img2dcm - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

img2dcm - Converteer standaard afbeeldingsformaten naar DICOM-formaat

KORTE INHOUD

img2dcm [opties] imgfile-in dcmfile-out

PRODUCTBESCHRIJVING

De img2dcm tool dient als een conversietool van een standaard afbeeldingsformaat zoals JPEG of BMP
naar DICOM. Er kunnen verschillende output SOP-klassen worden geselecteerd. De aanvullende informatie
(met betrekking tot patiënten, series, enz.) die zijn opgeslagen in het DICOM-uitvoerbestand, kunnen worden geëxtraheerd uit:
andere DICOM-bestanden die dienen als een 'sjabloon' voor het resulterende DICOM-object. img2dcm wel
ook worden geconfigureerd om ontbrekende DICOM type 1 en type 2 attributen uit te vinden om zelfs te werken
zonder enige sjabloongegevensset.

PARAMETERS

imgfile-in afbeeldingsbestand dat moet worden geïmporteerd

dcmfile-out DICOM-uitvoerbestand

OPTIES

algemeen opties
-h-help
print deze helptekst en sluit af

--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

--argumenten
druk uitgebreide opdrachtregelargumenten af

-q --stil
stille modus, print geen waarschuwingen en fouten

-v --uitgebreid
uitgebreide modus, afdrukverwerkingsdetails

-d --debuggen
foutopsporingsmodus, foutopsporingsinformatie afdrukken

-ll --log-niveau [l]evel: tekenreeksconstante
(fataal, fout, waarschuwen, info, debuggen, traceren)
gebruik niveau l voor de logger

-lc --log-config [f]bestandsnaam: string
gebruik configuratiebestand f voor de logger

invoer opties
algemeen:

-i --input-format [i]nput bestandsformaat: string
ondersteunde formaten: JPEG (standaard), BMP

-df --dataset-from [f]bestandsnaam: string
gebruik dataset uit DICOM-bestand f

-stf --study-from [f]bestandsnaam: string
lees patiënt/onderzoek uit DICOM-bestand f

-sef --series-from [f]bestandsnaam: string
lees patiënt/studie/serie uit DICOM-bestand f

-ii --instance-inc
verhoog exemplaarnummer gelezen uit DICOM-bestand

JPEG-formaat:

-dp --disable-progr
ondersteuning voor progressieve JPEG uitschakelen

-de --disable-ext
ondersteuning voor uitgebreide sequentiële JPEG uitschakelen

-jf --aandringen-op-jfif
aandringen op het bestaan ​​van de JFIF-header

-ka --keep-appn
APPn-secties behouden (behalve JFIF)

verwerking opties
attribuutcontrole:

--doe-checks
validiteitscontrole van kenmerken inschakelen (standaard)

--geen controles
validiteitscontrole van attributen uitschakelen

+i2 --insert-type2
ontbrekende type 2-attributen invoegen (standaard)
(alleen met --do-checks)

-i2 --geen-type2-insert
voeg geen ontbrekende type 2-attributen in
(alleen met --do-checks)

+i1 --uitvinden-type1
verzin ontbrekende type 1 attributen
(alleen met --do-checks)

-i1 --geen-type1-uitvinden
verzin geen ontbrekende type 1 attributen
(alleen met --do-checks)

karakterset:

+l1 --latijn1
stel latin-1 in als standaard tekenset (standaard)

-l1 --geen-latijn1
7-bit ASCII behouden als standaard tekenset

andere verwerkingsopties:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", pad of woordenboeknaam="str"
verder kenmerk toevoegen

uitgang opties
doel SOP-klasse:

-sc --sec-opname
schrijf de secundaire Capture SOP-klasse

-nsc --nieuwe-sc
nieuwe secundaire Capture SOP-klassen schrijven

-vlp --vl-foto
schrijf Visible Light Photographic SOP-klasse (standaard)

uitvoer bestandsformaat:

+F --schrijf-bestand
schrijf bestandsformaat (standaard)

-F --schrijf-dataset
schrijf dataset zonder bestandsmeta-informatie

groepslengte codering:

+g= --groepslengte-herberekenen
herbereken groepslengtes indien aanwezig (standaard)

+g --groep-lengte-maken
schrijf altijd met groepslengte-elementen

-g --groep-lengte-verwijderen
schrijf altijd zonder groepslengte-elementen

lengtecodering in reeksen en items:

+e --lengte-expliciet
schrijf met expliciete lengtes (standaard)

-e --lengte-undefined
schrijf met ongedefinieerde lengtes

dataset trailing padding (niet met --write-dataset):

-p --padding-off
geen opvulling (impliciet als --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]temp-pad: geheel getal
align bestand op veelvoud van f bytes
en items op een veelvoud van i bytes

OPMERKINGEN

Kenmerk bronnen
Voor het converteren van een algemeen beeldformaat naar DICOM-formaat, img2dcm toepassing kan zijn:
gevoed met wat extra invoer voor het invullen van verplichte (en optionele) attributen in de nieuwe
DICOM-bestand zoals patiënt-, studie- en serie-informatie. Deze informatie kan worden verzameld
verschillende benaderingen gebruiken, die kunnen worden gecombineerd en worden toegepast op het resultaatbestand in
de volgende volgorde:

· De ... gebruiken --dataset-van optie img2dcm wordt gedwongen om attributen te importeren uit een bestaande
DICOM-bestand. Het gegeven DICOM-bestand is volledig geïmporteerd en dient als basis voor alle
verdere exportactiviteiten. Bij wijze van uitzondering wordt de SOP Instance UID hierdoor niet gekopieerd
optie. Ook beeldgerelateerde gegevens zoals rijen, kolommen enz. worden tijdens de conversie uitgewisseld.
Merk op dat img2dcm controleert geen andere attribuutwaarden op geldigheid, bijv. wel
kijk niet in reeksen om attributen aan te passen aan het nieuwe object (verwezen afbeeldingen)
enzovoort.). Daarom is het aan te raden om de sjablonen in de datadirectory te gebruiken voor (oude)
SC- en VLP-objecten. Zie ook paragraaf 'Invoersjablonen'.
· De --studie-van en --serie-van opties (onderling uitsluiten) kunnen worden gebruikt om te importeren
patiënt-, studie- en serie-informatie uit een bestaand DICOM-bestand. Indien --serie-van is
gespecificeerd, dan wordt het gegeven DICOM-bestand geopend door img2dcm en alle verplichte informatie
tot op serieniveau wordt geïmporteerd. Merk op dat dit patiënt, onderzoek en series omvat
informatie. In het geval van --studie-van, is de serie-informatie uitgesloten. Het volgende
attributen worden overgenomen:
Patiëntniveau:
Naam van de patiënt
Patiënt-ID
Geslacht van de patiënt
Geboortedatum patiënt
Specifieke tekenset

Studieniveau:
UID van studie-instantie
Studiedatum
Leer tijd
Verwijzende naam van de arts
Studie-ID
Toegangsnummer

Serieniveau (alleen bij optie --series-van):
Serie instantie UID
Serienummer
Fabrikant
· Met de --insert-type2 en --uitvinden-type1 opties (beide standaard ingeschakeld), ontbreekt
attributen (type 2 attributen) en/of ontbrekende attribuutwaarden (voor type 1 attributen)
worden automatisch toegevoegd en uitgevonden door img2dcm. Houd er rekening mee dat deze opties alleen zijn:
geëvalueerd als optie --doe-checks is ingeschakeld (standaard). Als de --geen controles opties is
ingeschakeld, vindt er geen automatische invoeging van attributen plaats.
· De --toets optie kan worden gebruikt om verdere attributen toe te voegen aan het DICOM-uitvoerbestand. Dit
optie wordt helemaal aan het einde toegepast, net voordat het DICOM-bestand wordt opgeslagen. Het is ook
mogelijk om reeksen, items en geneste attributen te specificeren met behulp van de --toets optie. In
in deze gevallen moet een speciale 'pad'-notatie worden gebruikt. Details over deze padnotatie kunnen
te vinden in de documentatie van dcwijzigen.
UID's
Er worden nieuwe onderzoeks- en serie-instance-UID's gegenereerd if noodzakelijk na het toepassen van de --studie-
oppompen van en --serie opties. Als de UID van de studie-instantie of de UID van de serie-instantie niet aanwezig is
na deze stappen worden ze onafhankelijk van elkaar opnieuw gegenereerd. een tegendeel
gedrag is gekozen voor de SOP Instance UID die men zou kunnen verwachten te worden overgenomen wanneer:
met de --dataset-van optie. Dit is niet het geval is de UID van de SOP-instantie: niet gekopieerd
naar het nieuwe voorwerp. Dit zou in de meeste gevallen het gewenste gedrag moeten zijn. Als echter een
bepaalde SOP Instance UID moet in het nieuwe object worden ingevoegd, de --toets optie zou moeten
worden gebruikt.
Invoer Sjablonen
Ter ondersteuning van de conversie naar DICOM, img2dcm wordt geleverd met een aantal vooraf gedefinieerde sjablonen
die kan worden gebruikt voor de --dataset-van optie (zie voorbeeldbestanden SC.dump en VLP.dump).
Deze sjablonen moeten worden gevuld met de gewenste waarden en moeten vervolgens worden gedumpt
(geconverteerd) naar een DICOM-bestand voordat het daadwerkelijk wordt gebruikt met img2dcm. Gebruiken dump2dcm naar
converteer de dump naar DICOM. Voorbeeld:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

Het is mogelijk om elk DICOM-bestand als sjabloon te gebruiken. Houd er rekening mee dat de volledige DICOM
dataset wordt geïmporteerd; daarom moet er zeker van zijn dat alleen attributen aanwezig zijn die
moet deel uitmaken van het geconstrueerde DICOM-object. De UID van de SOP-klasse en de pixelgegevens
attributen (inclusief attributen zoals rijen, kolommen etc.) worden niet gekopieerd maar vervangen door
img2dcm tijdens conversie.
Invoer Plugins
De img2dcm applicatie ondersteunt momenteel het JPEG- en het BMP-beeldformaat als invoer.
JPEG Invoer Inpluggen
Voor JPEG wordt de originele JPEG van het bronbestand niet gedecodeerd maar geëxtraheerd en enigszins
getransformeerd (bijv. JFIF-header is afgesneden) om snelle conversie van zelfs grote JPEG-bestanden mogelijk te maken
zonder de noodzaak van decoderen en opnieuw coderen. De JPEG-plug-in kiest de benodigde uitvoer
breng syntaxis automatisch over, afhankelijk van de daadwerkelijke codering van de gegevens in de JPEG
het dossier. Daarom zijn de volgende overdrachtsyntaxis (en de bijbehorende JPEG-coderingen)
worden gebruikt door de JPEG-plug-in:
· JPEG-coderingsproces 1 basislijn, verliesgevend, niet-hiërarchisch, sequentieel, DCT, Huffman, 8 bit
SOP-klasse = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· JPEG-coderingsproces 2 (8-bits) en 4 (12-bits) uitgebreid, verliesgevend, niet-hiërarchisch,
Sequentieel, DCT, Huffman, 8/12 bit SOP-klasse = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· JPEG-coderingsproces 10 (8-bits) en 12 (12-bits) volledige progressie, verliesgevend, niet-hiërarchisch,
Progressief, DCT, Huffman, 8/12 bit SOP-klasse = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Afbeeldingen in kleur en grijswaarden worden ondersteund.
De ondersteuning voor de Extended JPEG Transfer Syntax kan worden uitgeschakeld (--uitschakelen-ext optioneel)
evenals de ondersteuning voor de (gepensioneerde) Progressive JPEG Transfer Syntax (--disable-progr
keuze).
JPEG lossless-codering en alle rekenkundige of hiërarchische JPEG-coderingsmodi zijn:
niet ondersteund door de plug-in.
JFIF-informatie (JPEG File Interchange Format) vergemakkelijkt optionele APPn-markeringen in a
JPEG-bestand. Veel digitale camera's integreren dergelijke JFIF-informatie niet in de JPEG
output die ze creëren. JFIF bevat bijvoorbeeld informatie over de pixelverhouding van
het gecomprimeerde beeld. Als je de . wilt img2dcm aanvraag om aan te dringen op een JFIF-header in
de JPEG-stream, kunt u de optie gebruiken: --aandringen-op-jfif die zal afbreken als er geen JFIF
informatie kan worden gevonden. Standaard wordt ontbrekende JFIF-informatie genegeerd.
Voor DICOM is het een soort 'grijze zone', of het nu gaat om de integratie van JFIF (of een andere APPn)
gegevens in de interne JPEG-stroom van het DICOM-object is toegestaan ​​of niet. Echter, de meest
betrouwbare benadering is om die markeringen en hun informatie uit de JPEG-stroom te verwijderen. Dit
aanpak wordt ook gevolgd door de img2dcm sollicitatie. Standaard worden alle APPn-markeringen geknipt
uitgeschakeld van de originele JPEG-stream. Als u echter andere APPn-markeringen wilt behouden dan
JFIF (bijv. EXIF-informatie) in de DICOM-stream, de optie --houd-appn doet de
truc. Het zou ook iets sneller moeten zijn dan het afsnijden van APPn-informatie, omdat het is
niet nodig om de hele JPEG-stream te scannen op dergelijke gegevens. JFIF-informatie is altijd
verwijderd door img2dcm.
BMP Invoer Inpluggen
img2dcm ondersteunt BMP als invoerformaat. Tot nu toe zijn echter alleen de meest voorkomende BMP-afbeeldingen
ondersteund. In het bijzonder zullen BMP-afbeeldingen die bitfields of runlengtecodering gebruiken:
afgewezen. Dergelijke afbeeldingen zijn zeldzaam. Alle invoerafbeeldingen worden geconverteerd naar een DICOM-afbeelding
met RGB-kleurmodel en een bitdiepte van 24. Er zijn geen specifieke opties voor fijnafstemming
BMP-formaat conversie.
uitgang Plugins
De gewenste output SOP Class kan worden geselecteerd op de opdrachtregel. Momenteel is een export
plug-in voor de SOP-klasse Secundaire Capture Image (standaard, optie -sc), de nieuwe secundaire
Capture Image SOP-klassen (optie -nsc) en SOP-klasse voor zichtbaar licht fotografisch beeld
(keuze -vl) zijn beschikbaar. Houd er rekening mee dat de eerste is verouderd volgens de
DICOM-standaard, maar is als standaard geselecteerd omdat deze breed wordt ondersteund. Toekomst
versies van img2dcm biedt mogelijk meer uitvoerplug-ins voor andere SOP-klassen.
Voor de nieuwe Secondary Capture SOP-klassen is het niet mogelijk om aan te geven welke specifieke
SOP-klasse moet worden gebruikt voor uitvoer. Dat komt omdat deze nieuwe SOP-klassen zijn
van elkaar onderscheiden door kleurdiepte (1/8/16) en het feit of de afbeelding is
zwart/wit of kleur. Dat is waarom img2dcm beslist tijdens conversie, welke output SOP
class geschikt is voor een bepaalde bronafbeelding.

Voorbeelden

Hier zijn enkele voorbeelden die laten zien hoe de img2dcm applicatie kan worden gebruikt.
1. img2dcm afbeelding.jpg uit.dcm
Lees JPEG-bestand 'image.jpg', converteer naar de oude Secondary Capture SOP-klasse en sla op
het resultaat naar het DICOM-bestand 'out.dcm'. Dit is de gemakkelijkste manier om te gebruiken img2dcm. Elk type
1- en type 2-attributen die vereist zijn voor het schrijven van geldige objecten van deze SOP-klasse zijn:
automatisch ingevoegd.
2. img2dcm -i BMP afbeelding.bmp uit.dcm
Hetzelfde als hierboven maar vertelt img2dcm om een ​​BMP-bestand te lezen in plaats van JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
Hetzelfde als eerste voorbeeld, maar schrijft Visible Light Photographic Image-object naar 'out.dcm'
en stelt Patiëntnaam in op 'Bond^James', die anders leeg zou blijven.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
Hetzelfde als 1), maar importeert patiënt-/onderzoeks-/serie-informatie uit DICOM-bestand
'sjabloon.dcm'. Houd er rekening mee dat attribuut PatientName 'Bond^James' zal bevatten bij
aan het einde wordt elke waarde uit 'template.dcm' overschreven. Dat wil zeggen, omdat de -k
optie wordt toegepast helemaal aan het einde van de conversiepijplijn (zie hierboven).
5. img2dcm afbeelding.jpg uit.dcm --geen controles
Hetzelfde als 1), maar voert geen attribuutcontrole uit en geen type 1 en type 2
attribuut invoegen! In dit geval zou er dus een ongeldig DICOM-object worden gegenereerd. Dit
kan interessant zijn als het uitvoerbestand niet moet worden voltooid, maar zal ondergaan
verdere transformaties, bijv. attributen toevoegen met dcwijzigen. Gebruik alleen optie --Nee-
cheques als je weet wat je doet!
6. img2dcm afbeelding.jpg uit.dcm --no-type1-invent
Hetzelfde als 1), maar voegt geen ontbrekende type 1-attributen en/of hun waarden in. Typ 2
attributen worden ingevoegd. Merk op dat in dit geval moet worden verzekerd dat alle type 1
attributen worden op een andere manier geleverd, dat wil zeggen door ze toe te voegen met de --toets optie.
Anders, img2dcm zal een fout rapporteren en zal stoppen met converteren.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --inist-on-jfif
Hetzelfde als 1), maar neemt APPn-informatie zoals EXIF ​​over naar het DICOM-object
resulterende JPEG-stream. Verder, --aandringen-op-jfif zal dwingen img2dcm afbreken als nee
JFIF-informatie is aanwezig in het bronbestand.

LOGGEN

Het niveau van de logboekuitvoer van de verschillende opdrachtregelprogramma's en onderliggende bibliotheken kan
door de gebruiker worden opgegeven. Standaard worden alleen fouten en waarschuwingen naar de standaard geschreven
foutstroom. Optie gebruiken: --uitgebreid ook informatieve berichten zoals verwerkingsdetails
zijn gerapporteerd. Optie --debuggen kan worden gebruikt om meer details te krijgen over de interne activiteit,
bijvoorbeeld voor foutopsporingsdoeleinden. Andere logniveaus kunnen worden geselecteerd met optie --loggen-
niveau. in --stil modus worden alleen fatale fouten gerapporteerd. In zulke zeer ernstige foutgebeurtenissen,
de toepassing wordt meestal beëindigd. Voor meer details over de verschillende logniveaus,
zie documentatie van module 'oflog'.
In het geval dat de logoutput naar een bestand moet worden geschreven (optioneel met logfile-rotatie),
naar syslog (Unix) of de gebeurtenislogboek (Windows) optie --log-config kan worden gebruikt. Dit
configuratiebestand maakt het ook mogelijk om alleen bepaalde berichten naar een bepaalde uitvoer te leiden
stream en voor het filteren van bepaalde berichten op basis van de module of applicatie waar ze
worden gegenereerd. Een voorbeeldconfiguratiebestand vindt u in /logger.cfg.

COMMAND LINE

Alle opdrachtregelprogramma's gebruiken de volgende notatie voor parameters: vierkante haken omsluiten
optionele waarden (0-1), drie volgpunten geven aan dat meerdere waarden zijn toegestaan
(1-n), een combinatie van beide betekent 0 tot n waarden.
Opdrachtregelopties worden onderscheiden van parameters door een voorlopend '+'- of '-'-teken,
respectievelijk. Gewoonlijk zijn de volgorde en positie van de opdrachtregelopties willekeurig
kan overal verschijnen). Als opties elkaar echter uitsluiten, is de meest rechtse verschijning
is gebruikt. Dit gedrag komt overeen met de standaard evaluatieregels van gewone Unix-shells.
Bovendien kunnen een of meer opdrachtbestanden worden opgegeven met een '@'-teken als voorvoegsel voor
de bestandsnaam (bijv @commando.txt). Zo'n commandoargument wordt vervangen door de inhoud van
het corresponderende tekstbestand (meerdere spaties worden behandeld als een enkel scheidingsteken tenzij
ze verschijnen tussen twee aanhalingstekens) voorafgaand aan elke verdere evaluatie. Houd er rekening mee dat:
een commandobestand kan geen ander commandobestand bevatten. Deze eenvoudige maar effectieve aanpak
maakt het mogelijk om veelvoorkomende combinaties van opties/parameters samen te vatten en vermijdt langdradig en
verwarrende opdrachtregels (een voorbeeld wordt gegeven in bestand /dumppat.txt).

MILIEU

De img2dcm hulpprogramma zal proberen om DICOM-gegevenswoordenboeken te laden die zijn gespecificeerd in de
DCMDICTPAD omgevingsvariabele. Standaard, dwz als de DCMDICTPAD variabele omgeving
is niet ingesteld, het bestand /dicom.dic wordt geladen tenzij het woordenboek is gebouwd
in de toepassing (standaard voor Windows).
Het standaardgedrag moet de voorkeur hebben en de DCMDICTPAD alleen omgevingsvariabele
gebruikt wanneer alternatieve gegevenswoordenboeken vereist zijn. De DCMDICTPAD variabele omgeving
heeft hetzelfde formaat als de Unix-shell PATH variabele in dat een dubbele punt (':') scheidt
inzendingen. Op Windows-systemen wordt een puntkomma (';') als scheidingsteken gebruikt. Het datadictionary
code zal proberen om elk bestand te laden dat is gespecificeerd in de DCMDICTPAD omgevingsvariabele. Het
is een fout als er geen datadictionary kan worden geladen.

Gebruik img2dcm online met onworks.net-services