramanalysemethode door Kumar et al. Wanneer
temperaturen worden aangeleverd (als tweede kolom in het bestand), een experimentele weging
regeling wordt toegepast. Daarnaast worden de vales gebruikt voor het maken van enthalpie- en entropieplots.

Met optie -afm, afmetingen kunnen worden gegeven voor afstanden. Wanneer een afstand 2- of
3-dimensionaal, de omtrek of het oppervlak bemonsterd door twee deeltjes neemt toe met
toenemende afstand. Afhankelijk van wat men zou willen laten zien, kan men ervoor kiezen om te corrigeren
het histogram en de vrije energie voor dit volume-effect. De kans wordt genormaliseerd door r
en r ^ 2 voor dimensies van respectievelijk 2 en 3. Een waarde van -1 wordt gebruikt om een ​​aan te geven
hoek in graden tussen twee vectoren: er wordt een sin(hoek)-normalisatie toegepast. Note
dat voor hoeken tussen vectoren het inproduct of cosinus de natuurlijke grootheid is
gebruiken, omdat het bakken met hetzelfde volume zal produceren.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xvg>] (grafiek.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-geven [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-een [<.xvg>] (esham.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-afstand [<.xvg>] (ener.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-bak [<.ndx>] (bindex.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-LP [<.xpm>] (waarschijnlijk.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-lsh [<.xpm>] (enthalpie.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-lss [<.xpm>] (entropie.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Optioneel)
Eiwit databank bestand

-g [<.log>] (shamlog.log) (Optioneel)
Logbestand

Andere opties:

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen tijd (Ja)
Verwacht een tijd in de invoer

-b (-1)
Eerste keer om voor te lezen vanaf de set

-e (-1)
Laatste keer om voor te lezen van de set

-ttol (0)
Tolerantie op tijd in geschikte eenheden (meestal ps)

-n (1)
Lees dit aantal sets gescheiden door regels die alleen een ampersand bevatten

-[knikken (Nee)
Gebruik de afgeleide

-[nee]schijn (Ja)
Schakel energieweging uit, zelfs als er energie wordt gegeven

-tsam (298.15)
Temperatuur voor enkelvoudige histogramanalyse

-pm (0)
Minimale waarschijnlijkheid. Alles lager dan dit wordt op nul gezet

-afm (1 1 1)
Afmetingen voor afstanden, gebruikt voor volumecorrectie (max 3 waarden, afmetingen > 3
krijgt dezelfde waarde als de vorige)

-grid (32 32 32)
Aantal bakken voor energielandschappen (max 3 waarden, dimensies > 3 krijgen de
dezelfde waarde als de vorige)

-x min (0 0 0)
Minimum voor de assen in energielandschap (zie hierboven voor > 3 dimensies)

-max (1 1 1)
Maximum voor de assen in energielandschap (zie boven voor > 3 dimensies)

-p max (0)
Maximale waarschijnlijkheid in uitvoer, standaard is berekenen

-g max (0)
Maximale vrije energie in uitvoer, standaard is berekenen

-emin (0)
Minimale enthalpie in uitvoer, standaard is berekenen

-emax (0)
Maximale enthalpie in uitvoer, standaard is berekenen

-n niveaus (25)
Aantal niveaus voor energielandschap

Gebruik gmx-sham online met behulp van onworks.net-services