gt-ltrharvest - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gt-ltrharvest - Voorspel LTR-retrotransposons.

KORTE INHOUD

gt ltroogst [optie ...] -index

PRODUCTBESCHRIJVING

-inhoudsopgave [snaar]
specificeer de naam van de uitgebreide suffix array-index (verplicht) (standaard: niet gedefinieerd)

-bereik [begin einde]
specificeer het bereik in de invoerreeks(en) waarin LTR-paren worden doorzocht (standaard:
[0..0])

-zaad [waarde]
specificeer de minimale zaadlengte voor exacte herhalingen (standaard: 30)

-minlenltr [waarde]
specificeer de minimumlengte voor elke LTR (standaard: 100)

-maxlenltr [waarde]
specificeer de maximale lengte voor elke LTR (standaard: 1000)

-mindstr [waarde]
specificeer de minimale afstand van LTR-startposities (standaard: 1000)

-max.distr [waarde]
specificeer de maximale afstand van LTR-startposities (standaard: 15000)

vergelijkbaar [waarde]
geef de gelijkheidsdrempel op in het bereik [1..100%] (standaard: 85.000000)

-mintsd [waarde]
specificeer de minimale lengte voor elke TSD (standaard: 4)

-maxtsd [waarde]
specificeer de maximale lengte voor elke TSD (standaard: 20)

-motief [snaar]
specificeer 2 nucleotiden startmotief + 2 nucleotiden eindmotief: ** (standaard: ongedefinieerd)

-motieven [waarde]
specificeer het maximale aantal mismatches in motief [0,3] (standaard: 4)

-vic [waarde]
specificeer het aantal nucleotiden (links en rechts) dat zal worden doorzocht
voor TSD's en/of motieven rond de 5'- en 3'-grens van voorspelde LTR-retrotransposons
(standaard: 60)

-overlappingen [...]
specificeer nee|beste|alles (standaard: beste)

-xdrop [waarde]
specificeer xdropbelowscore voor extensie-uitlijning (standaard: 5)

-Mat [waarde]
specificeer matchscore voor extension-alignment (standaard: 2)

-mis [waarde]
specificeer mismatchscore voor extension-alignment (standaard: -2)

-ins [waarde]
specificeer insertionscore voor extension-alignment (standaard: -3)

-van de [waarde]
specificeer deletionscore voor extension-alignment (standaard: -3)

-v [ja|nee]
uitgebreide modus (standaard: nee)

-tover [ja|nee]
tonen oud uitvoer in tabelvorm in plaats van GFF3 op stdout (standaard: ja)

-sequids [ja|nee]
gebruik reeksbeschrijvingen in plaats van volgnummers in GFF3-uitvoer (standaard: nee)

-md5 [ja|nee]
voeg MD5-hashes toe aan seqids in GFF3-uitvoer (standaard: nee)

-lange uitvoer [ja|nee]
extra motief/TSD-uitvoer (standaard: nee)

-uit [snaar]
geef FASTA-uitvoerbestandsnaam op (standaard: ongedefinieerd)

-buitenkant [snaar]
geef FASTA-uitvoerbestandsnaam op voor binnengebieden (standaard: ongedefinieerd)

-gff3 [snaar]
specificeer de GFF3-uitvoerbestandsnaam (standaard: niet gedefinieerd)

-verschuiving [waarde]
offset toegevoegd aan GFF3-coördinaten (standaard: 0)

-scannen [ja|nee]
scan de index opeenvolgend in plaats van deze volledig in het geheugen toe te wijzen (standaard: ja)

-Help
help weergeven voor basisopties en afsluiten

-help+
help voor alle opties weergeven en afsluiten

-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten

EXTRA INFORMATIE

Voor uitgebreide informatie verwijzen wij u naar de handleiding van ltrharvest.

RAPPORTAGE BUGS

Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.

Gebruik gt-ltrharvest online met behulp van onworks.net-services