king-probe - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

king-probe - Evalueer en visualiseer de interatomaire pakking van eiwitten

PRODUCTBESCHRIJVING

Syntaxis: probe input.pdb >> out.kin

of: probe [vlaggen] "src-patroon" ["doelpatroon"] pdb-bestanden... >> out.kin

vlaggen:
-Zelf zelfkruising: src -> src (standaard)

-Beide snij beide kanten op: src <=> targ

-Eenmaal enkel kruispunt: src -> targ

-Uit extern van der Waals-oppervlak van src (oplosmiddelcontactoppervlak)

-AUTObondrot bestandsnaam
een autobondrot-bestand lezen en verwerken

sneltoetsen:

< > hetzelfde als: -4 H -mc -het -zelf "altA ogt33"

-STANDAARD waarden
hetzelfde als: < >, maar staat enkele andere vlaggen toe

-SCOppervlak hetzelfde als: -laten vallen -rad1.4 -uit "geen water"

-Blootgesteld
hetzelfde als: -laten vallen -rad1.4 -uit (let op: patroon door gebruiker aangeleverd)

-Een oppervlak
hetzelfde als: -laten vallen -rad0.0 -toevoegen1.4 -uit "geen water"

-TOEGANG
hetzelfde als: -laten vallen -rad0.0 -toevoegen1.4 -uit (let op: patroon door gebruiker aangeleverd)

-SCAN0 hetzelfde als: -4 H -mc -zelf "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 hetzelfde als: -4 H -een keer "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(niet water ogt33)"

-DUMPatominfo
tel de atomen in de selectie: src

(merk op dat BEIDE en EENS twee patronen vereisen terwijl

OUT, SELF en DUMPATOMINFO vereisen slechts één patroon)

-Impliciet
impliciete waterstofatomen

-Expliciet
expliciete waterstofatomen (standaard)

-Dikte#
stel de puntdichtheid in (standaard 16 punten/vierkante A)

-Straal#.#
tastradius instellen (standaard 0.25 A)

-ADDvdw#.#
offset toegevoegd aan Van der Waals-stralen (standaard 0.0)

-SCHAALvdw#.# schaalfactor voor Van der Waals-stralen (standaard 1.0)

-COSCaal#.#
schaal C=O koolstof Van der Waals stralen (standaard 0.94)

-Piek teken piek in plaats van stippen (standaard)

-Piek#.#
stel piekschaal in (standaard=0.5)

-NO Spike
teken alleen punten

-HBRegulier#.# maximale overlap voor reguliere Hbonds (standaard=0.6)

-HBOpgeladen#.# maximale overlap voor in rekening gebrachte Hobligaties (standaard=0.8)

-Houden niet-geselecteerde atomen behouden (standaard)

-Druppel laat niet-geselecteerde atomen vallen

-Begrenzing beperk bump dots tot maximale afstand tijdens zoenen (standaard)

-Geen limiet
beperk de bump dots niet

-Lens voeg het trefwoord lens toe aan het verwantenbestand

-NOLEN's
voeg geen lenstrefwoord toe aan kin-bestand (standaard)

-MC inclusief mainchain->mainchain-interacties

-HET's punten toevoegen aan niet-water HET-groepen (standaard)

-NOHET's
sluit punten uit voor niet-water HET-groepen

-WAters
inclusief punten in water (standaard)

-NOWATers
sluit stippen uit voor water

-WAT2wat
toon stippen tussen wateren

-DUMPH2O
inclusief water H? vectorlijst in uitvoer

-4 H breid het verwijderen van verbindingsketenpunten uit naar 4 voor H (standaard)

-3 beperk het verwijderen van bond chain dots tot 3

-2 beperk het verwijderen van bond chain dots tot 2

-1 beperk het verwijderen van bond chain dots tot 1

-NEGEREN "patroon" expliciete drop: negeer atomen geselecteerd door patroon

-DOCHO
herken CH..O Hbonds

-CHO#.#
schaalfactor voor CH..O Hbond-score (standaard=0.5)

-PolarH
gebruik korte stralen van polaire waterstofatomen (standaard)

-NOPolairH
verkort de stralen van polaire waterstofatomen niet

-NOFACEhbond identificeer HBonds niet met aromatische gezichten

-Naam "naam" specificeer de groepsnaam (standaard "punten")

-DOTMASTER
groepsnaam gebruikt als extra master={naam} op lijsten

-NOGroep
genereer geen @group-instructie in uitvoer in .kin-formaat

-KINbeeld
voeg de @kinemage 1-instructie toe bovenaan de uitvoer van het .kin-formaat

- Telpunten
een telling van punten produceren, geen puntenlijst

-Ongeformatteerd
uitvoer onbewerkte puntinformatie

naam:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-O-FORMAAT
uitvoerpuntinformatie geformatteerd voor weergave in O

-XVFORMAAT
uitvoerpuntinformatie geformatteerd voor weergave in XtalView

-EEN LIJN
voer één regel uit:contacten:door:ernst:type:

-GAPkleur
kleurpunten op basis van de hoeveelheid tussenruimte (standaard)

-ATOMkleur
kleur stippen per atoomtype

-Basis kleur
kleurstippen per nucleïnezuurbasetype

-COLORBase
kleurstippen per opening en nucleïnezuurbasetype

-OUTCOLor "naam" specificeert de puntkleur voor -UIT (standaard "grijs")

-GAPGewicht#
gewicht instellen voor het scoren van gaten (standaard 0.25)

-BUMPGewicht# relatieve schaal instellen voor het scoren van hobbels (standaard 10.0)

-HBGewicht#
relatieve schaal instellen voor het scoren van Hbonds (standaard 4.0)

-DIVLaag#.#
Indeling voor bumpcategorieën (standaard -0.4)

-DIVHoog#.#
Verdeling voor contactcategorieën (standaard 0.25)

-MINOCupancy#.#
Bezetting daaronder is hetzelfde als nul (standaard 0.02)

-Element
voeg hoofdknoppen toe voor verschillende elementen in kin-uitvoer

-NIET
voer geen contacten uit voor HBonds

-GEEN CLASHOUT
voer geen contacten uit voor botsingen

-NOVDWOUT
voer geen contacten uit voor Van der Waals-interacties

-ALLEEN SLECHT
onlybadout levert slechte botsingen op (ernstige overlapcontacten)

-SAMENVATTING
uitvoer een samenvattingslijst met contacten en botsingen

-EEN LIJN
uitvoer samenvattingslijst op één regel

-LET OP
toon tijdens de verwerking de residunaamticker niet

-STDBOND's
veronderstellen alleen standaard bindingspatronen in standaardresiduen

- GEEN OUDER
binden geen waterstofatomen op basis van de tabel met zware atomen

-SEGID gebruik het PDB SegID-veld om onderscheid te maken tussen residuen

-OUDU oude stijl genereren -u uitvoer: kissEdge2BullsEye, enz

-VERbose
uitgebreide modus (standaard)

-Referentie
referentiereeks weergeven

-Veranderingen
een lijst met programmawijzigingen weergeven

-Rustig stille modus

-Helpen uitgebreide helpmelding weergeven (inclusief andere vlaggen)

-VERSIE
versie met één regel naar stdout

Patroonelementen: (moeten tussen aanhalingstekens worden geplaatst op de opdrachtregel)

BESTAND# binnen bestand #

MODEL# binnen model#

KETTINGaa
binnen keten a

SEGaaaa
segment-ID aaaa (waarbij _ leeg staat)

ALTa alternatieve conformatie a

ATOMaaaa
atoomnaam aaaa (waarbij _ blanco staat) (alle 4 de tekens worden gebruikt, dus H zou zijn
ATOM_H__)

RESaaa residu aaa

# residu #

#een residu #, voeg a in

#-# residubereik # (codes invoegen genegeerd)

een residutype met éénlettercodes (bijv. y)

aaa residutype met drielettercodes (bijv. tyr)

ALLES, EIWIT, MC, SC, BASIS, ALPHA, BÈTA, STIKSTOF, KOOLSTOF,
ZUURSTOF, ZWAVEL, FOSFOR, WATERSTOF, METAAL, POLAIR,
NIET-POLAR, GELADEN, DONOR, ACCEPTATOR, AROMATISCH, METHYL, HET, WATER, DNA, RNA

alle of een deelverzameling van de atomen

OLT# Bezetting minder dan # (geheel percentage)

OGT# Bezetting groter dan # (geheel percentage)

BLT# B-waarde kleiner dan # (geheel getal)

BGT# B-waarde groter dan # (geheel getal)

INSa Code a invoegen (waarbij _ leeg staat)

BINNEN #.# VAN #.#, #.#, #.#
atomen op afstand van het punt

Patronen kunnen worden gecombineerd in door komma's gescheiden lijsten, zoals de betekenis van "trp,phe,tyr".
TRP of PHE of TYR.

Patronen die gescheiden zijn door spaties moeten allemaal waar zijn, zoals de betekenis van 'chainb 1-5'
residuen 1 tot 5 in keten B.

U kunt patronen ook groeperen tussen haakjes en meerdere patronen scheiden met |
wat 'of' betekent en kies het complement met NOT zoals in "niet bestand1" wat niet in betekent
bestand 1.

Een autobondrot-bestand is vergelijkbaar met andere PDB-invoerbestanden, maar bevat informatie
het identificeren van atomen die onderhevig zijn aan rotaties en andere transformaties.

Voorbeeld van een autobondrot-bestandsfragment dat de rotatie van de Calpha-Cbeta-binding en een periodiek toont
torsiestraffunctie voor deze rotatie

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Autobondrot-opdrachten gebruiken dubbele punten om waarden te scheiden Transformaties:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # dummie

Bias-functies:
COS:schaal:faseOffset:frequentie POLY:schaal:offset:polynoomGraad CONST:waarde

Vertakking:
OPSLAAN en HERSTELLEN of "(" en ")"

(bijvoorbeeld om elke Chi en de methyls voor isoleucine te roteren

volgorde is: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Oriëntatie instellen: GO:hoek1:hoek2:... Bestanden opnemen: @bestandsnaam Opmerkingen:
# commentaartekst

sonde: versie 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

Gebruik king-probe online met behulp van onworks.net-services