Dit is de opdracht libscanoute die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
libscanout - Leest een DHF-bestand en schrijft een bestand met best scorende Classes, Folds en
Superfamilies.
KORTE INHOUD
libscanout -dhfinbestand in bestand -uitbestand uitbestand
libscanout -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
libscanout is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Protein:3D Structure" commandogroep(en).
OPTIES
Invoer sectie
-dhfinbestand in bestand
Deze optie specificeert de locatie van het DHF-bestand (bestand met domeinhits) (invoer). A
'domain hits file' bevat databasehits (sequenties) met domeinclassificatie
informatie, in FASTA- of EMBL-indeling. De treffers zijn familieleden van een SCOP- of CATH-familie
en worden gevonden door een zoekopdracht in een sequentiedatabase. Bestanden met treffers opgehaald door
PSIBLAST worden gegenereerd met behulp van SEQSEARCH.
Nodig sectie
uitgang sectie
-uitbestand uitbestand
Deze optie specificeert de locatie van het samenvattingsbestand (uitvoer). Het overzichtsbestand
bevat lijsten met domeinklassen, superfamilies en families gerangschikt op basis
van score (hoogst scorende eerst).
Gebruik libscanoute online met behulp van onworks.net-services