Dit is de opdracht LAshow die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
LAshow - toon lokale uitlijningen uit .las-bestanden
KORTE INHOUD
Lshow [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|dam [src2:db|dam] uitlijnen: las
[luidt: BESTAND | luidt: bereik ...]
PRODUCTBESCHRIJVING
Lshow produceert een afgedrukte lijst van de lokale uitlijningen in het opgegeven .las-bestand
bestand, waar de a- en b-reads vandaan komen src1 of via src1 en src2respectievelijk. Als een
bestand of lijst met leesbereiken wordt gegeven, dan alleen de overlappingen waarvoor de a-read zich bevindt
de set die door het bestand of de lijst is opgegeven, worden weergegeven. Zien DBshow(1) voor een uitleg van
hoe het bestand en de lijst met leesbereiken worden geïnterpreteerd.
OPTIES
-F Draai de rollen van de a- en b-waarden op het display om
-U Gebruik hoofdletters voor de DNA-sequentie in plaats van de standaard kleine letters
-iinspringen
Stel de inspringing in voor de cartoon- en/of uitlijningsweergaven als daarom wordt gevraagd.
(standaard: 4)
-baantal_symbolen
Stel het aantal symbolen aan weerszijden van de uitgelijnde segmenten in een uitlijning in
weergave. (standaard: 10)
-ww Deze parameter wordt gebruikt voor de weergavemodi gespecificeerd door -a en -r. (standaard:
100)
-o Geef alleen uitlijningen weer die een goede overlap hebben, dat wil zeggen waar een reeks eindigt
vindt plaats aan elk uiteinde van de uitlijning
DISPLAY MODES
-c Cartoon weergave van de uitlijning
-een, -r Geef een alignement van het lokale alignement weer
De -a optie zet precies w kolommen per segment van het scherm, terwijl de -r optie
precies zet w a-leessymbolen in elk segment van het display. De -r weergavemodus is
handig als je twee uitlijningen met dezelfde a-read visueel wilt vergelijken. Als een
combinatie van de -c, -a en -r vlaggen zijn geplaatst, dan komt eerst de cartoon en daarna de -a
uitlijning, en als laatste de -r uitlijning.
Gebruik LAshow online met behulp van onworks.net-services