indigo-depict - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

indigo-depict - hulpprogramma voor het weergeven van moleculen en reacties

KORTE INHOUD

indigo-afbeelding infile.{mol,rxn,cml,smi} outfile.{png,svg,pdf} [parameters]

indigo-afbeelding infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parameters]

indigo-afbeelding infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parameters]

indigo-afbeelding - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parameters]

indigo-afbeelding -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

indigo-afbeelding wordt gebruikt voor het weergeven van moleculen.

OPTIES

indigo-afbeelding kan invoerbestanden of SMILES-code uit de standaardinvoer lezen. Dit kunnen zijn
gevolgd door een of meer van de volgende parameters.

-w
Beeldbreedte in pixels

-h
Beeldhoogte in pixels

-binding
Gemiddelde bindingslengte in pixels

-marges
Horizontale en verticale marges, in pixels. Standaard geen marges

-dikte
Stel de relatieve diktefactor in. Standaard is 1.0

-lijnbreedte
Stel de breedtefactor van de verbindingslijn in. Standaard is 1.0

-etiket
Stel de weergavemodus voor atoomlabels in. Standaard is terminale hetero

-waterkracht
Toon impliciete waterstofatomen. Standaard is on

-[de]arom
Forceer [de]aromatisering

-stereo
Weergavemodus stereogroepen. Standaard is oud

-cdbwsa
Centrale dubbele bindingen die een aangrenzende stereobinding hebben (standaard uitgeschakeld)

-vraag Behandel de invoer als een querymolecuul of reactie (standaard uitgeschakeld)

-slim
Behandel de invoer als een SMARTS-querymolecuul of -reactie (standaard uitgeschakeld)

-idveld
SDF/RDF-veld dat moet worden geplaatst in plaats van '%s' in de namen van opgeslagen bestanden (standaard is
molecuul/reactienummer)

-katalysatoren
Plaatsing van reactiekatalysatoren ten opzichte van de pijl. Standaard is boven en onder

-opmerking
Tekstcommentaar dat boven het molecuul of de reactie moet worden geplaatst. Geen standaardwaarde

-commentaarverschuiving
Verticale ruimte (in pixels) tussen het commentaar en de structuur

-commentaarveld
Gebruik het opgegeven SDF/RDF-veld als commentaar

-commentaarnaam
Gebruik de molecuul-/reactienaam als commentaar

-commentaargrootte
Tekstcommentaar, lettergroottefactor in verhouding tot de bindingsdikte. Standaard is 6

-commentaar
Positie van tekstcommentaar (standaard onderaan)

-commentaar uitlijnen <0..1>
Uitlijning van tekstcommentaar, een zwevende waarde: 0 = links, 0.5 = midden, 1 = gelijk

-kleuren
Kleuring in-/uitschakelen. Standaard is on

-hldik
Schakel markeren met dikke lijnen en vetgedrukte tekens in

-hlkleur
Markering met kleur inschakelen. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-bgkleur
Stel de achtergrondkleur in. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-basis kleur
Stel de standaard voorgrondkleur in. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-aamkleur
Stel de kleur van AAM-indices in. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-dsgkleur
Stel de kleur van gegevens-SGroups in. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-commentaarkleur
Stel de kleur van de opmerking in. Componentwaarden moeten binnen bereik [0 .. 255]

-atoomnummers
Toon atoomnummers (alleen voor foutopsporingsdoeleinden)

-obligatienummers
Toon obligatienummers (alleen voor foutopsporingsdoeleinden)

-één gebaseerd
Begin atoom- en obligatie-indices vanaf één. Standaard is vanaf nul

-Help Print dit helpbericht

Voorbeelden

indigo-afbeelding infile.mol outfile.png -kleuren korting -aroma
indigo-afbeelding database.sdf molecuul_%s.png -idveld cdbregno -dikte 1.1
indigo-afbeelding database.smi database.sdf
indigo-afbeelding - CC.[O-][*-]([O-])=O vraag.png -vraag
indigo-afbeelding - OCO>>CC(C)N reactie.rxn

Gebruik indigo-depict online met behulp van de services van onworks.net