gmx-sorient - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-sorient - Analyseer de oriëntatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen

KORTE INHOUD

gmx oriëntatie [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-Nee [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
[-co [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-[geen]com] [-[geen]v23]
[-min ] [-r max ] [-cbin ]
[-rbin ] [-[geen] pbc]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx sooriën analyseert de oriëntatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen. Het berekent twee hoeken tussen
de vector van een of meer referentieposities naar het eerste atoom van elk oplosmiddel
molecuul:

· theta_1: de hoek met de vector vanaf het eerste atoom van het oplosmiddelmolecuul tot de
middelpunt tussen atomen 2 en 3.

· theta_2: de hoek met de normaal van het oplosmiddelvlak, gedefinieerd door dezelfde drie
atomen, of, wanneer de optie -v23 is ingesteld, de hoek met de vector tussen atomen 2 en
3.

De referentie kan een reeks atomen zijn of het massamiddelpunt van een reeks atomen. De groep van
oplosmiddelatomen moeten uit 3 atomen per oplosmiddelmolecuul bestaan. Alleen oplosmiddelmoleculen
tussen -min en -r max worden in aanmerking genomen -o en -Nee elk kader.

-o: verdeling van cos(theta_1) voor rmin<=r<=rmax.

-Nee: verdeling van cos(theta_2) voor rmin<=r<=rmax.

-ro: en <1cos(^3theta_2)-2> als functie van de afstand.

-co: de som van alle oplosmiddelmoleculen binnen afstand r van cos(theta_1) en
3cos(^2(theta_2)-1) als functie van r.

-rc: de verdeling van de oplosmiddelmoleculen als functie van r

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (sori.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-Nee [<.xvg>] (snor.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-ro [<.xvg>] (sord.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-co [<.xvg>] (uitschot.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-rc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]com (Nee)
Gebruik het massamiddelpunt als referentiepositie

-[geen]v23 (Nee)
Gebruik de vector tussen atomen 2 en 3

-min (0)
Minimale afstand (nm)

-r max (0.5)
Maximale afstand (nm)

-cbin (0.02)
Binbreedte voor de cosinus

-rbin (0.02)
Binbreedte voor r (nm)

-[geen] pbc (Nee)
Controleer PBC voor de berekening van het massamiddelpunt. Alleen nodig als uw referentie
groep bestaat uit meerdere moleculen.

Gebruik gmx-sorient online met behulp van onworks.net-services