mia-2dmyoica-full - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-2dmyoica-full - Voer een registratie uit van een reeks 2D-afbeeldingen.

KORTE INHOUD

mia-2dmyoica-vol -i -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-2dmyoica-vol Dit programma implementeert de 2D-versie van de bewegingscompensatie
algoritme beschreven in Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ, "Automatisch
Bewegingscompensatie van vrije ademhaling verkregen myocardiale perfusiegegevens door gebruik te maken van
Independent Component Analysis", Medische beeldanalyse, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004. De software kan eerst een lineaire registratie uitvoeren en daarna
een niet-lineaire registratie of slechts een van beide. Deze versie van het programma kan alles uitvoeren
parallelle inschrijvingen.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-file=(invoer, vereist); snaar
invoer perfusie dataset

-o --out-file=(uitvoer, vereist); snaar
output perfusie dataset

-r --geregistreerd=
Bestandsnaambasis voor de geregistreerde afbeeldingen. Afbeeldingstype en nummeringsschema
worden ontleend aan de invoerafbeeldingen zoals opgegeven in de invoergegevensset.

--save-cropped=(uitvoer); snaar
sla de bijgesneden set op in dit bestand, de afbeeldingsbestanden zullen de stam van de naam gebruiken
als bestandsnaambasis

--save-feature=(uitvoer); snaar
bewaar afbeeldingen van segmentatiekenmerken en de initiële ICA-mengmatrix

--save-refs=(uitvoer); snaar
sla voor elke registratiepas de referentieafbeeldingen op in bestanden met de opgegeven
naam basis

--save-regs=(uitvoer); snaar
sla voor elke registratiepas tussentijdse geregistreerde afbeeldingen op

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

ICA
-C --componenten=0
ICA-componenten 0 = automatische schatting ICA-componenten 0 = automatisch
schatting

--normaliseren
genormaliseerde IC's

--geen-gemiddeldestrip
haal het gemiddelde niet uit de mengcurven

-s --segschaal=0
segmenteer en schaal het bijsnijdvak rond het LV (0=geen segmentatie)segment en
schaal het bijsnijdvak rond de LV (0=geen segmentatie)

-k --overslaan=0
sla afbeeldingen aan het begin van de serie over, bijv. omdat ze van andere zijn
modaliteiten afbeeldingen aan het begin van de serie overslaan, bijv. omdat ze
zijn van andere modaliteiten

-m --max-ica-iter=400
maximum aantal iteraties in ICAmaximaal aantal iteraties in ICA

-E --segmethode=functies
Segmentatie methode:
delta-piek ‐ verschil van de piekverbeteringsbeelden
functionaliteiten ‐ functie afbeeldingen
delta-functie ‐ verschil van de functie-afbeeldingen

-b --min-ademhalingsfrequentie=-1
minimale gemiddelde frequentie waarvan een mengcurve moet worden aangenomen als gevolg van
ademen. Een gezonde rustademhaling is 12 per minuut. Een negatieve waarde
schakelt de test uit. Een waarde 0.0 dwingt ertoe dat de reeks wordt geïdentificeerd als
verkregen met een aanvankelijke ingehouden adem. De minimale gemiddelde frequentie die een mengcurve kan hebben
moet worden beschouwd als voortkomend uit de ademhaling. Een gezonde rustademhalingssnelheid is dat wel
12 per minuut. Een negatieve waarde schakelt de test uit. Een waarde 0.0 dwingt de
serie die moet worden geïdentificeerd als verworven met initiële ademinhouding.

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

Registratie
-L --lineaire-optimizer=gsl:opt=simplex,stap=1.0
Optimizer gebruikt voor het minimaliseren van de lineaire registratie. De stringwaarde
zal worden gebruikt om een ​​plug-in te bouwen. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS:minimizer/enkele kosten

--lineaire transformatie=affiene
te gebruiken lineaire transformatie De stringwaarde zal worden gebruikt om a te construeren
inpluggen. Voor ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:2dimage/transform

-O --niet-lineaire-optimizer=gsl:opt=gd,stap=0.1
Optimizer gebruikt voor minimalisatie in de niet-lineaire registratie. De snaar
waarde zal worden gebruikt om een ​​plug-in te construeren. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS:minimizer/enkele kosten

-a --start-c-tarief=16
start coëfficiënt in stekels, wordt gedeeld door --c-rate-divider met
elke pass.start-coëfficiënt in stekels wordt gedeeld door
--c-rate-divider bij elke pas.

--c-rate-deler=2
Coëfficiënte snelheidsdeler voor elke doorgang. Coëfficiënte snelheidsdeler voor elke doorgang.

-d --start-divcurl=10000
Start het gewicht van de divcurl, wordt gedeeld door --divcurl-divider bij elke
pass.Start divcurl-gewicht, wordt gedeeld door --divcurl-divider met elke
voorbij lopen.

--divcurl-verdeler=2
Divcurl-gewichtsschaal bij elke nieuwe doorgang. Divcurl-gewichtsschaal bij elke nieuwe passage
nieuwe pas.

-R --referentie=-1
Globale referentie waarop alle afbeeldingen moeten worden uitgelijnd. Indien ingesteld op niet-negatief
waarde, de afbeeldingen worden uitgelijnd met deze referenties en de bijgesneden uitvoer
de afbeeldingsdatum wordt in de originele afbeeldingen geïnjecteerd. Verlaat op -1 als je
maakt niet uit. In dit geval worden alle beelden geregistreerd op een gemiddelde positie van
de bewegingGlobal-referentie waarop alle afbeeldingen moeten worden uitgelijnd. Indien ingesteld op a
niet-negatieve waarde, de afbeeldingen worden uitgelijnd met deze referenties, en de
de datum van de bijgesneden uitvoerafbeelding wordt in de originele afbeeldingen geïnjecteerd. Vertrekken
op -1 als het je niet uitmaakt. In dit geval worden alle afbeeldingen geregistreerd onder a
gemiddelde positie van de beweging

-w --imagecost=afbeelding:gewicht=1,kosten=ssd
beeldkosten, specificeer niet de src- en ref-parameters, deze worden ingesteld door
het programma. De stringwaarde wordt gebruikt om een ​​plug-in te construeren. Voor
ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:2dimage/fullcost

-l --mg-niveaus=3
niveaus met meerdere resolutiesniveaus met meerdere resoluties

-p --lineaire-doorgangen=3
lineaire registratiedoorgangen (0 tot uitgeschakeld)lineaire registratiedoorgangen (0 tot
uitzetten)

-P --niet-lineaire-passes=3
niet-lineaire registratiepassen (0 om uit te schakelen)niet-lineaire registratiepassen
(0 om uit te schakelen)

PLUG-INS: 1d/splinebc

spiegel Spline interpolatie randvoorwaarden die spiegelen op de grens

(geen parameters)

herhaling Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die de waarde bij de grens herhalen

(geen parameters)

nul Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die nul aanneemt voor waarden buiten

(geen parameters)

PLUG-INS: 1d/splinekernel

bsplijn B-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [0, 5]
Spline graad.

omoms OMoms-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [3, 3]
Spline graad.

PLUG-INS: 2D-afbeelding/kosten

lncc lokale genormaliseerde kruiscorrelatie met ondersteuning voor maskering., ondersteunde parameters
zijn:

w = 5; uint in [1, 256]
halve breedte van het venster dat wordt gebruikt voor het evalueren van het gelokaliseerde kruis
correlatie.

LSD Kleinste vierkanten afstandsmaat

(geen parameters)

mi Op Spline parzen gebaseerde wederzijdse informatie. Ondersteunde parameters zijn:

gesneden = 0; drijven in [0, 40]
Percentage pixels dat met hoge en lage intensiteit moet worden verwijderd
uitschieters.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat voor het bewegende beeld is gebruikt.

mkernel = [bspline:d=3]; fabriek
Spline-kernel voor parzen-hinstogram van bewegende beelden. Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat is gebruikt voor het referentiebeeld.

kernel = [bspline:d=0]; fabriek
Spline-kernel voor referentiebeeld parzen hinstogram. Voor ondersteunde plug-
zie PLUGINS:1d/splinekernel

NCC genormaliseerde kruiscorrelatie.

(geen parameters)

NGF Deze functie evalueert de beeldovereenkomst op basis van een genormaliseerd verloop
velden. Er zijn verschillende evaluatiekernels beschikbaar, ondersteunde parameters zijn:

eval = ds; dictaat
subtype plug-in. Ondersteunde waarden zijn:
sq ‐ kwadraat van verschil
ds ‐ kwadraat van geschaald verschil
stip ‐ scalaire productkernel
oversteken ‐ kruisproduct-kernel

ssd 2D afbeeldingskosten: som van gekwadrateerde verschillen, ondersteunde parameters zijn:

autodorsen = 0; drijven in [0, 1000]
Gebruik automatisch maskeren van het bewegende beeld door alleen intensiteitswaarden te nemen
in overeenstemming zijn die groter zijn dan de gegeven drempel.

norm = 0; boel
Stel in of de statistiek moet worden genormaliseerd op basis van het aantal afbeeldingspixels.

ssd-automask
2D-beeldkosten: som van gekwadrateerde verschillen, met automatische maskering op basis van gegeven
drempels, ondersteunde parameters zijn:

dorsen = 0; dubbele
Drempelintensiteitswaarde voor referentiebeeld.

stresh = 0; dubbele
Drempelintensiteitswaarde voor bronbeeld.

PLUG-INS: 2D-afbeelding/volledige kosten

beeld Gegeneraliseerde kostenfunctie voor beeldovereenkomst die ook multi-resolutie aankan
verwerken. De feitelijke overeenkomstmaat wordt gegeven als extra parameter.,
ondersteunde parameters zijn:

kosten = ssd; fabriek
Kosten functie kernel. Voor ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:2dimage/kosten

debug = 0; boel
Bewaar tussentijdse resultaten voor foutopsporing.

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

labelafbeelding
Gelijkwaardigheidskostenfunctie die labels van twee afbeeldingen toewijst en label-
met behoud van multi-resolutie verwerking., ondersteunde parameters zijn:

debug = 0; int in [0, 1]
schrijf de afstand transformeert naar een 3D-beeld.

maxlabel = 256; int in [2, 32000]
maximum aantal labels om te overwegen.

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

gemaskerde afbeelding
Gegeneraliseerde kostenfunctie voor gemaskeerde afbeeldingen die ook multi-
resolutie verwerking. De meegeleverde maskers moeten dicht opgevulde gebieden zijn in
verwerking met meerdere resoluties omdat anders de maskerinformatie verloren kan gaan
bij het verkleinen van de afbeelding. Het referentiemasker en het getransformeerde masker van de
studiebeeld worden gecombineerd door binaire AND. De werkelijke overeenkomstmaat wordt gegeven
es extra parameter., ondersteunde parameters zijn:

kosten = ssd; fabriek
Kosten functie kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS:2dimage/gemaskerde kosten

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

ref-masker =(invoer, tekenreeks)
Referentiebeeldmasker (binair).

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

src-masker =(invoer, tekenreeks)
Beeldmasker bestuderen (binair).

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

PLUG-INS: 2dbeeld/io

bmp BMP 2D-beeld input/output ondersteuning

Erkende bestandsextensies: .BMP, .bmp

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

dicom 2D-beeld io voor DICOM

Herkende bestandsextensies: .DCM, .dcm

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit

EXR een 2dimage io-plug-in voor OpenEXR-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .EXR, .exr

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekende 32 bit, drijvende komma 32 bit

jpg een 2dimage io-plug-in voor jpeg-grijswaardenafbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekende 8 bit

png een 2dimage io-plug-in voor png-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .PNG, .png

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

rauw Ondersteuning voor RAW 2D-beelduitvoer

Herkende bestandsextensies: .RAW, .raw

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

tif TIFF 2D-beeld invoer/uitvoer ondersteuning

Herkende bestandsextensies: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit, unsigned 32 bit

vergezicht een 2dimage io-plug-in voor vista-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .V, .VISTA, .v, .vista

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

PLUG-INS: 2dbeeld/gemaskeerde kosten

lncc lokale genormaliseerde kruiscorrelatie met ondersteuning voor maskering., ondersteunde parameters
zijn:

w = 5; uint in [1, 256]
halve breedte van het venster dat wordt gebruikt voor het evalueren van het gelokaliseerde kruis
correlatie.

mi Op Spline parzen gebaseerde wederzijdse informatie met maskering., ondersteunde parameters zijn:

gesneden = 0; drijven in [0, 40]
Percentage pixels dat met hoge en lage intensiteit moet worden verwijderd
uitschieters.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat voor het bewegende beeld is gebruikt.

mkernel = [bspline:d=3]; fabriek
Spline-kernel voor parzen-hinstogram van bewegende beelden. Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat is gebruikt voor het referentiebeeld.

kernel = [bspline:d=0]; fabriek
Spline-kernel voor referentiebeeld parzen hinstogram. Voor ondersteunde plug-
zie PLUGINS:1d/splinekernel

NCC genormaliseerde kruiscorrelatie met maskeringsondersteuning.

(geen parameters)

ssd Som van gekwadrateerde verschillen met maskering.

(geen parameters)

PLUG-INS: 2D-afbeelding/transformatie

affiniteit Affiene transformatie (zes vrijheidsgraden). De ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

stijf Starre transformaties (dwz rotatie en translatie, drie graden van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

omwenteling Rotatietransformaties (dat wil zeggen rotatie rond een bepaald centrum, één graad van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

spline Vrijevormtransformatie die kan worden beschreven door een set B-spline-coëfficiënten
en een onderliggende B-spline-kernel., ondersteunde parameters zijn:

anisoraat = [[0,0]]; 2dfvector
anisotrope coëfficiënt in pixels, niet-positieve waarden zijn
overschreven door de 'rate' waarde..

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

pit = [bspline:d=3]; fabriek
transformation spline kernel.. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

boete = ; fabriek
Transformatiestraftermijn. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 2dtransform/splinepenalty

tarief = 10; zweven in [1, inf)
isotrope coëfficiënt in pixels.

vertalen Alleen vertaling (twee vrijheidsgraden), ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

vf Deze plug-in implementeert een transformatie die een vertaling definieert voor elke
punt van het raster dat het domein van de transformatie definieert., ondersteund
parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

PLUG-INS: 2dtransformatie/splinestraf

divkrul divcurl penalty op de transformatie, ondersteunde parameters zijn:

krullen = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op curl.

div = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op divergentie.

norm = 0; boel
Stel in op 1 als de straf moet worden genormaliseerd met betrekking tot de afbeelding
grootte.

gewicht = 1; drijven in (0, inf)
gewicht van strafenergie.

PLUG-INS: minimalizer/enkele kosten

gda's Gradiëntafdaling met automatische stapgroottecorrectie. Ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

max-stap = 2; verdubbelen (0, inf)
Maximale absolute stapgrootte.

maxer = 200; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

min-stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Minimale absolute stapgrootte.

xtola = 0.01; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de wijziging toegepast op x lager is dan deze waarde.

gdsq Gradiëntafdaling met kwadratische stapschatting, ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

gtol = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de helling onder deze waarde ligt.

maxer = 100; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

schaal = 2; verdubbelen (1, inf)
Fallback vaste stapgrootte schaling.

stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Eerste stapgrootte.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van x-update onder deze waarde ligt.

gsl optimalisatie-plug-in gebaseerd op de multimin-optimizers van de GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, ondersteunde parameters zijn:

eps = 0.01; verdubbelen (0, inf)
op gradiënt gebaseerde optimalisatieprogramma's: stop wanneer |grad| < eps, simplex: stop wanneer
enkelzijdig formaat < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
maximaal aantal iteraties.

opteren = gd; dictaat
Specifieke te gebruiken optimizer.. Ondersteunde waarden zijn:
vriendjes - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (meest efficiënte versie)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves geconjugeerd gradiëntalgoritme
gd ‐ Hellingsdaling.
simplex ‐ Simplex-algoritme van Nelder en Mead
cg-pr ‐ Polak-Ribière geconjugeerd gradiëntalgoritme

stap = 0.001; verdubbelen (0, inf)
initiële stapgrootte.

tol = 0.1; verdubbelen (0, inf)
een tolerantieparameter.

nlopt Minimizer-algoritmen met behulp van de NLOPT-bibliotheek, voor een beschrijving van de
Optimizers zie 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', ondersteunde parameters zijn:

ftola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

hoger = inf; dubbele
Hogere grens (gelijk voor alle parameters).

lokaal-opt = geen; dictaat
lokaal minimalisatie-algoritme dat mogelijk vereist is voor de hoofd
minimalisatie-algoritme.. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
geen ‐ specificeer geen algoritme
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten

te verlagen = -inf; dubbele
Ondergrens (gelijk voor alle parameters).

maxer = 100; int in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

opteren = ld-lbfgs; dictaat
belangrijkste minimalisatie-algoritme. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
g-mlsl-lds ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (volgorde met lage discrepantie,
lokale gradiëntgebaseerde optimalisatie en grenzen vereisen)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
auglag-eq ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme met gelijkheidsbeperkingen
Slechts
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
g-mlsl ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (lokale optimalisatie vereist en
grenzen)
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
auglag ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten
ld-slsqp ‐ Sequentiële kleinste-kwadraten kwadratische programmering

stap = 0; verdubbelen in [0, inf)
Initiële stapgrootte voor gradiëntvrije methoden.

stoppen = -inf; dubbele
Stopcriterium: functiewaarde valt onder deze waarde.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

xtolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

VOORBEELD

Registreer de perfusiereeks gegeven in 'segment.set' met behulp van automatische ICA-schatting.
Sla aan het begin twee afbeeldingen over en gebruik anders de standaardparameters. Bewaar de
resulteren in 'geregistreerd.set'.

mia-2dmyoica-full -i segment.set -o geregistreerd.set -k 2

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-2dmyoica-full online met behulp van onworks.net-services