hhmake - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hhmake - bouw een HMM op basis van een invoeruitlijning of converteer tussen HMMER-formaat en HHsearch
formaat

KORTE INHOUD

hhmaken -i filet [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

HHmake versie 2.0.16 (januari 2013) Bouw een HMM op basis van een invoeruitlijning in A2M, A3M of
FASTA-indeling, of converteer tussen HMMER-indeling (.hmm) en HHsearch-indeling (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A en Soding J. HHblits: bliksemsnelle iteratieve eiwitsequentie
zoeken op HMM-HMM-uitlijning. Nat. Methoden 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
query-uitlijning (A2M, A3M of FASTA) of query-HMM

uitgang opties:
-o
HMM-bestand waarnaar moet worden geschreven (standaard= )

-a
HMM-bestand waaraan moet worden toegevoegd

-v
uitgebreide modus: 0: geen schermuitvoer 1: alleen waarschuwingen 2: uitgebreide

-volg
max. aantal weergegeven query-/sjabloonreeksen (def=10) Pas op voor overflows! Alle
deze reeksen worden in het geheugen opgeslagen.

-nadelen maak consensussequentie-mastersequentie van query MSA

-naam
gebruik deze naam voor HMM (standaard: gebruik de naam van de eerste reeks)

Filter query meerdere sequentie-uitlijning

-ID kaart [0,100] maximale paarsgewijze sequentie-identiteit (%) (def=90)

-verschil [0,inf[
filter MSA door de meest uiteenlopende set sequenties te selecteren, waarbij u er minstens zoveel behoudt
seqs in elk MSA-blok met een lengte van 50 (def=100)

-cov [0,100] minimale dekking met query (%) (def=0)

-goed [0,100] minimale sequentie-identiteit met query (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimale score per kolom met query (def=-20.0)

-nef [1,inf]
doeldiversiteit van uitlijning (standaard=uit)

Invoer opstelling formaat:
-M a2m gebruik A2M/A3M (standaard): hoofdletters = Match; kleine letter = Invoegen; '-' = Verwijderen; '.' =
openingen uitgelijnd met inzetstukken (kan worden weggelaten)

-M eerste
gebruik FASTA: kolommen met een residu in de 1e reeks zijn match-statussen

-M [0,100]
gebruik FASTA: kolommen met minder dan X% tussenruimten zijn overeenkomststatussen

Pseudotelling (pc) opties:
-pcm 0-2 positie-afhankelijkheid van pc-mengsel 'tau' (pc-modus, standaard = 0)

0: geen pseudotellingen:
tau = 0

1: constante
tau = een

2: diversiteitsafhankelijk: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: aantal
effectieve seqs in lokale MSA rond kolom i) 3: pseudotellingen met constante diversiteit

-pc [0,1] algehele pseudocount-bijmenging (def=1.0)

-printplaat [1,inf[ Neff drempelwaarde voor -pcm 2 (standaard=1.5)

-pcc [0,3] extinctie-exponent c voor -pcm 2 (standaard=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount bijmenging (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER-drempel voor Neff (def=1.8)

Contextspecifiek pseudo-tellingen:
-geencontext
gebruik substitutiematrix in plaats van contextspecifieke pseudocounts

-context contextbestand voor het berekenen van contextspecifieke pseudocounts
(standaard=./data/context_data.lib)

-cslib
kolomstatusbestand voor snelle databasevoorfiltering (default=./data/cs219.lib)

Voorbeeld: hhmake -i test.a3m

Gebruik hhmake online met behulp van onworks.net-services