megablast - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Basishulpmiddel voor het zoeken naar lokale uitlijning

KORTE INHOUD

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "begin stoppen"] [-J "begin stoppen"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a bestandsnaam] [-d N] [-e X] [-g F] -i bestandsnaam
-j bestandsnaam [-m] [-o bestandsnaam] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "begin stoppen"]
[-J "begin stoppen"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i bestandsnaam]
[-j bestandsnaam] [-k str] [-m N] [-n] [-o bestandsnaam] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-u]
[-v N] [-w N] [-j N] [-z N]

blastal [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L start Stop] [-M str] [-O bestandsnaam] [-P N] [-Q N] [-R bestandsnaam] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i bestandsnaam]
[-l str] [-m N] [-n] [-o bestandsnaam] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_oud [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L start Stop] [-M str] [-O bestandsnaam] [-P N] [-Q N] [-R bestandsnaam] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i bestandsnaam] [-l str]
[-m N] [-n] [-o bestandsnaam] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

explosiecl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L start Stop]
[-M str] [-O bestandsnaam] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i bestandsnaam] [-m N] [-n] [-o bestandsnaam] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

explosiepgp [-] [-A N] [-B bestandsnaam] [-C bestandsnaam] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O bestandsnaam] [-P N] [-Q bestandsnaam] [-R bestandsnaam] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i bestandsnaam] [-j N] [-k bestandsnaam] [-l str] [-m N] [-o bestandsnaam] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u,-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

Impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O bestandsnaam] [-P bestandsnaam]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i bestandsnaam] [-j N] [-m N] [-o bestandsnaam]
[-v N] [-y X] [-z N]

megablast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L start Stop] [-M N]
[-N N] [-O bestandsnaam] [-P N] [-Q bestandsnaam] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i bestandsnaam] [-l str] [-m N] [-n]
[-o bestandsnaam] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L start Stop] [-N X] [-O bestandsnaam] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d bestandsnaam [-e X] [-i bestandsnaam] [-l bestandsnaam] [-m N]
[-o bestandsnaam] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

zaadblad [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O bestandsnaam]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i bestandsnaam] [-k bestandsnaam] [-o bestandsnaam] [-p str]
[-q N] [-r N]

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze handleiding geeft een korte beschrijving van de commando's bl2seq, ontploffing, blastal, explosiecl3,
explosiepgp, Impala, megablast, rpsblast en zaadblad. Deze commando's zijn gedocumenteerd
samen omdat ze veel gemeenschappelijke opties hebben.

bl2seq voert een vergelijking uit tussen twee reeksen met behulp van de blastn of blastp
algoritme. Beide sequenties moeten ofwel nucleotiden of eiwitten zijn.

blast2 vergelijkt een sequentie met ofwel een lokale database of een tweede sequentie; het
bevat de meeste functionaliteit van beide bl2seq en blastal, maar gebruikt een semi-
experimentele nieuwe interne motor.

blastal en blastall_oud vind de beste overeenkomsten in een lokale database voor een reeks.
blastal gebruikt een nieuwere engine dan blastall_oud standaard, maar ondersteunt het gebruik van de oudere
motor ook (indien aangeroepen met de optie) -V F).

explosiecl3 heeft toegang tot de nieuwste NCBI BLAST-zoekmachine (versie 2.0). De software achter
BLAST versie 2.0 is helemaal opnieuw geschreven om BLAST in staat te stellen de nieuwe uitdagingen aan te gaan
die de sequentiedatabases de komende jaren zullen opleveren. Updates voor deze software zullen
de komende jaren doorgaan.

explosiepgp voert gapped blastp-zoekopdrachten uit en kan worden gebruikt om iteratieve zoekopdrachten uit te voeren in
psi-blast en phi-blast-modus.

Impala doorzoekt een database met scorematrices, opgesteld door kopieëren(1), die BLAST-achtig produceert;
uitgang.

megablast maakt gebruik van het hebzuchtige algoritme van Webb Miller et al. voor nucleotidesequentie
uitlijning zoeken en voegt veel zoekopdrachten samen om tijd te besparen bij het scannen van de database.
Dit programma is geoptimaliseerd voor het uitlijnen van reeksen die enigszins verschillen als gevolg van:
sequencing of andere soortgelijke "fouten". Het is tot 10 keer sneller dan gebruikelijker
sequentie-overeenkomstprogramma's en kunnen daarom worden gebruikt om snel twee grote sets te vergelijken
reeksen tegen elkaar.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) doorzoekt een reeks zoekopdrachten in een database met profielen.
Dit is het tegenovergestelde van PSI-BLAST dat een profiel doorzoekt in een database met sequenties,
vandaar het 'omgekeerde'. rpsblast gebruikt een BLAST-achtig algoritme, waarbij een enkel of dubbel woord wordt gevonden
hits en vervolgens het uitvoeren van een ungapped extensie op deze kandidaat-matches. Als een
voldoende hoog scorende ungapped uitlijning wordt geproduceerd, een gapped extension wordt uitgevoerd
en die (gap) uitlijningen met een voldoende lage verwachtingswaarde worden gerapporteerd. Dit
procedure is in tegenstelling tot IMPALA die een Smith-Waterman-berekening uitvoert tussen de
zoekopdracht en elk profiel, in plaats van een woord-hit-benadering te gebruiken om overeenkomsten te identificeren die
moet worden verlengd.

zaadblad beantwoordt twee relatief eenvoudige vragen:
1. Gegeven een reeks en een database met patronen, welke patronen komen in de reeks voor
en waar?
2. Gegeven een patroon en een sequentiedatabase, welke sequenties bevatten het patroon en
waar?

Sommige van deze commando's ondersteunen meerdere soorten vergelijkingen, geregeld door de -p
("programma") vlag:

blastp vergelijkt een aminozuurquerysequentie met een eiwitsequentiedatabase.

blastn vergelijkt een nucleotide-query-sequentie met een nucleotide-sequentiedatabase.

blastx vergelijkt de zes-frame conceptuele vertaalproducten van een nucleotide-query
sequentie (beide strengen) tegen een eiwitsequentiedatabase. Voor bl2seq
nucleotide moet de eerste sequentie zijn die wordt gegeven.

psitblastn vergelijkt een eiwitquerysequentie met een nucleotidesequentiedatabase
dynamisch vertaald in alle zes leeskaders (beide strengen) met a
positiespecifieke matrix gecreëerd door PSI-BLAST.

tblastn vergelijkt een eiwitquerysequentie met een nucleotidesequentiedatabase
dynamisch vertaald in alle zes leeskaders (beide strengen). Voor bl2seq,
het nucleotide zou de tweede gegeven sequentie moeten zijn.

tblastx vergelijkt de zes-frame vertalingen van een nucleotide-querysequentie met de
zes-frame translaties van een nucleotidesequentiedatabase.

OPTIES

Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.

- Gebruiksbericht afdrukken

-A (bl2seq)
Invoerreeksen in de vorm van accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Venstergrootte voor meerdere hits; staat over het algemeen standaard op 0 (voor single-hit extensies), maar
standaard ingesteld op 40 bij gebruik van niet-aaneengesloten sjablonen.

-B N (ontploffing2)
On-the-fly output produceren:
0 geen (standaard)
1 tabel met offsets en kwaliteitswaarden
2 voeg sequentiegegevens toe
3 tekst ASN.1
4 binaire ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
Aantal aaneengeschakelde zoekopdrachten, in blastn- of tblastn-modus

-B bestandsnaam (blastpgp)
Invoeruitlijningsbestand voor PSI-BLAST opnieuw opstarten

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gebruik op samenstelling gebaseerde statistieken voor blastp of tblastn:
T, t, D of d
Standaard (gelijk aan 1 For blast2 en blastall_oud Samen 2 For blastal
en explosiecl3)
0, F of f
Geen op samenstelling gebaseerde statistieken
1 Op samenstelling gebaseerde statistieken zoals in NAR 29:2994-3005, 2001
2 Op compositie gebaseerde scoreaanpassing zoals in Bioinformatics 21:902-911, 2005,
geconditioneerd op sequentie-eigenschappen
3 Op compositie gebaseerde scoreaanpassing zoals in Bioinformatics 21:902-911, 2005,
onvoorwaardelijk
Bij het inschakelen van statistieken in blastall, blastall_old of blastcl3 (dat wil zeggen, niet ontploffing2),
aanhangen u (hoofdlettergevoelig) voor de modus maakt het gebruik van uniforme p-waarden mogelijk
het combineren van uitlijning en compositorische p-waarden alleen in ronde 1.

-C bestandsnaam (blastpgp)
Uitvoerbestand voor PSI-BLAST-controlepunten

-C N (zaadblad)
Alleen scoren of niet (standaard = 1)

-D N (bl2seq)
Uitvoerformaat:
0 traditioneel (standaard)
1 tabel

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Vertaal sequenties in de database volgens genetische code N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (standaard is 1; alleen van toepassing op tblast*)

-D N (megablast)
Soort uitgang:
0 afstemmingseindpunten en score
1 alle niet-begrensde segmenten eindpunten
2 traditionele BLAST-uitgangen (standaard)
3 door tabs gescheiden opmaak van één regel
4 incrementele tekst ASN.1
5 incrementele binaire ASN.1

-D N (zaadblad)
Kostendaling om uit te lijnen (standaard = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Een gap verlengen kost N (-1 roept standaardgedrag op)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Een gap verlengen kost N (-1 roept standaardgedrag op: niet-affiene indien hebzuchtig, 2
anders)

-E N (blastpgp, impala, zaadtop)
Een gap verlengen kost N (standaard is 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Filteropties voor DUST of SEG; standaard ingesteld op
T voor bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 en megablast, en naar F For
blastpgp, impala en rpsblast.

-F (zaadblad)
Filtervolgorde met SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Het openen van een gat kost N (-1 roept standaardgedrag op)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Het openen van een gat kost N (-1 roept standaardgedrag op: niet-affiene als hebzuchtig, 5 als
dynamisch programmeren gebruiken)

-G N (blastpgp, impala, zaadtop)
Het openen van een gat kost N (standaard is 11)

-H (ontploffing2)
HTML-uitvoer produceren

-H N (blastpgp)
Einde van vereiste regio in zoekopdracht (-1 geeft einde van zoekopdracht aan)

-H (Impala)
Hulp bij afdrukken (anders dan gebruiksbericht)

-H N (megablast)
Maximaal aantal HSP's om op te slaan per databasereeks (standaard is 0, onbeperkt)

-I "begin stoppen" (bl2seq, blast2)
Locatie op eerste (query) reeks (alleen van toepassing als bestand gespecificeerd met -i bevat
een enkele reeks)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Toon GI's in deflines

-J "begin stoppen" (bl2seq, blast2)
Locatie op tweede (onderwerp) reeks (alleen van toepassing als bestand gespecificeerd met -j
bevat een enkele reeks)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Geloof de vraag defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Aantal beste hits uit een regio om te behouden. Standaard uitgeschakeld. Indien gebruikt een waarde van 100
is aanbevolen. Zeer hoge waarden van -v or -b worden ook gesuggereerd.

-K N (zaadblad)
Vermenigvuldiger van interne hitbuffergrootte (wrt-querylengte; standaard = 2)

-L (ontploffing2)
Gebruik (klassieke Mega BLAST) opzoektabel met een breedte van 12

-L start Stop (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Locatie op zoekvolgorde (voor rpsblast, alleen geldig in blastp-modus)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Gebruik matrix str (standaard = BLOSUM62)

-M N (megablast)
Maximale totale lengte van zoekopdrachten voor een enkele zoekopdracht (standaard = 5000000)

-N (ontploffing2)
Toon alleen aanwinsten voor sequentie-ID's in tabeluitvoer

-N X (blastpgp, rpsblast)
Aantal bits om tussenruimte te activeren (standaard = 22.0)

-N N (megablast)
Type van een aaneengesloten woordsjabloon:
0 codering (standaard)
1 optimaal
2 twee gelijktijdig

-O bestandsnaam (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Schrijf (ASN.1) sequentie-uitlijningen
naar bestandsnaam; alleen geldig voor blastpgp, impala, rpsblast en seedtop met -J en
alleen geldig voor megablast met -D2.

-P X (ontploffing2)
Identiteitspercentage cut-off

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Stel in op 1 voor single-hit-modus of 0 voor multiple-hit-modus (standaard). Is niet van toepassing
te blazen.

-P bestandsnaam (Impala)
Lees matrixprofielen uit database bestandsnaam

-P N (megablast)
Maximaal aantal posities voor een hash-waarde (ingesteld op 0 [standaard] om te negeren)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Vertaal zoekopdracht volgens genetische code N in /usr/share/ncbi/data/gc.prt (standaard
zijn 1)

-Q bestandsnaam (blastpgp)
Uitvoerbestand voor PSI-BLAST Matrix in ASCII

-Q bestandsnaam (megablast)
Gemaskeerde query-uitvoer; vereist -D 2

-R (ontploffing2)
Bereken lokaal optimale Smith-Waterman-uitlijningen. (Deze optie is alleen beschikbaar)
voor gapped tblastn.)

-R bestandsnaam (blastall, blastall_old)
PSI-TBLASTN controlepuntbestand lezen bestandsnaam

-R (blastcl3)
RPS Blast zoeken

-R bestandsnaam (blastpgp)
Invoerbestand voor PSI-BLAST opnieuw opstarten

-R (megablast)
Rapporteer de logboekinformatie aan het einde van de uitvoer

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Query strengen om te zoeken tegen database voor blastn, blastx, tblastx:
1 top
2 bodem
3 beide (standaard)

-S N (blastpgp)
Begin van vereiste regio in zoekopdracht (standaard = 1)

-S N (zaadblad)
Afsluitingskosten (standaard = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) HTML-uitvoer produceren

-T N (ontploffing2)
Type van een aaneengesloten woordsjabloon:
0 codering (standaard)
1 optimaal
2 twee gelijktijdig

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Filtering in kleine letters gebruiken voor de queryreeks

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Gebruik van legacy-engine afdwingen

-V (ontploffing2)
Gebruik een benadering met variabele woordgrootte voor het scannen van databases

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Gebruik woorden van grootte N (lengte van de beste perfecte match;
nul roept standaardgedrag op, behalve bij megablast, dat standaard op 28 staat, en
blastpgp, die standaard op 3 staat. De standaardwaarden voor de andere opdrachten variëren met
"programma": 11 voor blastn, 28 voor megablast en 3 voor al het andere.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) X dropoff-waarde voor gapped uitlijning (in
bits) (nul roept standaardgedrag op, behalve bij megablast, dat standaard op 20 staat,
en rpsblast en seedtop, die standaard op 15 staan. De standaardwaarden voor de andere
commando's variëren met "programma": 30 voor blastn, 20 voor megablast, 0 voor tblastx en
15 voor al het andere.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Effectieve lengte van de zoekruimte (gebruik nul voor
de echte grootte)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X dropoff-waarde voor definitieve [dynamische programmering?] gapped
uitlijning in bits (standaard is 100 voor blastn en megablast, 0 voor tblastx, 25 voor
anderen)

-a bestandsnaam (bl2seq)
Schrijf tekst ASN.1 output naar bestandsnaam

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Aantal te gebruiken threads (standaard is één)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Aantal databasesequenties om uitlijningen voor weer te geven
(B) (standaard is 250)

-c (ontploffing2)
Masker kleine letters

-c N (Impala)
Constante in pseudocounts voor multipass-versie; 0 (standaard) gebruikt de entropiemethode;
anders wordt een waarde in de buurt van 30 aanbevolen

-c N (Impala)
Constante in pseudocounts voor multipass-versie (standaard is 10)

-d N (bl2seq)
Gebruik theoretische DB-grootte van N (nul staat voor de werkelijke grootte)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Te gebruiken database (standaard is nr voor alle uitvoerbare bestanden)
behalve blast2, waarvoor een tweede FASTA-reeks nodig is als deze niet is ingesteld)

-d bestandsnaam (rpsblast)
RPS BLAST-database

-e X Verwachtingswaarde (E) (standaard = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Drempel voor het verlengen van treffers, standaard indien nul: 0 voor blastn en megablast, 11 voor
blastp, 12 voor blastx en 13 voor tblasn en tblastx.

-f N (blastpgp)
Drempel voor het verlengen van treffers (standaard 11)

-f (megablast)
Toon volledige ID's in de uitvoer (standaard: alleen GI's of accessies)

-f (zaadblad)
Forceer het zoeken naar patronen, zelfs als ze te waarschijnlijk zijn

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Voer geen gapped-uitlijning uit (n.v.t. voor tblastx)

-g (ontploffing2)
Gebruik hebzuchtig algoritme voor gapped extensions

-g F (megablast)
Zorg ervoor dat niet-aaneengesloten megablast woorden genereert voor elke basis van de database
(verplicht bij de huidige BLAST-motor)

-h N (ontploffing2)
Frame shift penalty voor out-of-frame gaping (alleen blastx, tblastn; standaard is
nul)

-h X (blastpgp, impala)
e-waardedrempel voor opname in multipass-model (standaard = 0.002 voor blastpgp,
0.005 voor impala)

-i bestandsnaam
Lees (eerste, vraag) reeks of stel in vanaf bestandsnaam (standaard is stdin; niet nodig voor
blastpgp bij herstarten vanaf scoremat)

-j bestandsnaam (bl2seq, ontploffing2)
Tweede (onderwerp)reeks lezen of instellen vanaf bestandsnaam

-j N (blastpgp)
Maximaal aantal passen te gebruiken in multipass-versie (standaard = 1)

-k str (ontploffing2)
Patroon voor PHI-BLAST

-k bestandsnaam (blastpgp, zaadtop)
Invoer hitbestand voor PHI-BLAST (standaard = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Beperk het zoeken in de database tot een lijst met GI's [String]

-l bestandsnaam (rpsblast)
Berichten loggen in bestandsnaam in plaats van standaardfout.

-m (bl2seq)
Gebruik Mega Blast om te zoeken

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) uitlijningsweergave-opties:
0 paarsgewijs (standaard)
1 zoekopdracht-verankerd met identiteiten
2 query-verankerd, geen identiteiten
3 platte query-verankerd, identiteiten tonen
4 platte query-verankerd, geen identiteiten
5 query-verankerd, geen identiteiten en botte uiteinden
6 platte query-verankerd, geen identiteiten en botte uiteinden
7 XML Blast-uitvoer (niet beschikbaar voor impala)
8 tabel (niet beschikbaar voor impala)
9 tabel met commentaarregels (niet beschikbaar voor impala)
10 ASN.1-tekst (niet beschikbaar voor impala of rpsblast)
11 ASN.1 binair (niet beschikbaar voor impala of rpsblast)

-n (ontploffing2)
Toon GI's in volgorde ID's

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
MegaBlast-zoekopdracht

-n (megablast)
Gebruik niet-hebzuchtige (dynamische programmering) extensie voor affiene gap-scores

-o bestandsnaam
Schrijf het definitieve uitlijningsrapport naar: bestandsnaam in plaats van stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gebruik het "programma" (vergelijkingstype) str. De PRODUCTBESCHRIJVING sectie behandelt dit:
optie in meer detail.

-p str (blastpgp)
programma-optie voor PHI-BLAST (standaard = blastpgp)

-p X (megablast)
Identiteitspercentage cut-off (standaard = 0)

-p F (rpsblast)
Querysequentie is nucleotide, geen eiwit

-p str (zaadblad)
programma naam:
patmatchp geeft aan welke patronen voorkomen in een reeks
patroonp geeft aan welke reeksen een patroon bevatten

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Straf voor een nucleotide-mismatch (alleen blastn) (standaard = -10
voor seedtop, -3 voor al het andere)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat invoer van checkpoint data:
0 geen scoremat invoer (standaard)
1 herstart vanaf ASCII scoremat checkpoint-bestand
2 herstart vanuit binair scoremat checkpoint-bestand

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Beloning voor een nucleotide-match (alleen blastn) (standaard = 10 for
seedtop, -10 voor al het andere)

-s (ontploffing2)
No-op (voorheen gevraagd om woorden te genereren voor elke basis van de database)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Bereken lokaal optimale Smith-Waterman-uitlijningen. Voor blastall, blastall_old en
blastcl3, dit is alleen beschikbaar in gapped tblastn-modus.

-s N (megablast)
Minimale hitscore om te rapporteren (0 voor standaardgedrag)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Lengte van een niet-aaneengesloten woordsjabloon (de grootste intron toegestaan ​​in een vertaalde)
nucleotidesequentie bij het koppelen van meerdere afzonderlijke toewijzingen; standaard = 0;
negatieve waarden schakelen koppeling uit voor blastall, blastall_old en blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Op compositie gebaseerde scoreaanpassing. Het eerste teken wordt als volgt geïnterpreteerd:
0, F of f
geen op samenstelling gebaseerde statistieken
1 op compositie gebaseerde statistieken zoals in NAR 29:2994-3005, 2001
2, T of t
op compositie gebaseerde partituuraanpassing zoals in Bioinformatics 21:902-911, 2005,
afhankelijk van volgorde-eigenschappen in ronde 1 (standaard)
3 op compositie gebaseerde scoreaanpassing zoals in Bioinformatics 21:902-911, 2005,
onvoorwaardelijk in ronde 1

Wanneer op compositie gebaseerde statistieken in gebruik zijn, kan appending u (hoofdletterongevoelig) voor de
argument vraagt ​​om uniforme p-waarde die uitlijning p-waarde en compositorische p- combineert
waarde alleen in ronde 1.

-t N (megablast)
Lengte van een aaneengesloten woordsjabloon (aaneengesloten woord indien 0 [standaard])

-u (ontploffing2)
Voer alleen uitlijning uit (altijd TRUE voor tblastx)

-u str (blastcl3)
Beperk het zoeken in de database tot resultaten van Entrez2 lookup

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat-uitvoer van checkpointgegevens:
0 geen scoremat-uitvoer (standaard)
1 output ASCII scoremat checkpoint-bestand (vereist -J)
2-uitvoer binair scoremat-controlepuntbestand (vereist -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Aantal te tonen beschrijvingen van één regel (V) (standaard =
500)

-w N (ontploffing2)
Venstergrootte (max. toegestane afstand tussen een paar eerste treffers; 0 oproepen
standaardgedrag, -1 schakelt meerdere hits uit)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Frame shift penalty (OOF-algoritme voor blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff voor ungapped extensies in bits (0.0 roept standaard op)
gedrag: 20 voor blastn, 10 voor megablast en 7 voor alle anderen.)

-y N (megablast)
X dropoff-waarde voor ungapped extensie (standaard is 10)

-z N (ontploffing2)
Langste intronlengte voor HSP-koppeling met ongelijke opening (alleen tblastn; standaard is 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Effectieve lengte van de database (gebruik nul voor de werkelijke grootte)

Gebruik megablast online met behulp van onworks.net-services