Dit is de opdracht GWAMA die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
GWAMA - Meta-analyse van genoombrede associaties
KORTE INHOUD
GWAMA [opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
GWAMA-software (Genome-Wide Association Meta Analysis) voert meta-analyse uit van de
resultaten van GWA-onderzoeken naar binaire of kwantitatieve fenotypes. Vast en willekeurig effect
meta-analyses worden uitgevoerd voor zowel direct gegenotypeerde als geïmputeerde SNP's met behulp van schattingen
van de allelische odds ratio en het 95% betrouwbaarheidsinterval voor binaire eigenschappen, en schattingen van
de allelische effectgrootte en standaardfout voor kwantitatieve fenotypes. GWAMA kan worden gebruikt
voor het analyseren van de resultaten van alle verschillende genetische modellen (multiplicatief, additief,
dominant, recessief). De software bevat faciliteiten voor het opsporen van fouten om fouten te identificeren
fouten in de uitlijning van de strengen en het omdraaien van allelen, en voert tests uit op de heterogeniteit van
effecten tussen studies.
OPTIES
-i, --bestandslijst=bestandsnaam
Specificeer de resultatenbestanden van onderzoeken. Standaard = gwama.in
-o, --uitvoer=bestandsroot
Geef de bestandsroot op voor de uitvoer van de analyse. Standaard = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --willekeurig
Gebruik willekeurige effectcorrectie. Standaard = uitgeschakeld
-gc, --genomic_controle
Gebruik genomische controle voor het aanpassen van de resultatenbestanden van onderzoeken. Standaard = uitgeschakeld
-gko, --genomic_control_output
Gebruik genomische controle in de samenvatting van de meta-analyse (dwz de resultaten van de meta-analyse zijn
gecorrigeerd voor gc). Standaard = uitgeschakeld
-qt, --kwantitatief
Selecteer de kwantitatieve kenmerkversie (BÈTA- en SE-kolommen). Standaard = binaire eigenschap
-m, --kaart=bestandsnaam
Selecteer de bestandsnaam voor de markeringskaart.
-t, --drempelwaarde=0-1
De p-waardedrempel voor het weergeven van richting in samenvattende effectrichtingen. Standaard =
1
--geen_allelen
Er is geen allelinformatie gegeven. Altijd dezelfde EA verwachten.
--indel_allelen
Allellabels kunnen meer dan één letter bevatten. Geen strandcontroles.
--seks Voer een gender-gedifferentieerde en gender-heterogeniteitsanalyse uit (methode beschreven in
artikel Magi, Lindgren & Morris 2010). Geslachtsinformatie moet worden opgegeven in het bestandslijstbestand.
(tweede kolom na de bestandsnamen is M of F).
--naam_markering
Alternatieve header voor markeringsnaam col.
--naam_streng
Alternatieve koptekst voor strengkolom.
--naam_n
Alternatieve header voor monstergrootte col.
--naam_ea
Alternatieve header om de allelkolom te effectueren.
--naam_nea
Alternatieve header voor de allelkolom zonder effect.
--naam_eaf
Alternatieve header om de allelfrequentiekolom te beïnvloeden.
--naam_bèta
Alternatieve koptekst voor bètakolom.
--naam_se
Alternatieve header voor std. fout. kol.
--naam_of
Alternatieve koptekst voor OR-kolom.
--naam_of_95l
Alternatieve koptekst voor OR 95L-kolom.
--naam_of_95u
Alternatieve koptekst voor OR 95U-kolom.
-h, --help
Druk deze hulp af.
-v, --versie
GWAMA-versienummer afdrukken. Deze handleidingpagina moet onvoldoende zijn. Gebruik alstublieft de
help-optie voor een snelle herinnering aan de opties van gwama of ga naar de startpagina
met de online documentatie of de downloadbare handleiding.
Gebruik GWAMA online met behulp van onworks.net-services