hmmemit - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hmmemit - voorbeeldreeksen uit een profiel HMM

KORTE INHOUD

hmmm [Opties] hmmbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

De hmmm programma bemonstert (zendt) sequenties uit van de profiel-HMM(s) in hmmbestand en
schrijft ze naar uitvoer. Bemonsteringssequenties kunnen voor verschillende doeleinden nuttig zijn,
inclusief het creëren van synthetische true positives voor benchmarks of tests.

De standaardinstelling is om één niet-uitgelijnde reeks uit het kernwaarschijnlijkheidsmodel te bemonsteren
betekent dat elke sequentie uit één domein van volledige lengte bestaat. Als alternatief kunt u met de -c
optie kunt u een eenvoudige consensusreeks op basis van meerderheidsregels uitzenden; of met de -a optie, jij
kan een uitlijning uitzenden (in dat geval wilt u waarschijnlijk ook set -N naar iets anders
dan de standaardinstelling van 1 reeks per model).

Als een andere optie, met de -p optie kunt u een reeks van een volledig geconfigureerde reeks bemonsteren
HMMER-zoekprofiel. Dit betekent dat een ‘homologe reeks’ wordt bemonsterd volgens de definitie van HMMER,
inclusief niet-homologe flankerende sequenties, lokale uitlijningen en meerdere domeinen per
volgorde, afhankelijk van het lengtemodel en de gekozen uitlijningsmodus voor het profiel.

De hmmbestand kan een bibliotheek met HMM's bevatten, in welk geval elke HMM beurtelings zal worden gebruikt.

kan '-' (streepje) zijn, wat betekent dat deze invoer wordt gelezen van stdin in plaats van een bestand.

GEMEENSCHAPPELIJKE OPTIES

-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.

-o Leid de uitvoerreeksen naar een bestand , in plaats van om stdout.

-N Voorbeeld van een reeksen per model, in plaats van slechts één.

OPTIES CONTROLEREN WAT TO VERMIJDEN

De standaardinstelling is om te samplen N reeksen uit het kernmodel. Als alternatief kunt u kiezen
één (en slechts één) van de volgende alternatieven.

-a Zend een uitlijning uit voor elke HMM in de hmmbestand in plaats van ongealigneerd te bemonsteren
reeksen één voor één.

-c Zend een consensusreeks met meerdere regels uit, in plaats van een reeks uit de
profiel De kansverdeling van HMM. De consensussequentie wordt gevormd door
het selecteren van het maximale waarschijnlijkheidsresidu bij elke matchstatus.

-C Zend een mooiere consensussequentie met meervoudige regels uit dan de -c keuze. Als het maximum
waarschijnlijkheidsresidu heeft p min toon het als een kleine letter 'elk' residu (n of x); als
p >= min en minu toon het als een residu in kleine letters; en als p >= minu laat het zien als
een hoofdletterresidu. De standaardinstellingen van minu en min zijn beide 0.0, wat betekent dat
middel -C geeft dezelfde output als -c tenzij je ook instelt minu en min naar wat je
willen.

-p Steek voorbeelden van niet-uitgelijnde reeksen uit het impliciete zoekprofiel, niet uit de kern
model. Het kernmodel bestaat alleen uit de homologe toestanden (tussen het begin
en eindtoestanden van een HMMER Plan7-model). Het profiel omvat de niet-homologe N,
C- en J-statussen, lokale/glokale en uni/multihit-algoritmeconfiguratie, en de
doellengtemodel. Daarom kunnen sequenties die uit een profiel zijn bemonsterd, het volgende omvatten:
zowel niet-homologe als homologe sequenties, en kunnen er meer dan één bevatten
homoloog sequentiesegment. Standaard bevindt het profiel zich in de lokale multihit-modus, en
de doelsequentielengte is geconfigureerd voor L=400.

OPTIES CONTROLEREN UITSTOOT NU PROFIELEN

Deze opties vereisen dat u de -p optie.

-L Configureer het doelreekslengtemodel van het profiel om een ​​gemiddelde lengte van te genereren
ongeveer in plaats van de standaardwaarde van 400.

--lokaal
Configureer het profiel voor lokale uitlijning met meerdere treffers.

--unilokaal
Configureer het profiel voor unihit lokale uitlijning (Smith/Waterman).

-- glokaal
Configureer het profiel voor glokale uitlijning met meerdere treffers.

--uniglokaal
Configureer het profiel voor unihit glokale uitlijning.

OPTIES CONTROLEREN ZIN IN HEBBEN OVEREENSTEMMING UITSTOOT

Deze opties vereisen dat u de -C optie.

--min
Stelt de min drempelwaarde voor het weergeven van zwak geconserveerde residuen als kleine letters. (0 <=
x <= 1)

--min
Stelt de minu drempelwaarde voor het weergeven van sterk geconserveerde residuen als hoofdletters. (0
<= x <= 1)

ANDERE OPTIES

--zaad
Zaai de generator voor willekeurige getallen met , een geheel getal >= 0. Als is niet nul, geen
stochastische simulaties zullen reproduceerbaar zijn; hetzelfde commando zal hetzelfde geven
resultaten. Als 0 is, wordt de generator van willekeurige getallen willekeurig geplaatst, en
stochastische simulaties variëren van run tot run van hetzelfde commando. De standaard
is 0: gebruik een willekeurig zaadje, dus anders hmmm runs zullen verschillende genereren
samples.

Gebruik hmmemit online met behulp van onworks.net-services