Dit is de opdracht kalign die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
kalign - voert meerdere uitlijningen van biologische sequenties uit.
KORTE INHOUD
uitlijnen [infile.fasta] [outfile.fasta] [Opties]
uitlijnen [-l infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Opties]
uitlijnen [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
Kalign is een opdrachtregelprogramma waarmee u meerdere biologische sequenties kunt uitlijnen. Het
maakt gebruik van het Muth?Manber string-matching-algoritme om zowel de nauwkeurigheid als de snelheid te verbeteren
van de uitlijning. Het maakt gebruik van een mondiale, progressieve afstemmingsaanpak, verrijkt door het gebruik van een
een benaderend string-matching-algoritme om reeksafstanden te berekenen en op te nemen
lokale overeenkomsten in de anders mondiale afstemming.
OPTIES
-s -gpo -gapen -gap_open x
Gap-open boete.
-e -gpe -gap_ext -gape-extensie x
Gap-verlenging straf.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Terminal gap-boetes.
-m -bonus -matrix_bonus x
Een constante toegevoegd aan de substitutiematrix.
-c -soort <invoer, boom, hiaten.>
De volgorde waarin de reeksen verschijnen in de uitvoeruitlijning.
-g -voorzien zijn van
Selecteert de featuremodus en specificeert welke features gebruikt moeten worden: bijv. all, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-dezelfde_feature_score
Score voor het uitlijnen van dezelfde functies.
-diff_feature_score
Straf voor het op elkaar afstemmen van verschillende functies.
-d -afstand <wu, paar>
Afstandsmethode
-b -boom -gidsboom <nj, upgma>
Gidsboommethode.
-z -zafsnijding
Parameter gebruikt bij de op Wu-manber gebaseerde afstandsberekening.
-i -in -invoer
Naam van het invoerbestand.
-o -uit -uitvoer
Naam van het uitvoerbestand.
-a -gap_inc
Verhoogt de gap-boetes, afhankelijk van het aantal bestaande gaten.
-f -formaat <snel, msf, aln, kl, macsim>
Het uitvoerformaat.
-q -rustig
Druk niets af naar STDERR. Lees niets van STDIN.
REFERENTIES
· Timo Lassmann en Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - een nauwkeurige en snelle multiple
algoritme voor sequentie-uitlijning. BMC Bio-informatica 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings en Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
hoogwaardige meervoudige uitlijning van eiwit- en nucleotidesequenties maakt dit mogelijk
externe functies. Nucleïnezuuronderzoek 3:858-865.
AUTEURS
Timo Lasmann <[e-mail beveiligd]>
Stroomopwaartse auteur van Kalign.
Charles Plessy <[e-mail beveiligd]>
De manpagina geschreven.
COPYRIGHT
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign is gratis software. U kunt het herdistribueren en/of wijzigen onder de voorwaarden van de
GNU General Public License zoals gepubliceerd door de Free Software Foundation.
Deze handleiding is geschreven door Charles Plessy[e-mail beveiligd]> voor de Debian(TM)
systeem (maar kan door anderen worden gebruikt). Er wordt toestemming verleend voor het kopiëren, verspreiden en/of
wijzig dit document onder dezelfde voorwaarden als Kalign zelf.
Op Debian-systemen kan de volledige tekst van de GNU General Public License versie 2 zijn:
gevonden in /usr/share/common-licenties/GPL-2.
Gebruik Kalign online met behulp van onworks.net-services
