Dit is de opdracht ltrsift die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ltrsift - een grafische interface voor nabewerking en classificatie van LTR
kandidaten voor retrotransposon
KORTE INHOUD
overslag
PRODUCTBESCHRIJVING
LTRsift is een grafische desktoptool voor semi-automatische nabewerking van de novo voorspelde
LTR retrotransposon-annotaties, zoals die gegenereerd door LTRharvest en LTRdigest.
CONFIGURATIE
De LAATSTE binaire bestanden (lastal en lastdb) moeten zich in het systeemzoekpad bevinden. Als ze
niet zijn, is het mogelijk om hun locatie op te geven met behulp van de “GT_LAST_PATH"-omgeving
variabele voordat LTRsift wordt uitgevoerd. Hetzelfde geldt voor de BLAST-locatie. Gebruik
``GT_BLAST_PATH” om het volledige pad naar het uitvoerbare bestand “blastall” op te geven.
Stijlbestanden (die beschrijven hoe het lineaire diagram van de kandidaat-objecten eruit ziet) kunnen dat zijn
ingesteld via de omgevingsvariabele LTRSIFT_STYLE_FILE. Er wordt een verstandige standaardstijl gebouwd
in LTRsift.
Gebruik Ltrsift online met behulp van onworks.net-services