indexdb_rna - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

indexdb_rna - tool voor het filteren, in kaart brengen en OTU-picking van NGS-lezingen (indexdb)

KORTE INHOUD

indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [OPTIES]

PRODUCTBESCHRIJVING

SortMeRNA is een hulpmiddel voor biologische sequentieanalyse voor filteren, in kaart brengen en OTU-picking
NGS leest. Het kernalgoritme is gebaseerd op geschatte zaden en zorgt voor snelle en
gevoelige analyses van nucleotidesequenties. De belangrijkste toepassing van SortMeRNA is filteren
rRNA van metatranscriptomische gegevens. Andere toepassingen zijn OTU-picking en
taxonomietoewijzing beschikbaar via QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA neemt als invoer een bestand met reads (fasta- of fastq-formaat) en een of meerdere rRNA's
databasebestand(en), en sorteert rRNA en afgewezen reads uit elkaar in twee bestanden gespecificeerd door de
gebruiker. Optioneel kan het zorgen voor lokale uitlijningen van hoge kwaliteit van rRNA-lezingen tegen de
rRNA-database. SortMeRNA werkt met Illumina-, 454-, Ion Torrent- en PacBio-gegevens en kan
produceren SAM en BLAST-achtige uitlijningen.

OPTIES

VERPLICHT OPTIES
--ref STRING, STRING
FASTA-referentiebestand, indexbestand
Voorbeeld:
--ref /pad/naar/bestand1.fasta,/pad/naar/index1
Als u meerdere bestanden met referentiereeksen doorgeeft, scheidt u ze door ':'
Voorbeeld:
--ref /pad/f1.fasta,/pad/index1:/pad/f2.fasta,pad/index2

OPTIONELE OPTIES
--snel BOOL
voorgestelde optie voor het uitlijnen van ~99% verwante soorten (standaard: uit)

--gevoelig BOOL
voorgestelde optie voor het uitlijnen van ~75-98% verwante soorten (standaard: aan)

--tmpdir STRING
directory waar tijdelijke bestanden moeten worden weggeschreven

-m INT de hoeveelheid geheugen (in Mbytes) voor het bouwen van de index (standaard: 3072)

-L INT zaadlengte (standaard: 18)

--max_pos INT
maximaal aantal op te slaan posities voor elke unieke L-mer (standaard: 10000, instelling
--max_pos 0 slaat alle posities op)

-v BOOL
breedsprakig

-h BOOL
hulp

Gebruik indexdb_rna online met behulp van onworks.net-services