Dit is de opdracht gt-eval die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt-eval - Vergelijk annotatiebestanden en toon nauwkeurigheidsmetingen (voorspelling versus referentie).
KORTE INHOUD
gt eval referentie_bestand voorspellingsbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
-nuc [ja|nee]
nucleotideniveau evalueren (geheugenverbruik is evenredig met de grootte van de invoerbestanden)
(standaard: ja)
-ltr [ja|nee]
een LTR-retrotransposonvoorspelling evalueren in plaats van een genvoorspelling (all
Er wordt aangenomen dat LTR_retrotransposon-elementen een onbepaalde streng hebben) (standaard:
Nee)
-ltrdelta [waarde]
stel de toegestane delta in zodat LTR-grenzen als gelijk worden beschouwd (standaard: 20)
-v [ja|nee]
uitgebreid zijn (standaard: nee)
-o [bestandsnaam]
output omleiden naar gespecificeerd bestand (standaard: niet gedefinieerd)
-gzip [ja|nee]
schrijf gzip gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-bzip2 [ja|nee]
schrijf bzip2 gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-dwingen [ja|nee]
geforceerd schrijven naar uitvoerbestand (standaard: nee)
-Help
help weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
Het programma toont gevoeligheids- en specificiteitswaarden voor bepaalde functietypen (bijv.
gen, mRNA en exon). Voor sommige featuretypes is het aantal ontbrekende en verkeerde features van
dat type wordt ook getoond. Daarbij betekent “ontbrekend” het aantal kenmerken van dat type
de “referentie” zonder overlap naar een kenmerk van dat type uit de “voorspelling”. Zonde
omgekeerd geeft “fout” het aantal kenmerken van dat type aan ten opzichte van de “voorspelling” zonder
overlappen met een kenmerk van dat type uit de “referentie”.
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt-eval online met behulp van onworks.net-services
