het EngelsFransSpaans

Servers draaien | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-favicon

indigo-depict - Online in de cloud

Voer indigo-depict uit in OnWorks gratis hostingprovider via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht indigo-depict die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


indigo-depict - hulpprogramma voor het renderen van moleculen en reacties

KORTE INHOUD


indigo-afbeelding infile.{mol,rxn,cml,smi} outfile.{png,svg,pdf} [parameters]

indigo-afbeelding inbestand.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parameters]

indigo-afbeelding infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parameters]

indigo-afbeelding - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parameters]

indigo-afbeelding -Help

PRODUCTBESCHRIJVING


indigo-afbeelding wordt gebruikt voor het weergeven van moleculen.

OPTIES


indigo-afbeelding kan invoerbestanden of SMILES-code van de standaardinvoer lezen. Deze kunnen zijn
gevolgd door een of meer van de volgende parameters.

-w
Breedte afbeelding in pixels

-h
Hoogte van de afbeelding in pixels

-bond
Gemiddelde bindingslengte in pixels

-marges
Horizontale en verticale marges, in pixels. Standaard geen marges

-dikte
Stel de relatieve diktefactor in. Standaard is 1.0

-lijnbreedte
Breedtefactor voor de bindingslijn instellen. Standaard is 1.0

-label
Stel de weergavemodus van het atoomlabel in. Standaard is terminal-hetero

-hydro
Laat impliciete waterstofatomen zien. Standaard is on

-[de]aroma
Force [de]aromatisering

-stereo
Weergavemodus voor stereogroepen. Standaard is oud

-cdbwsa
Dubbele bindingen in het midden die een aangrenzende stereobinding hebben (standaard uitgeschakeld)

-vraag Behandel de invoer als een querymolecuul of reactie (standaard uitgeschakeld)

-smarts
Behandel de invoer als een SMARTS-querymolecuul of -reactie (standaard uitgeschakeld)

-idfield
SDF/RDF-veld in plaats van '%s' in de namen van opgeslagen bestanden (standaard is
molecuul/reactienummer)

-katalysatoren
Plaatsing van reactiekatalysatoren tov de pijl. Standaard is boven en onder

-opmerking
Tekstcommentaar dat boven het molecuul of de reactie moet worden geplaatst. Geen standaardwaarde

-commentaar offset
Verticale ruimte (in pixels) tussen de opmerking en de structuur

-commentaarveld
Gebruik het gespecificeerde SDF/RDF-veld als commentaar

-commentaarnaam
Gebruik molecuul/reactienaam als commentaar

-commentaargrootte
Tekstcommentaar lettergroottefactor ten opzichte van bindingsdikte. Standaard is 6

-commentaar
Positie tekstcommentaar (standaard onderaan)

-commentaar uitlijnen <0..1>
Uitlijning van tekstcommentaar, een zwevende waarde: 0 = links, 0.5 = centrum, 1 = rechts

-kleuren
Schakel kleuren in/uit. Standaard is on

-hldik
Markering met dikke lijnen en vetgedrukte tekens inschakelen

-hlkleur
Markeren met kleur inschakelen. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-bgkleur
Stel de achtergrondkleur in. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-basis kleur
Stel de standaard voorgrondkleur in. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-aamkleur
Stel de kleur van AAM-indexen in. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-dsgcolor
Stel de kleur van gegevens SGroups in. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-commentaarkleur
Stel de kleur van de opmerking in. Componentwaarden moeten binnen bereik zijn [0 .. 255]

-atoomnummers
Toon atoomnummers (alleen voor foutopsporingsdoeleinden)

-bondnummers
Obligatienummers weergeven (alleen voor foutopsporingsdoeleinden)

-eengebaseerd
Begin atoom- en obligatie-indices vanaf één. Standaard is vanaf nul

-Help Print dit helpbericht

Voorbeelden


indigo-afbeelding infile.mol outfile.png -kleuren korting -aroma
indigo-afbeelding database.sdf molecuul_%s.png -idfield cdbregno -dikte 1.1
indigo-afbeelding database.smi database.sdf
indigo-afbeelding - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -vraag
indigo-afbeelding - OCO>>CC(C)N reactie.rxn

Gebruik indigo-depict online met onworks.net-services


Ad


Ad