het EngelsFransSpaans

Servers draaien | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-favicon

GWAMA - Online in de cloud

Voer GWAMA uit in OnWorks gratis hostingprovider via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht GWAMA die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


GWAMA - Genoombrede meta-analyse van associatie

KORTE INHOUD


GWAMA [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING


GWAMA-software (Genome-Wide Association Meta Analysis) voert meta-analyse uit van de
resultaten van GWA-onderzoeken naar binaire of kwantitatieve fenotypen. Vast- en willekeurig effect
meta-analyses worden uitgevoerd voor zowel direct gegenotypeerde als geïmputeerde SNP's met behulp van schattingen
van de allelische odds ratio en 95% betrouwbaarheidsinterval voor binaire eigenschappen, en schattingen van
de grootte van het allelische effect en de standaardfout voor kwantitatieve fenotypen. GWAMA kan worden gebruikt
voor het analyseren van de resultaten van alle verschillende genetische modellen (multiplicatieve, additieve,
dominant, recessief). De software bevat faciliteiten voor het opsporen van fouten om te identificeren:
strenguitlijningsfouten en allel-flipping, en voert tests uit van heterogeniteit van
effecten tussen studies.

OPTIES


-i, --bestandslijst=bestandsnaam
Specificeer de resultaatbestanden van onderzoeken. Standaard = gwama.in

-o, --uitvoer=bestandsroot
Geef bestandshoofdmap op voor uitvoer van analyse. Standaard = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --willekeurig
Gebruik willekeurige effectcorrectie. Standaard = uitgeschakeld

-gc, --genomic_control
Gebruik genomische controle om de resultaatbestanden van onderzoeken aan te passen. Standaard = uitgeschakeld

-gco, --genomic_control_output
Gebruik genomische controle op de samenvatting van de meta-analyse (dwz de resultaten van de meta-analyse zijn
gecorrigeerd voor gc). Standaard = uitgeschakeld

-qt, --kwantitatief
Selecteer kwantitatieve kenmerkversie (BETA- en SE-kolommen). Standaard = binaire eigenschap

-m, --kaart=bestandsnaam
Selecteer bestandsnaam voor markeringskaart.

-t, --drempelwaarde=0-1
De p-waardedrempel voor het weergeven van richting in samenvattende effectrichtingen. Standaard =
1

--geen_allelen
Er is geen allelinformatie gegeven. Verwacht altijd dezelfde EA.

--indel_alleles
Allellabels kunnen meer dan één letter bevatten. Geen strengcontroles.

--seks Voer een gender-gedifferentieerde en gender-heterogeniteitsanalyse uit (methode beschreven in
papier Magi, Lindgren & Morris 2010). Geslachtsinformatie moet worden verstrekt in het bestandslijstbestand.
(tweede kolom na bestandsnamen is M of F).

--name_marker
Alternatieve koptekst voor markeringsnaam col.

--name_strand
Alternatieve kop voor strengkolom.

--name_n
Alternatieve koptekst voor monstergrootte col.

--name_ea
Alternatieve kop om allelkolom te effectueren.

--name_nea
Alternatieve kop voor niet-effect allelkolom.

--name_eaf
Alternatieve header om de allelfrequentiekolom te beïnvloeden.

--name_beta
Alternatieve kop voor bètakolom.

--name_se
Alternatieve koptekst voor std. fout. kl.

--name_of
Alternatieve koptekst voor OR-kolom.

--name_of_95l
Alternatieve koptekst voor kolom OR 95L.

--name_or_95u
Alternatieve koptekst voor OR 95U-kolom.

-h, --help
Druk deze hulp af.

-v, --versie
GWAMA-versienummer afdrukken. Deze handleiding moet onvoldoende zijn. Gebruik a.u.b. de
help-optie voor een snelle herinnering aan de opties van gwama of ga naar de startpagina
met de online documentatie of de downloadbare handleiding.

GWAMA online gebruiken met onworks.net-services


Ad


Ad