Dit is de opdracht Mirabait die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
Mirabait - selecteer lezingen uit een leesverzameling
KORTE INHOUD
wonderbaarlijk [-f ] [-t [-T ] [-iklor] baitfile inbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
wonderbaarlijk selecteert leesbewerkingen uit een leesverzameling die gedeeltelijk vergelijkbaar zijn met of gelijk zijn aan
sequenties gedefinieerd als doelaas. Gelijkenis wordt gedefinieerd door het vinden van een door de gebruiker aanpasbaar
aantal gemeenschappelijke k-meren (reeksen van k opeenvolgende basen) die hetzelfde zijn in het aas
sequenties en de gescreende sequenties die moeten worden geselecteerd, hetzij vooruit of achteruit
complementaire richting.
OPTIES
-f
laad dit type projectbestanden, waarbij fromtype is:
caf-sequenties van CAF
maf-sequenties van MAF
PhD-reeksen uit een PHD
gbf-sequenties van een GBF
fasta-sequenties van een FASTA
fastq-reeksen van een FASTQ
-t
schrijf de reeksen naar dit type (meerdere vermeldingen van -t zijn toegestaan):
fasta-sequenties naar FASTA
fastq-reeksen naar FASTQ
caf-sequenties naar CAF
maf-sequenties naar MAF
txt-reeksnamen naar een tekstbestand
-k k-mer, lengte van aas in basissen (<32, standaard=31)
-n Min. aantal benodigde k-mer-aasjes (standaard=1)
-i Inverse hit: schrijft alleen reeksen die geen aas raken
-r Geen controle van de omgekeerde complementrichting
-o fastq kwaliteit Offset (alleen voor -f = 'fastq') Offset van kwaliteitswaarden in FASTQ
bestand. Standaard: 33 Een waarde van 0 probeert automatisch te herkennen.
-f
laad dit type projectbestanden, waarbij fromtype is:
caf-sequenties van CAF
maf-sequenties van MAF
PhD-reeksen uit een PHD
gbf-sequenties van een GBF
fasta-sequenties van een FASTA
fastq-reeksen van een FASTQ
-t
schrijf de reeksen naar dit type (meerdere vermeldingen van -t zijn toegestaan):
fasta-sequenties naar FASTA
fastq-reeksen naar FASTQ
caf-sequenties naar CAF
maf-sequenties naar MAF
txt-reeksnamen naar een tekstbestand
-k k-mer, lengte van aas in basissen (<32, standaard=31)
-n Min. aantal benodigde k-mer-aasjes (standaard=1)
-i Inverse hit: schrijft alleen reeksen die geen aas raken
-r Geen controle van de omgekeerde complementrichting
-o fastq kwaliteit Offset (alleen voor -f = 'fastq') Offset van kwaliteitswaarden in FASTQ
bestand. Standaard: 33 Een waarde van 0 probeert automatisch te herkennen.
Gebruik Mirabait online met behulp van onworks.net-services
