mincresample - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mincresample - herbemonstert een minc-bestand langs nieuwe ruimtelijke dimensies

KORTE INHOUD

minimonster [ ]

PRODUCTBESCHRIJVING

Mincremonster zal een minc-bestand opnieuw samplen langs nieuwe ruimtelijke dimensies met nieuwe voxel
posities. Elk volume in het invoerbestand (gegeven door de ruimtelijke dimensies xspace, yspace
en zspace) wordt opnieuw gesampled volgens de opdrachtregelopties. Niet-ruimtelijke afmetingen zijn:
bewaard in hun oorspronkelijke volgorde, maar ruimtelijke dimensies kunnen opnieuw worden geordend om te geven
transversale, sagittale of coronale beelden. De nieuwe voxelwaarden worden berekend met behulp van tri-
lineaire, tri-cubic of dichtstbijzijnde-buren interpolatie.

WORLD COÖRDINATEN

Wereldcoördinaten verwijzen naar millimetrische coördinaten ten opzichte van een fysieke oorsprong
(ofwel de scanner of een anatomische structuur). Voxel-coördinaten zijn gewoon de
indexen in het beeldvolume van een bepaalde voxel. Om de juiste te specificeren:
resampling-opties, is het noodzakelijk om te begrijpen hoe MINC-coördinaatconversies werken.

Elke dimensie van een MINC-beeldvolume wordt bij naam gespecificeerd - de ruimtelijke afmetingen zijn
xspace, yspace en zspace. De conventie is dat positieve xspace-coördinaten lopen vanaf de
de linkerkant van de patiënt naar de rechterkant, positieve y-ruimtecoördinaten lopen van de posterieure patiënt
naar anterieure en positieve zspace-coördinaten lopen van inferieur naar superieur. voor elk van
deze ruimtelijke dimensies, wordt de wereldcoördinaatconversie gespecificeerd door een paar
attributen: stap en start. De xspace-wereldcoördinaat wordt bijvoorbeeld berekend met x
= v*stap + start, waarbij x de x wereldcoördinaat is en v de voxeltelling is (beginnend bij
nul). Dus de grootte van het stapattribuut specificeert de afstand tussen voxels en
het teken van het stapattribuut specificeert de oriëntatie van de as.

Er is nog een andere wending: MINC-bestanden mogen niet-orthogonale assen hebben met de
afmetingen niet perfect uitgelijnd met de genoemde as. Er kan een direction_cosinus zijn
attribuut dat de ware oriëntatie van de as geeft. Bijvoorbeeld, normaal gesproken is de xspace
dimensie moet op één lijn liggen met de wereld x-as, dat wil zeggen. richting cosinus = (1,0,0); echter,
het is mogelijk om een ​​richtingscosinus van (0.9, 0.43589, 0) te hebben.

Deze attributen (step, start en direction_cosines) zorgen voor een conversie van voxel
coördinaten naar wereldcoördinaten. Gecombineerd met een aantal elementen of samples langs een
as, geven ze een volledige beschrijving van waar de uitvoerbemonstering zou moeten zijn.
Wanneer we echter gegevens opnieuw bemonsteren, zijn we vaak geïnteresseerd in een verandering van wereld
coördinaten: van het coördinatensysteem van een MRI-scanner tot het coördinatensysteem van een PET-scanner,
bijvoorbeeld, of van een volume in zijn acquisitieruimte naar coördinaten in een gestandaardiseerde
ruimte. Deze verandering van wereldcoördinaten kan worden gespecificeerd door het gebruik van a
transformatiebestand (.xfm). Dus in het algemeen omvat het herbemonsteren drie
transformaties: van de voxel-coördinaten van het invoerbestand naar de wereldcoördinaten
(gespecificeerd door het invoerbestand), van de invoerwereldcoördinaten naar de uitvoerwereld
coördinaten (gespecificeerd door het transformatiebestand), en uit de wereld van het uitvoerbestand
coördinaten naar zijn voxel-coördinaten (gespecificeerd door opdrachtregelopties).

Over het algemeen worden richtingscosinussen zelden gebruikt - asheroriëntatie wordt gespecificeerd door a
verandering van wereldcoördinaten (het transformatiebestand). Ook posities herbemonsteren
(output world to voxel conversie) worden vaak gespecificeerd ten opzichte van een modelbestand (bijv.
resample van dit bestand zodat het op dat bestand lijkt). Hoewel er veel opties zijn voor een
volledige specificatie van de transformatie, hoeft men meestal niet meer te specificeren
dan een paar van hen.

OPTIES

Houd er rekening mee dat opties in verkorte vorm kunnen worden opgegeven (zolang ze uniek zijn) en
kan overal op de opdrachtregel worden gegeven.

Algemeen opties

-2 Maak uitvoerbestanden in MINC 2.0-formaat.

-klodder
Een bestaand bestand overschrijven.

-geen klomp
Overschrijf een bestaand bestand niet (standaard).

-uitgebreid
Voortgangsinformatie afdrukken voor elk berekend segment (standaard).

-rustig Druk geen voortgangsinformatie af.

Resampling specificatie

Opties die de uitvoersampling geven (alle volgende behalve -transformatie) zijn
ontleed in de volgorde waarin ze op de opdrachtregel verschijnen. Dus een commando met -Achtig
bestand.mnc -znelementen 34 -zstap 2 zal zo'n bemonstering geven in bestand in bestand.mnc maar
met 34 monsters op 2 mm langs de zspace as. De standaardsteekproef wordt genomen uit de
invoerbestand, getransformeerd volgens elke transformatie.

-transformatie bestand.xfm
Specificeer een bestand dat de wereldcoördinaattransformatie geeft (standaard is de identiteit
transformatie).

-invert_transformatie
Keer de transformatie om voordat u deze gebruikt.

-noinvert_transformatie
De transformatie niet omkeren (standaard).

-tfm_input_sampling
Transformeer de invoerbemonstering (met behulp van de transformatie gespecificeerd door -transformatie)
samen met de gegevens en gebruik dit als de standaardsteekproef (standaard).

-gebruik_input_sampling
Gebruik de invoerbemonstering als de standaardbemonstering, zoals het is, zonder transformatie, even
hoewel de gegevens worden getransformeerd (oud gedrag).

-Achtig bestand.mnc
Specificeer een modelbestand dat de uitvoerwereld aan voxeltransformatie en -nummer geeft
van elementen (d.w.z. transformeer dit bestand zodat het er zo uitziet).

-standaard_sampling
Stel de bemonstering in op standaardwaarden (start = 0, stap = 1, richting cosinuspunt
langs de juiste assen).

-ruimtetype snaar
Stel de naam van de uitvoerruimte in (meestal oorspronkelijk____ or talairach_).

-talairach
Stel de naam van de uitvoerruimte in op talairach_.

-eenheden snaar
Stel de eenheden van de uitvoerruimte in.

-oorsprong ox oy oz
Specificeer de coördinaat van de eerste voxel. Dit is niet hetzelfde als de startwaarde
als de richtingscosinus niet standaard is. Het begin is ook niet zomaar een
loodrechte projectie van de oorsprong op de as, het is een parallelle projectie
(zoals in een multidimensionale parallellogramprojectie). De conversie wordt afgehandeld
goed door deze optie.

-nelementen nx ny nz
Aantal elementen langs elk van de werelddimensies.

-xnelementen nx
Aantal elementen langs de xspace-dimensie.

-ynelementen ny
Aantal elementen langs de dimensie yspace.

-znelementen nz
Aantal elementen langs de zspace-dimensie.

-stap xstap stap zstap
Stap tussen voxels langs elk van de werelddimensies.

-xstap xstap
Stap tussen voxels langs de xspace-dimensie.

-ystap stap
Stap tussen voxels langs de yspace-dimensie.

-zstap zstap
Stap tussen voxels langs de zspace-dimensie.

-Begin xstart begin zstart
Positie van het centrum van de eerste voxel langs elk van de werelddimensies.

-xstart xstart
Positie van het midden van de eerste voxel langs de xspace-dimensie.

-ystart begin
Positie van het midden van de eerste voxel langs de yspace-dimensie.

-zstart zstart
Positie van het midden van de eerste voxel langs de zspace-dimensie.

-directies x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Richtingscosinus voor elk van de wereldassen.

-xdirco's x1 x2 x3
Richtingscosinus voor de xspace-dimensie.

-ydirko's y1 y2 y3
Richtingscosinus voor de dimensie yspace.

-zdirco's z1 z2 z3
Richtingscosinus voor de dimensie zspace.

Afmeting bestellen

De standaardinstelling is om de oorspronkelijke dimensievolgorde te behouden.

-dwars
Schrijf dwarse plakjes op.

-sagittaal
Schrijf sagittale plakjes op.

-coronaal
Schrijf coronale plakjes op.

uitgang gegevens type dan: en reeks

De standaard voor type, teken en geldig bereik is om die van het invoerbestand te gebruiken. Als type is
opgegeven, worden zowel het teken als het geldige bereik ingesteld op de standaardwaarde voor dat type. Als teken is
opgegeven, wordt het geldige bereik ingesteld op de standaardwaarde voor het type en teken.

-byte Sla uitvoervoxels op in 8-bits integer-indeling.

-korte Sla uitvoervoxels op in 16-bits integer-indeling.

-in Sla uitvoervoxels op in 32-bits integer-indeling.

-lange vervangen door -in.

-vlotter Sla uitvoervoxels op in 32-bits drijvende-komma-indeling.

-dubbele
Sla uitvoervoxels op in 64-bits drijvende-komma-indeling.

-ondertekend
Schrijf waarden op als gehele getallen met teken (standaard voor kort en lang). Genegeerd voor
drijvende-komma typen.

-ongetekend
Schrijf waarden uit als gehele getallen zonder teken (standaard voor byte). Genegeerd voor zwevend
soorten punten.

-bereik Min max
specificeert het geldige bereik van uitvoervoxelwaarden. Standaard is het volledige bereik voor de
typ en teken. Deze optie wordt genegeerd voor drijvende-kommawaarden.

-houd_reëel_bereik
Bewaar het echte minimum en maximum van het invoervolume, zodat de waarden zijn
op dezelfde manier geschaald op output. Dit is met name handig voor het herbemonsteren van labels
volumes waarbij het interpoleren van intensiteitswaarden geen zin heeft.

-nokeep_real_range
Herbereken het werkelijke minimum en maximum voor elk uitvoersegment. Dit is de standaardinstelling.

Behandeling of onbepaald (invalide) voxel waarden

-vullen Uitvoervoxels die buiten het invoervolume vallen, hebben ongedefinieerde waarden. Wanneer de
-vullen optie wordt gebruikt, krijgen deze voxels een waarde die buiten de geldige
bereik (minder dan het geldige minimum, als het type, teken en geldig bereik dit toelaten) dus
dat ze door andere software kunnen worden gedetecteerd. De waarden van deze voxels zijn niet
ingesloten in de afbeelding-max en afbeelding-min variabelen.

-geen vulling
Gebruik een reële/fysieke waarde (geen voxel-waarde) van nul voor punten buiten de invoer
volume. Deze punten worden meegenomen in de berekening van de afbeelding-max en afbeelding-min
variabelen. Dit is de standaardinstelling.

-vulwaarde vulwaarde
Specificeert een reële/fysieke waarde (geen voxel-waarde) voor punten buiten de invoer
volume. De punten tellen niet mee bij de berekening van de afbeelding-max en afbeelding-
Min variabelen.

interpolatie opties

-trilineair
Voer een tri-lineaire interpolatie uit tussen voxels. De randen van het volume zijn aan de
centrum van de eerste en laatste voxels van een dimensie. Dit is de standaardinstelling.

-tricubisch
Voer een tri-cubic interpolatie uit tussen voxels. De randen van het volume zijn aan de
centrum van de eerste en laatste voxels van een dimensie.

-dichtstbijzijnde_buurman
Voer interpolatie van de naaste buur uit tussen voxels (d.w.z. zoek de voxel die het dichtst bij is)
het punt en gebruik de waarde ervan). De randen van het volume bevinden zich aan de rand van de eerste
en laatste voxels van een dimensie (midden +/- halve voxelscheiding).

-sinds Do renormalized windowed-sinc interpolatie tussen voxels, zoals beschreven door Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

-breedte n
Specificeert de halve breedte van de sinc-interpolatiekernel, in het bereik van 1 tot
10. De volledige sinc-kernelbreedte is: n * 2+1, en varieert dus van 3 tot 21.
De standaardwaarde is 5, wat een volledige breedte van 11 geeft.

-hanning
Gebruik een Hanning-venster met de sinc-interpolant. Dit is de standaardinstelling.

-hammen
Gebruik een Hamming-venster met de sinc-interpolant.

Algemeen opties

-Help Druk een samenvatting van de opdrachtregelopties af en sluit af.

-versie
Druk het versienummer van het programma af en sluit af.

Voorbeelden

Herbemonster de hersenen van een individu in een gestandaardiseerde ruimte op een standaard bemonsteringsraster:

mincresample individu.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-zoals standard_sampling.mnc

Herbemonster een MRI-volume dat moet worden gematcht met een PET-volume, maar met een fijnere resolutie:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transformeer mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-stap 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-nelementen 256 256 64

Verander een transversaal volume in een sagittaal volume:

mincresample dwars.mnc sagittaal.mnc \
-sagittaal -dichtstbijzijnde

Verander een 256x256x64 (1x1x2mm) dwarsvolume in 256x128x256 (1x1x1mm) sagittaal volume:

mincresample transversaal.mnc sagittaal.mnc -sagittaal \
-zstap 1 -znelem 128

Verkrijg een fijnere axiale bemonstering op een PET-volume:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelementen 46

Mincresample online gebruiken met onworks.net-services