mincreshape - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mincreshape - knipt een hyperslab uit een minc-bestand (met herschikking van de afmetingen)

KORTE INHOUD

kleinvorm [ ] .mnc .mnc

PRODUCTBESCHRIJVING

Mincreshape's De belangrijkste taak is om een ​​hyperslab uit een minc-bestand te hakken en in een nieuw bestand te plaatsen
minc-bestand. "Wat is een hyperslab?", vraag je. Er wordt eenvoudigweg een multidimensionale doos gespecificeerd
met een startindex (een vector die een voxelcoördinaat geeft) en een telvector (een aantal
voxels langs elke as). Eén segment uit een volume is een hyperslab (met een telling van 1
in de snijrichting), is een klein blok dat uit een groot volume wordt getrokken een hyperslab, a
enkel echovolume uit een multi-echo MRI-dataset is een hyperslab, één tijdstip uit a
dynamische acquisitie is een hyperslab - je snapt het idee. Bekijk de -Begin, -telling en
-diversiteit opties voor meer informatie over hoe u dit kunt doen (en bekijk de voorbeelden!). als jij
Wanneer u slechts één punt langs een dimensie uittrekt, heeft u de mogelijkheid om de
dimensie verdwijnen, dus kleinvorm geeft je de mogelijkheid om de dimensionaliteit van te verminderen
een minc-bestand. Bovendien bent u niet beperkt tot het opgeven van een hyperslab die zich alleen binnen de ruimte bevindt
het invoerbestand kunt u verder gaan dan de grenzen van de afmetingen in het invoerbestand, en
bovendien kunt u een telling opgeven waarmee de gegevens langs een dimensie worden omgedraaid.

Alsof dat allemaal nog niet genoeg is, kleinvorm heeft de mogelijkheid om afmetingen opnieuw te ordenen. Het meest
Een voor de hand liggend geval is het omzetten van een transversaal beeld in een coronaal beeld. Maar je kunt een typen
lijst met dimensienamen om een ​​willekeurige volgorde van dimensies te krijgen.

Wil je meer!?! Oke oke. Mincrevorm voert alle ICV-bewerkingen van de minc-bibliotheek uit
beschikbaar op de opdrachtregel. Voor degenen die van gedefinieerde dingen houden: een ICV is een afbeelding
conversievariabele (vraag me niet waarom ik het zo noemde) waarmee je in feite de
gegevens hoe het eruit gaat zien. Met andere woorden, het doet een heleboel conversies voor u.
Deze conversies omvatten het veranderen van type, bereik en normalisatie van de voxelwaarden,
het uitbreiden of inkrimpen van afbeeldingen (door voxelduplicatie of middeling) om een ​​gespecificeerde waarde te verkrijgen
afbeeldingsgrootte en het converteren van vectorafbeeldingen naar scalair.

Zodat je niet in de war raakt, wil ik het je hier duidelijk vertellen: kleinvorm doet het allemaal
Eerst ICV-conversies en vervolgens worden de hyperslab- en dimensieherschikkingsdingen toegepast
het resultaat daarvan. Dus als je ze wilt combineren (zoals -imgformaat, -Begin, -telling),
zorg dat je het eerst helder in je hoofd hebt.

Oké, blijf op je stoel zitten: hier is een lijst met opties.

OPTIES

Houd er rekening mee dat opties in verkorte vorm kunnen worden opgegeven (zolang ze uniek zijn) en
kan overal op de opdrachtregel worden gegeven.

Algemeen opties

-2 Maak uitvoerbestanden in MINC 2.0-formaat.

-klodder
Een bestaand bestand overschrijven.

-geen klomp
Overschrijf een bestaand bestand niet (standaard).

-uitgebreid
Druk voortgangsinformatie af voor elk stukje gekopieerde gegevens (standaard). Een stuk
varieert in grootte, afhankelijk van het feit of u de afmetingen opnieuw bestelt of niet
hoe groot de interne buffer mag zijn.

-rustig Druk geen voortgangsinformatie af.

-max_chunk_size_in_kb grootte
Geef de maximale grootte van de kopieerbuffer op (in kbytes). Standaard is 4096 kbyte
(4meg).

Beeld Conversie opties (pixel type dan: en bereik):

De standaard voor type, teken en geldig bereik is om die van het invoerbestand te gebruiken. Als type is
opgegeven, worden zowel het teken als het geldige bereik ingesteld op de standaardwaarde voor dat type. Als teken is
opgegeven, wordt het geldige bereik ingesteld op de standaardwaarde voor het type en teken.

-bestandstype
Voer geen typeconversie uit (standaard).

-byte Sla uitvoervoxels op in 8-bits integer-indeling.

-korte Sla uitvoervoxels op in 16-bits integer-indeling.

-in Sla uitvoervoxels op in 32-bits integer-indeling.

-lange vervangen door -in.

-vlotter Sla uitvoervoxels op in 32-bits drijvende-komma-indeling.

-dubbele
Sla uitvoervoxels op in 64-bits drijvende-komma-indeling.

-ondertekend
Schrijf waarden op als gehele getallen met teken (standaard voor kort en lang). Genegeerd voor
drijvende-komma typen.

-ongetekend
Schrijf waarden uit als gehele getallen zonder teken (standaard voor byte). Genegeerd voor zwevend
soorten punten.

-Geldig bereik Min max
specificeert het geldige bereik van uitvoervoxelwaarden in hun gehele representatie.
Standaard is het volledige bereik voor het type en teken. Deze optie wordt genegeerd
drijvende-kommawaarden.

-image_bereik Min max
Normaliseer afbeeldingen tot een bepaalde minimale en maximale reële waarde (geen voxelwaarde).

-normaliseren
Normaliseer afbeeldingen naar het echte minimum en maximum voor het gehele invoerbestand.

-nonormaliseren
Afbeeldingen niet normaliseren (standaard).

-nopixfill
Converteer geen waarden die buiten het bereik vallen in het invoerbestand, maar kopieer ze gewoon door.

-pixfill
Vervang waarden die buiten het bereik vallen in het invoerbestand door de kleinst mogelijke waarde (standaard).

-pixfillwaarde waarde
Geef een nieuwe pixelwaarde op om waarden die buiten het bereik vallen in het invoerbestand te vervangen.

Beeld Conversie opties (dimensie richting en maat):

-scalair
Converteer vectorafbeeldingen naar scalaire afbeeldingen (een vectorafbeelding is één met vector_dimensie
als de snelst variërende dimensie). De vectordimensie wordt verwijderd en de waarden zijn
gemiddeld.

-noscalair
Converteer vectorafbeeldingen niet naar scalaire afbeeldingen (standaard).

+richting
Draai afbeeldingen om om een ​​positieve stapwaarde voor ruimtelijke assen te verkrijgen. Houd er rekening mee dat het omdraaien
van ruimtelijke assen geldt alleen voor "beeldafmetingen". Dit zijn de twee snelste
variërende (niet-vector) afmetingen in het bestand. Als u een niet-afbeelding wilt omdraaien
afmeting kunt u deze omzetten naar een afbeeldingsafmeting -verkleinen dimnaam= -1 (De
-1 betekent dat je de grootte niet echt verandert). Bekijk de voorbeelden.

-richting
Draai afbeeldingen om om een ​​negatieve stapwaarde voor ruimtelijke assen te verkrijgen.

-iedere richting
Draai afbeeldingen niet langs ruimtelijke assen (standaard).

+xrichting
Draai afbeeldingen om een ​​positieve xspace:step-waarde te geven (van links naar rechts).

-xrichting
Draai afbeeldingen om negatieve xspace:step-waarde (van rechts naar links) te geven.

-xelke richting
Draai afbeeldingen niet langs de x-as.

+yrichting
Draai afbeeldingen om om een ​​positieve yspace:stap-waarde te verkrijgen (posterieur-naar-anterior).

-yrichting
Draai afbeeldingen om om een ​​negatieve yspace:stap-waarde te verkrijgen (van anterieur naar posterieur).

-yanyrichting
Draai afbeeldingen niet langs de y-as.

+zrichting
Draai afbeeldingen om om een ​​positieve zspace:step-waarde te verkrijgen (inferieur naar superieur).

-zrichting
Draai afbeeldingen om om een ​​negatieve zspace:step-waarde te krijgen (superieur naar inferieur).

-maffe richting
Draai afbeeldingen niet langs de z-as.

-opletten
Behoud de beeldverhouding bij het wijzigen van het formaat van afbeeldingen. Dit betekent dat voxels worden gerepliceerd
(of gemiddeld) hetzelfde aantal keren langs elke afbeeldingsdimensie.

-geenaspect
Forceer het behoud van de beeldverhouding niet bij het wijzigen van het formaat van afbeeldingen (standaard).

-imgformaat grootte
Geef de gewenste afbeeldingsgrootte op (gebruikt als -rijgrootte or -colgrootte niet gegeven).

-rijgrootte grootte
Geef het gewenste aantal rijen in de afbeelding op.

-colgrootte grootte
Geef het gewenste aantal kolommen in de afbeelding op.

-verkleinen dimensie=grootte
Geef de grootte op van een benoemde dimensie (dimensie=grootte). Houd er rekening mee dat alleen het formaat wordt gewijzigd
is van toepassing op "beeldafmetingen" - meestal de twee snelst variërende (niet-vector)
dimensies. Om de afmetingen aan te passen, moeten alle snelst variërende afmetingen tot en met
genoemde dimensie worden omgezet in afbeeldingsdimensies, en deze worden vervolgens beïnvloed door
de richtingsopties. De dimensienaam en -grootte moeten op één opdrachtregel staan
argument, dus als u spaties gebruikt (wat prima is), vergeet dan niet om aanhalingstekens te gebruiken om ze te verbergen
uit de schaal.

Omvorming opties:

-dwars
Schrijf dwarse plakjes op.

-sagittaal
Schrijf sagittale plakjes op.

-coronaal
Schrijf coronale plakjes op.

-dimorder dim1,dim2,dim3, ...
Geef de dimensievolgorde op, waar schemerig? zijn de namen van de afmetingen. Jij kan geven
minder dimensies dan er in het bestand voorkomen: er wordt aangenomen dat deze het snelst variëren
afmetingen in het uitvoerbestand (dus -dwars is precies gelijk aan -dimorder
zspatie,yspatie,xspatie). Ook hier zijn spaties tussen namen toegestaan, maar vergeet dit niet te doen
verberg ze voor de shell met aanhalingstekens.

-diversiteit Sun.=begin[,tellen]
Geef het bereik van dimensiesubscripts voor dimensie op Sun.. Indien tellen ontbreekt of
0, dan wordt aangenomen dat dit 1 betekent, maar verwijder de dimensie uit het uitvoerbestand (a
Bij een telling van 1 blijft de afmeting maat 1 behouden). Een negatief tellen betekent dat de gegevens worden omgedraaid
langs die dimensie - in dit geval begin specificeert de hoogste voxelcoördinaat
voor de afmeting (-diversiteit xspatie=3,-3 geeft een omgedraaide versie van
-diversiteit xspatie=1,3). De opties -Begin en -telling een alternatieve manier bieden
dezelfde informatie opgeven.

-Begin coördinaat0,coördinaat1,coördinaat2, ...

Specificeert de starthoek van de hyperslab (coördinaten gaan van langzaamst variërend
afmeting naar snelste). Als er minder coördinaten zijn opgegeven dan er afmetingen zijn in de
bestand, dan wordt aangenomen dat ze van toepassing zijn op de langzaamst variërende dimensies en de
de overige coördinaten worden op 0 gezet. Zie -diversiteit voor meer details. Beide -Begin en
-telling geef vectoren die overeenkomen met de afmetingen van het invoerbestand na de afbeelding
conversieopties (ICV) zijn toegepast.

-telling size0,size1,size2, ...
Specificeert de te lezen randlengten van de hyperslab (coördinaten gaan van langzaamst variërend
afmeting naar snelste). Als er minder maten worden opgegeven dan er afmetingen in het bestand voorkomen,
vervolgens wordt aangenomen dat ze van toepassing zijn op de langzaamst variërende dimensies en de overige
maten worden ingesteld op de volledige grootte van de dimensie. Zien -diversiteit voor meer details.
Te gebruiken zowel -Begin en -telling geef vectoren die overeenkomen met de afmetingen van het invoerbestand daarna
de opties voor beeldconversie (ICV) zijn toegepast.

Vermist gegevens opties:

-geen vulling
Gebruik waarde nul voor punten buiten het invoervolume (standaard).

-vullen Gebruik een vulwaarde voor punten buiten het invoervolume (minimaal mogelijke waarde).

-vulwaarde waarde
Geef een vulwaarde op voor punten buiten het invoervolume (dit is een reële waarde,
geen pixelwaarde).

Algemeen opties For allen commando's:

-Help Druk een samenvatting van de opdrachtregelopties af en sluit af.

-versie
Druk het versienummer van het programma af en sluit af.

Voorbeelden:

Stel dat we een volume hebben met de afmetingen zspace, yspace, xspace (dat is transversaal)
en maten 128, 256, 256. Als we er plak 40 uit willen halen (met behoud van de coördinaat
informatie voor de zspace-dimensie), dan kunnen we gebruiken

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc -dimrange zspace=40,1

Als alternatief kunnen we gebruiken

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Of gewoon

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc -start 40 -count 1

Als we van de zspace-dimensie af willen komen, kunnen we dit gebruiken

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc -dimrange zspace=40,0

Laten we een blok uit het midden halen en het langs xspatie omdraaien:

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc \
-start 40,10,240 -tel 1,200,-200

Maar waarom zouden we ons beperken? Laten we buiten de grenzen gaan:

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc \
-start 40.-100,340 -tel 1,200.-200

Als je een sagittaal volume wilt, gebruik dan dit:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittaal

Wat dacht je van een paar zijwaartse hoofden: draai x en y om. En converteer naar byte om ruimte te besparen
we zijn bezig:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Je houdt ervan om volumes op te slaan in de volgorde x,y,z (dat is z die het snelst varieert! Ik ken mensen die dat doen).
doe het!)? Oké.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Maar je bent een minimalist (en vind het niet erg om een ​​gokje te wagen). Hier is hetzelfde (maar het
kan breken voor een ander bestand):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Laten we ervoor zorgen dat alle dimensies een negatief stapattribuut hebben (zie optie +richting
voor enkele details):

mincreshape origineel.mnc nieuw.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Gebruik mincreshape online met behulp van onworks.net-services